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万見
- PDB-2r6m: Crystal structure of rat CK2-beta subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r6m
タイトルCrystal structure of rat CK2-beta subunit
要素Casein kinase II subunit beta
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Zinc binding / regulatory subunit / Phosphorylation / Wnt signaling pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / : / Regulation of PTEN stability and activity / adiponectin-activated signaling pathway / positive regulation of activin receptor signaling pathway / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation ...WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / : / Regulation of PTEN stability and activity / adiponectin-activated signaling pathway / positive regulation of activin receptor signaling pathway / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Signal transduction by L1 / PcG protein complex / endothelial tube morphogenesis / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / protein kinase regulator activity / protein kinase CK2 complex / Neutrophil degranulation / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / response to testosterone / transcription factor binding / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / ribonucleoprotein complex binding / cell projection / liver regeneration / peptidyl-threonine phosphorylation / Schaffer collateral - CA1 synapse / cilium / Wnt signaling pathway / nuclear matrix / postsynapse / protein domain specific binding / signaling receptor binding / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / chromatin binding / chromatin / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
protein kinase ck2 holoenzyme, chain C, domain 1 / protein kinase ck2 holoenzyme, chain C, domain 1 / Casein kinase II, regulatory subunit / Casein kinase II, regulatory subunit, N-terminal / Casein kinase II subunit beta-like / Casein kinase II regulatory subunit / Casein kinase II regulatory subunit signature. / Casein kinase II regulatory subunit / N-terminal domain of TfIIb - #20 / N-terminal domain of TfIIb ...protein kinase ck2 holoenzyme, chain C, domain 1 / protein kinase ck2 holoenzyme, chain C, domain 1 / Casein kinase II, regulatory subunit / Casein kinase II, regulatory subunit, N-terminal / Casein kinase II subunit beta-like / Casein kinase II regulatory subunit / Casein kinase II regulatory subunit signature. / Casein kinase II regulatory subunit / N-terminal domain of TfIIb - #20 / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Casein kinase II subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Shen, Y.
引用ジャーナル: CHIN.SCI.BULL. / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of catalytic and regulatory subunits of rat protein kinase CK2
著者: Zhou, W. / Qin, X. / Yan, X. / Xie, X. / Li, L. / Fang, S. / Long, J. / Adelman, J. / Tang, W.-J. / Shen, Y.
履歴
登録2007年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase II subunit beta
B: Casein kinase II subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0704
ポリマ－49,9392
非ポリマー1312
水70339
1
A: Casein kinase II subunit beta
ヘテロ分子

B: Casein kinase II subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0704
ポリマ－49,9392
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_444y-1/2,-x-1/2,z-1/41
Buried area2210 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.010, 114.010, 73.183
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Casein kinase II subunit beta / regulatory subunit of protein kinase CK2 / CK II beta / Phosvitin


分子量: 24969.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pUBS520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P67874
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: NaCl, PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 10169 / Num. obs: 10149 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.591 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Rsym value: 0.511

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→29.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 98745.7 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 470 5.3 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.239 8864 96.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.7939 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 58.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.37 Å20 Å20 Å2
2--4.37 Å20 Å2
3----8.75 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.63 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→29.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2889 0 2 39 2930
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.981.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.72
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.492
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.382.5
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.041 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 72 5.2 %
Rwork0.318 1307 -
obs--92.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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