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万見
- PDB-2r73: Crystal Structure of the Possum Milk Whey Lipocalin Trichosurin a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r73
タイトルCrystal Structure of the Possum Milk Whey Lipocalin Trichosurin at pH 8.2
要素Trichosurin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / lipocalin / beta barrel / milk whey lipocalin / dimer / Glycoprotein / Milk protein / Secreted / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


odorant binding / small molecule binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Major urinary protein / Lipocalin / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Trichosurus vulpecula (フクロギツネ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Watson, R.P.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2007
タイトル: Three-dimensional structure and ligand binding properties of trichosurin, a metatherian lipocalin from the milk whey of the common brushtail possum Trichosurus vulpecula
著者: Watson, R.P. / Demmer, J. / Baker, E.N. / Arcus, V.L.
履歴
登録2007年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trichosurin
B: Trichosurin
C: Trichosurin
D: Trichosurin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,8404
ポリマ－78,8404
非ポリマー00
水3,369187
1
A: Trichosurin
C: Trichosurin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4202
ポリマ－39,4202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Trichosurin
D: Trichosurin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4202
ポリマ－39,4202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.156, 101.156, 140.557
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
Trichosurin


分子量: 19709.904 Da / 分子数: 4 / 変異: G102E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichosurus vulpecula (フクロギツネ)
プラスミド: pET23a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q29147
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 12% PEG 4000, 200mM LiSO4, 100mM Tris-HCl, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年6月3日 / 詳細: mirrors.
放射モノクロメーター: Nickel coated mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 25922 / Num. obs: 25922 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.24 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 33.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.516 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2R74

2r74


解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 2555 -random
Rwork0.217 ---
all-25864 --
obs-25864 100 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4845 0 0 187 5032
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.236
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.635
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.244
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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