PDB-2r5h: Pentamer structure of Major Capsid Protein L1 of Human Papilloma ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r5h

タイトル

Pentamer structure of Major Capsid Protein L1 of Human Papilloma Virus type 16

要素

Late major capsid protein L1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Capsid / Pentamer / Protein / Type specific epitope / Capsid protein / Virion

機能・相同性

機能・相同性情報

T=7 icosahedral viral capsid / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Human papillomavirus (パピローマウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.7 Å

データ登録者

Bishop, B. / Dasgupta, J. / Chen, X.S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of four types of human papillomavirus L1 capsid proteins: understanding the specificity of neutralizing monoclonal antibodies.
著者: Bishop, B. / Dasgupta, J. / Klein, M. / Garcea, R.L. / Christensen, N.D. / Zhao, R. / Chen, X.S.

履歴

登録	2007年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年8月2日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2r5h.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2r5h.ent.gz	1001 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2r5h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2r5h_validation.pdf.gz	638.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2r5h_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	2r5h_validation.xml.gz	389.2 KB	表示
CIF形式データ	2r5h_validation.cif.gz	480.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/2r5h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/2r5h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2r5iC 2r5jC 2r5kC 1dzl C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2r5j-3 2r5k-d 3j7g-d 2r5i-1 2r5j-1 5w1x-3 6igf-1 6igc-5 6igc-2 5j6r-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (5) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Late major capsid protein L1

B: Late major capsid protein L1

C: Late major capsid protein L1

D: Late major capsid protein L1

E: Late major capsid protein L1

F: Late major capsid protein L1

G: Late major capsid protein L1

H: Late major capsid protein L1

I: Late major capsid protein L1

J: Late major capsid protein L1

K: Late major capsid protein L1

L: Late major capsid protein L1

M: Late major capsid protein L1

N: Late major capsid protein L1

O: Late major capsid protein L1

711 kDa, 15 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Late major capsid protein L1

B: Late major capsid protein L1

C: Late major capsid protein L1

D: Late major capsid protein L1

E: Late major capsid protein L1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
237 kDa, 5 ポリマー
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2

F: Late major capsid protein L1

G: Late major capsid protein L1

H: Late major capsid protein L1

I: Late major capsid protein L1

J: Late major capsid protein L1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
237 kDa, 5 ポリマー
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3

K: Late major capsid protein L1

L: Late major capsid protein L1

M: Late major capsid protein L1

N: Late major capsid protein L1

O: Late major capsid protein L1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
237 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	105.000, 159.052, 413.738
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	O

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 20 - 472 / Label seq-ID: 1 - 424

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	O	O

#1: タンパク質	Late major capsid protein L1 分子量: 47378.395 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human papillomavirus (パピローマウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q81007, UniProt: A0A1U9YFU1*PLUS

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.4 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: PEG1000, MES, 0.1 M NaSCN, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 3.7→50 Å / Num. obs: 60322

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.7→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.872 / SU B: 54.398 / SU ML: 0.816 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30516	2971	5 %	RANDOM
R_work	0.24729	-	-	-
obs	0.25015	56366	80.51 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.332 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	17.97 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-13.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.7→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	49650	0	0	0	49650

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.06	0.022	50925
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	3.885	1.952	69270
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.847	5	6255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.061	24.591	2385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.745	15	8235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.602	15	225
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.227	0.2	7560
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.018	0.02	39300
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.34	0.2	31634
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.368	0.2	34217
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.258	0.2	2362
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.672	0.2	761
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.525	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.154	1.5	32986
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.503	2	50850
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.349	3	21944
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.302	4.5	18420
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3310 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
loose positional	0.16	5
loose thermal	6.33	10

LS精密化シェル

解像度: 3.7→3.79 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	203	-
R_work	0.292	3546	-
obs	-	-	73.18 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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