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- PDB-2r7x: Crystal Structure of Rotavirus SA11 VP1/RNA (UGUGACC)/GTP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r7x
タイトルCrystal Structure of Rotavirus SA11 VP1/RNA (UGUGACC)/GTP complex
要素
  • RNA (5'-R(*UP*GP*UP*GP*AP*CP*C)-3')
  • RNA-dependent RNA polymerase
キーワードtransferase/RNA / Viral protein / RNA-dependent RNA polymerase / single subunit polymerase fold / fingers / palm / thumb / right hand configuration / RNA-directed RNA polymerase / transferase-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome replication / virion component / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Viral RNA-directed RNA polymerase, 4-helical domain / Tetracycline Repressor; domain 2 - #80 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1390 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1400 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #140 / Alpha-Beta Plaits - #2480 / Rotavirus VP1 RNA-directed RNA polymerase, C-terminal / Viral RNA-directed RNA polymerase, 4-helical domain / Rotavirus VP1 C-terminal domain / RNA-directed RNA polymerase, luteovirus ...Viral RNA-directed RNA polymerase, 4-helical domain / Tetracycline Repressor; domain 2 - #80 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1390 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1400 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #140 / Alpha-Beta Plaits - #2480 / Rotavirus VP1 RNA-directed RNA polymerase, C-terminal / Viral RNA-directed RNA polymerase, 4-helical domain / Rotavirus VP1 C-terminal domain / RNA-directed RNA polymerase, luteovirus / Viral RNA-directed RNA-polymerase / RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile. / Tetracycline Repressor; domain 2 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA-directed RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Simian rotavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lu, X. / Harrison, S.C. / Tao, Y.J. / Patton, J.T. / Nibert, M.L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Mechanism for coordinated RNA packaging and genome replication by rotavirus polymerase VP1.
著者: Lu, X. / McDonald, S.M. / Tortorici, M.A. / Tao, Y.J. / Vasquez-Del Carpio, R. / Nibert, M.L. / Patton, J.T. / Harrison, S.C.
履歴
登録2007年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: RNA (5'-R(*UP*GP*UP*GP*AP*CP*C)-3')
Y: RNA (5'-R(*UP*GP*UP*GP*AP*CP*C)-3')
A: RNA-dependent RNA polymerase
B: RNA-dependent RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,0906
ポリマ－257,0444
非ポリマー1,0462
水00
1
X: RNA (5'-R(*UP*GP*UP*GP*AP*CP*C)-3')
A: RNA-dependent RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,0453
ポリマ－128,5222
非ポリマー5231
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-13.4 kcal/mol
Surface area44330 Å2
手法PISA
2
Y: RNA (5'-R(*UP*GP*UP*GP*AP*CP*C)-3')
B: RNA-dependent RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,0453
ポリマ－128,5222
非ポリマー5231
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-13.5 kcal/mol
Surface area44370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.000, 143.766, 112.833
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.650, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細there are 2 biological units in the asymmetric unit

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*GP*UP*GP*AP*CP*C)-3')


分子量: 2197.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 RNA-dependent RNA polymerase


分子量: 126324.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Simian rotavirus (ウイルス) / 株: SA11 / 遺伝子: gene 1
Plasmid details: pCRBac-based transfer vector (invitrogen) is used to produce VP1 gene integrated ACNPV
プラスミド: pCRBac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf21 / 参照: UniProt: O37061
#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.04 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1 microliter of VP1 at 10 mg/ml in 25 mM Na-HEPES, pH 7.8, 100 mM NaCl mixed with 2 microliter of crystallization buffer [25 mM Na-MES, pH 6.5, 1.5% (w/v) PEG 3350] and allowing the drop to ...詳細: 1 microliter of VP1 at 10 mg/ml in 25 mM Na-HEPES, pH 7.8, 100 mM NaCl mixed with 2 microliter of crystallization buffer [25 mM Na-MES, pH 6.5, 1.5% (w/v) PEG 3350] and allowing the drop to equilibrate at 12 C by hanging-drop vapor diffusion with a well solution identical in composition to the drop except for the protein. With micro-seeding, thin, plate-like crystals appeared after 1 day and grew to full size in about two weeks., pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Na-HEPES11
2NaCl11
3Na-MES12
4PEG 335012

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月23日 / 詳細: Undulator A
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 2.8 % / Av σ(I) over netI: 17.8 / 数: 137198 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 1 / D res high: 2.8 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 48859 / % possible obs: 81.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.02308310.0251.0092.9
4.786.028510.0370.992.8
4.184.7885.310.0350.9982.8
3.84.1887.210.0441.0012.9
3.533.885.510.0630.9932.8
3.323.538510.0890.9922.8
3.153.3285.410.1340.9932.9
3.023.1583.510.1951.0012.8
2.93.0276.910.27412.7
2.82.962.210.3390.9952.4
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 49581 / % possible obs: 81.9 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.8-2.92.40.33936990.99562.2
2.9-3.022.70.2744549176.9
3.02-3.152.80.19549861.00183.5
3.15-3.322.90.13450750.99385.4
3.32-3.532.80.08950410.99285
3.53-3.82.80.06351180.99385.5
3.8-4.182.90.04451831.00187.2
4.18-4.782.80.03550850.99885.3
4.78-6.022.80.03750880.9985
6.02-302.90.02550351.00983

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位相決定

位相決定
手法
多波長異常分散
分子置換
Phasing MRCor.coef. Fo:Fc: 0.41 / Packing: 0.307
最高解像度最低解像度手法Reflection percentσ(F)
Rotation4 Å15 Åfast direct88.7 0
Translation4 Å15 Ågeneral88.7 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
SHARP位相決定
直接法位相決定
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2R7Q

2r7q


解像度: 2.8→30 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 3987 6.7 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs-49581 83.1 %-
溶媒の処理Bsol: 38.7 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 51.904 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17390 290 64 0 17744
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.1531.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.6352
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.6732
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.5942.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4gtp.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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