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- PDB-2r5n: Crystal structure of transketolase from Escherichia coli in nonco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r5n
タイトルCrystal structure of transketolase from Escherichia coli in noncovalent complex with acceptor aldose ribose 5-phosphate
要素Transketolase 1
キーワードTRANSFERASE / thiamin catalysis / sugar phosphates / acceptor / near attack conformation / cyclic / acyclic / ribose-5-phospate / pyranose / Metal-binding / Thiamine pyrophosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


transketolase / transketolase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch / pentose-phosphate shunt / thiamine pyrophosphate binding / manganese ion binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transketolase, bacterial-like / Transketolase family / : / Transketolase signature 1. / Transketolase, thiamine diphosphate binding domain / Transketolase binding site / Transketolase signature 2. / Transketolase, N-terminal / Transketolase, C-terminal domain / Transketolase, C-terminal domain ...Transketolase, bacterial-like / Transketolase family / : / Transketolase signature 1. / Transketolase, thiamine diphosphate binding domain / Transketolase binding site / Transketolase signature 2. / Transketolase, N-terminal / Transketolase, C-terminal domain / Transketolase, C-terminal domain / Rossmann fold - #920 / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / Thiamin diphosphate-binding fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RIBOSE-5-PHOSPHATE / 5-O-phosphono-beta-D-ribofuranose / THIAMINE DIPHOSPHATE / Transketolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Parthier, C. / Asztalos, P. / Wille, G. / Tittmann, K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Strain and Near Attack Conformers in Enzymic Thiamin Catalysis: X-ray Crystallographic Snapshots of Bacterial Transketolase in Covalent Complex with Donor Ketoses Xylulose 5-phosphate ...タイトル: Strain and Near Attack Conformers in Enzymic Thiamin Catalysis: X-ray Crystallographic Snapshots of Bacterial Transketolase in Covalent Complex with Donor Ketoses Xylulose 5-phosphate and Fructose 6-phosphate, and in Noncovalent Complex with Acceptor Aldose Ribose 5-phosphate.
著者: Asztalos, P. / Parthier, C. / Golbik, R. / Kleinschmidt, M. / Hubner, G. / Weiss, M.S. / Friedemann, R. / Wille, G. / Tittmann, K.
履歴
登録2007年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transketolase 1
B: Transketolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,85725
ポリマ－146,2432
非ポリマー2,61423
水29,3281628
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.969, 101.738, 132.859
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Transketolase 1 / TK 1


分子量: 73121.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tktA, tkt / プラスミド: pGSJ427 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P27302, transketolase

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糖 , 2種, 3分子

#2: 糖 ChemComp-R5P / RIBOSE-5-PHOSPHATE / D-リボ-ス5-りん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H11O8P
#6: 糖 ChemComp-RP5 / 5-O-phosphono-beta-D-ribofuranose / [(2R,3S,4S,5R)-3,4,5-TRIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / 5-O-phosphono-beta-D-ribose / 5-O-phosphono-D-ribose / 5-O-phosphono-ribose / β-D-リボフラノ-ス5-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11O8P
識別子タイププログラム
b-D-Ribf5PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 1648分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)


分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1628 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.83 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 50 mM glycyl-glycine, 10 mM thiamin diphosphate, 5 mM calcium chloride, 19-22% PEG6000, 1% glycerol, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年2月28日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→35 Å / Num. all: 184035 / Num. obs: 184180 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 23.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.5-1.585.30.9880.8102029191930.98868.7
1.58-1.6810.50.6261.2268454255640.62696.1
1.68-1.7913.20.4051.9330381249650.40599.5
1.79-1.9413.10.2493303793232260.24999.2
1.94-2.1212.90.1644.4276828215110.16499.7
2.12-2.3712.80.1126.2250137195650.112100
2.37-2.7413.20.0867.8227832173250.086100
2.74-3.3514.20.087.6209618147500.08100
3.35-4.7414.70.0688.1169032115290.068100
4.74-44.2814.20.0717.19278165520.07199.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.351 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.668 / Cor.coef. Io to Ic: 0.484
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å25 Å
Translation3 Å25 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1QGD

1qgd


解像度: 1.6→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The ligand ribose-5-phosphate (chain ID C) is present in two different chemical entities: in cyclic (RP5) and acyclic (R5P) form, each with partial occupancy (0.25). The coordinates of R5P ...詳細: The ligand ribose-5-phosphate (chain ID C) is present in two different chemical entities: in cyclic (RP5) and acyclic (R5P) form, each with partial occupancy (0.25). The coordinates of R5P and RP5 of chain C overlap in the structure since they have been refined independently from each other.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 8028 5 %RANDOM
Rwork0.163 ---
all0.169 160722 --
obs0.164 159774 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3---0.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.09 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10198 0 160 1628 11986
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02210633
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.231.95814403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.62351343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.57824.277477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.503151699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4611556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21545
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028144
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.25803
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.27281
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1090.21414
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1350.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1670.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0970.278
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5061.56618
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.867210546
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.63434015
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5334.53851
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.43 624 -
Rwork0.348 10734 -
all-11358 -
obs--96.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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