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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2r5s | ||||||
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タイトル | The crystal structure of a domain of protein VP0806 (unknown function) from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 | ||||||
![]() | Uncharacterized protein VP0806 | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / APC090868.1 / protein VP0806 / Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Thioredoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily / Mainly Alpha 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tan, K. / Wu, R. / Abdullah, J. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of a domain of protein VP0806 (unknown function) from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633. 著者: Tan, K. / Wu, R. / Abdullah, J. / Freeman, L. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 64.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 479.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 494.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | Authors state that the biological unit is experimentally unknown. From molecular packing, the domain is likely monomeric. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19809.096 Da / 分子数: 2 / 断片: Domain: Residues 112-284 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: RIMD 2210633 / 遺伝子: VP0806 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MES / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.24 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% PEG 8000, 0.1M MES, 0.2M Ca(OAc)2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月11日 / 詳細: mirrors | |||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.14→29.12 Å / Num. all: 19762 / Num. obs: 19762 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 45.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 28.23 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.14→2.2 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / Num. unique all: 1053 / % possible all: 77.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.175 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.14→29.12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.14→2.197 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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