PDB-2r5f: Putative sugar-binding domain of transcriptional regulator DeoR f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r5f

タイトル

Putative sugar-binding domain of transcriptional regulator DeoR from Pseudomonas syringae pv. tomato

要素

Transcriptional regulator, putative

キーワード

TRANSCRIPTION / transcription regulator / sugar-binding domain / structural genomics / pfam04198 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-templated transcription initiation / carbohydrate binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Cuff, M.E. / Duggan, E. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Putative sugar-binding domain of trancsriptional regulator DeoR from Pseudomonas syringae pv. tomato.
著者: Cuff, M.E. / Duggan, E. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2r5f.cif.gz	60.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2r5f.ent.gz	41.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2r5f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2r5f_validation.pdf.gz	437.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2r5f_full_validation.pdf.gz	438.9 KB	表示
XML形式データ	2r5f_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	2r5f_validation.cif.gz	16.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/2r5f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/2r5f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5k09-7 4h7m-2 4pm5-d 4de0-1 1scr-d 4ua9-2 3hlw-1 4kmx-d 2g4i-d 2b2a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC84820

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Transcriptional regulator, putative

ヘテロ分子

29.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.112, 42.112, 144.782
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

詳細

Authors state that the biological unit of this polypeptide is unknown.

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, putative 分子量: 28917.014 Da / 分子数: 1 / 断片: Putative sugar-binding domain: Residues 57-317 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア) 生物種: Pseudomonas syringae group genomosp. 3 / 株: DC3000 / 遺伝子: DeoR, PSPTO_2395 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q883G8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.59 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 2M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97907, 0.97921

検出器

タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月14日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97907	1
2	0.97921	1

Reflection

冗長度: 7.7 % / Av σ(I) over netI: 10.6 / 数: 100848 / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 1.86 / D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 13180 / % possible obs: 89.5

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.52	50	87.2	1	0.068	5.54	8
3.59	4.52	92	1	0.057	2.858	8.3
3.14	3.59	92.6	1	0.071	1.952	8.5
2.85	3.14	95.8	1	0.092	1.406	8.4
2.65	2.85	95.7	1	0.129	1.264	8.3
2.49	2.65	96.1	1	0.163	0.995	8.4
2.37	2.49	94.1	1	0.198	0.908	8.2
2.26	2.37	88.5	1	0.25	0.923	7.5
2.18	2.26	79.9	1	0.343	0.994	5.4
2.1	2.18	72.7	1	0.434	0.871	4.4

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 13180 / Num. obs: 13180 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 36.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 1.856 / Net I/σ(I): 10.6

反射シェル

解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 2.65 / Num. unique all: 1052 / Χ²: 0.871 / % possible all: 72.7

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.1 Å / D res low: 42.11 Å / FOM : 0.296 / FOM acentric: 0.296 / FOM centric: 0.219 / 反射: 13121 / Reflection acentric: 12982 / Reflection centric: 139

Phasing MAD set

最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 42.11 Å

ID	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	1.52	1	0.1	0.1	0	0	12982	139
2	0.93	0.89	13.9	15.3	0.51	0.51	10768	118

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	12.45-42.11	2.71	1	1.1	0.4	0	0	51	1
1	7.31-12.45	1.08	1	0.5	0.3	0	0	234	5
1	5.17-7.31	1.7	1	0.5	0.2	0	0	559	13
1	4-5.17	1.1	1	0.3	0.2	0	0	1017	15
1	3.26-4	1.17	1	0.2	0.1	0	0	1642	25
1	2.75-3.26	1.85	1	0.1	0	0	0	2412	33
1	2.38-2.75	7.17	1	0.1	0	0	0	3346	29
1	2.1-2.38	1.95	1	0	0	0	0	3721	18
2	12.45-42.11	0.69	0.56	16.3	29.1	2.13	0.78	50	1
2	7.31-12.45	0.68	0.77	14.8	18.5	1.73	1.4	233	5
2	5.17-7.31	0.76	0.75	14.9	23.5	1.34	0.63	559	13
2	4-5.17	0.88	0.99	16.5	15.6	0.89	0.78	1017	15
2	3.26-4	0.92	0.85	14.9	13.4	0.63	0.63	1641	25
2	2.75-3.26	0.95	0.97	11.7	13.9	0.47	0.28	2412	33
2	2.38-2.75	0.99	1.01	12.6	11.3	0.25	0.19	3270	23
2	2.1-2.38	1	1	16.8	29.6	0.13	0.04	1586	3

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	78.31342	-0.215	-0.749	-0.184	0
2	Se	73.04219	-0.469	-0.768	-0.025	0
3	Se	86.98933	-0.289	-0.104	-0.251	0
4	Se	75.62676	-0.189	-0.546	-0.253	0
5	Se	67.71538	-0.563	-0.012	-0.123	0
6	Se	639.30438	-0.092	-0.192	-0.011	0
7	Se	77.12099	-0.215	-0.749	-0.184	-0.207
8	Se	60.76777	-0.471	-0.766	-0.025	-0.275
9	Se	84.10966	-0.29	-0.102	-0.25	-0.286
10	Se	76.52405	-0.189	-0.547	-0.253	-0.264
11	Se	67.04011	-0.564	-0.013	-0.123	-0.203
12	Se	620.20215	-0.085	-0.189	-0.01	-0.1

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
12.45-42.11	0.807	0.803	0.987	52	51	1
7.31-12.45	0.803	0.805	0.687	239	234	5
5.17-7.31	0.751	0.754	0.587	572	559	13
4-5.17	0.672	0.677	0.309	1032	1017	15
3.26-4	0.539	0.542	0.291	1667	1642	25
2.75-3.26	0.368	0.37	0.167	2445	2412	33
2.38-2.75	0.15	0.151	0.032	3375	3346	29
2.1-2.38	0.059	0.059	0.002	3739	3721	18

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 13121

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
6.16-100	48.5	0.88	506
4.89-6.16	43	0.913	511
4.29-4.89	42.4	0.93	508
3.9-4.29	42.5	0.921	519
3.64-3.9	45.5	0.916	501
3.43-3.64	47.8	0.908	511
3.26-3.43	50.8	0.919	508
3.12-3.26	55.2	0.863	506
3.01-3.12	55.6	0.885	501
2.91-3.01	62.6	0.875	514
2.82-2.91	63.2	0.861	523
2.73-2.82	64.2	0.816	527
2.66-2.73	66.8	0.799	565
2.59-2.66	71.9	0.81	556
2.53-2.59	72	0.812	607
2.47-2.53	73.9	0.805	581
2.41-2.47	77.6	0.818	619
2.36-2.41	78.1	0.792	618
2.31-2.36	82.9	0.723	606
2.26-2.31	80.6	0.747	594
2.22-2.26	79.9	0.668	602
2.18-2.22	84	0.758	546
2.14-2.18	83.2	0.694	553
2.1-2.14	84.7	0.671	539

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1→36.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 15.43 / SU ML: 0.204 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.252	658	5 %	RANDOM
R_work	0.195	-	-	-
all	0.197	13120	-	-
obs	0.197	13120	89.48 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.944 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.84 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1635	0	10	108	1753

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	1670
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.477	1.985	2250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.569	5	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.925	23.939	66
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.229	15	299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.166	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	699
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.298	0.2	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.155	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.121	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.916	1.5	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.306	2	1702
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.127	3	626
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.2	4.5	548

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	36	-
R_work	0.239	732	-
all	-	768	-
obs	-	-	72.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6204	0.306	-0.4263	2.1248	0.3439	7.5657	0.0367	0.0242	0.0768	0.0027	0.0364	-0.0506	-0.3588	0.0422	-0.0731	-0.1832	-0.0099	0.0001	-0.1205	-0.0205	-0.0818	10.6446	18.7933	74.9177
2	0.7381	-0.3976	0.9824	1.9998	-1.0577	6.1228	-0.0082	-0.0068	-0.0968	-0.0023	-0.1515	-0.1978	0.7808	0.4433	0.1596	-0.0664	0.0287	0.0194	-0.0947	0.0086	-0.111	16.9093	6.9709	73.5901

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	59 - 121	6 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	132 - 217	79 - 164

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)