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- PDB-2r7n: Crystal structure of FAICAR synthetase (PurP) from M. jannaschii ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r7n
タイトルCrystal structure of FAICAR synthetase (PurP) from M. jannaschii complexed with ADP and FAICAR
要素5-formaminoimidazole-4-carboxamide-1-(beta)-D-ribofuranosyl 5'-monophosphate synthetase
キーワードLIGASE / ATP-grasp superfamily / ATP-binding / Magnesium / Manganese / Metal-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


formate-phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide ligase / ligase activity, forming carbon-nitrogen bonds / 'de novo' IMP biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
IMP biosynthesis enzyme PurP, C-terminal / IMP biosynthesis enzyme PurP, N-terminal / IMP biosynthesis enzyme PurP / Protein of unknown function (DUF1246) / Domain of unknown function (DUF1297) / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily ...IMP biosynthesis enzyme PurP, C-terminal / IMP biosynthesis enzyme PurP, N-terminal / IMP biosynthesis enzyme PurP / Protein of unknown function (DUF1246) / Domain of unknown function (DUF1297) / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-FAI / 5-formaminoimidazole-4-carboxamide-1-(beta)-D-ribofuranosyl 5'-monophosphate synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zhang, Y. / White, R.H. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Crystal structure and function of 5-formaminoimidazole-4-carboxamide ribonucleotide synthetase from Methanocaldococcus jannaschii.
著者: Zhang, Y. / White, R.H. / Ealick, S.E.
履歴
登録2007年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-formaminoimidazole-4-carboxamide-1-(beta)-D-ribofuranosyl 5'-monophosphate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7995
ポリマ－40,8741
非ポリマー9254
水1,04558
1
A: 5-formaminoimidazole-4-carboxamide-1-(beta)-D-ribofuranosyl 5'-monophosphate synthetase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,79430
ポリマ－245,2446
非ポリマー5,55024
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area37030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.001, 108.001, 254.275
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-614-

HOH

詳細biological unit is a hexamer from the monomer in the asymmetric unit by the operations: (x,y,z), (-y,x-y,z), (-x+y,-x,z), (y,x,-z), (x-y,-y,-z), (-x,-x+y,-z)

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 5-formaminoimidazole-4-carboxamide-1-(beta)-D-ribofuranosyl 5'-monophosphate synthetase / 5-aminoimidazole-4-carboxamide-1-beta-D-ribofuranosyl 5'-monophosphate-formate ligase


分子量: 40873.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: purP / プラスミド: pET19 / 細胞株 (発現宿主): B834(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q57600, 合成酵素; C-N結合を形成; その他のC-N結合を形成

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非ポリマー , 5種, 62分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-FAI / 5-(formylamino)-1-(5-O-phosphono-beta-D-ribofuranosyl)-1H-imidazole-4-carboxamide / FAICAR


タイプ: RNA linking / 分子量: 366.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N4O9P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.1
詳細: 1.2 M (NH4)2SO4, 0.2 M NaCl, 0.1 M Na acetate, pH 4.1, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 20897 / Num. obs: 20891 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.374 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.4-2.493.90.23412690.72357.4
2.49-2.593.90.22616040.75771.2
2.59-2.74.20.22420310.77690.9
2.7-2.8550.19722510.80699.4
2.85-3.025.40.1722350.983100
3.02-3.265.40.12822561.29100
3.26-3.585.40.10422741.727100
3.58-4.15.30.08522772.32100
4.1-5.175.20.06823082.097100
5.17-505.10.04123921.30499.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→45.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 7.365 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 1069 5.1 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.215 20891 91.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.302 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.66 Å21.33 Å20 Å2
2--2.66 Å20 Å2
3----3.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2827 0 57 58 2942
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222937
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1252.0073966
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4675353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.22824.697132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.92115540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6321516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2439
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022173
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.31513
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3290.52049
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2250.5273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2030.3130
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2840.528
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.69621807
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.84332869
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.0121248
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.80831097
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 49 -
Rwork0.231 859 -
all-908 -
obs--55.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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