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万見
- PDB-2r5d: Structure of the gp41 N-trimer in complex with the HIV entry inhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r5d
タイトルStructure of the gp41 N-trimer in complex with the HIV entry inhibitor PIE7
要素
  • HIV entry inhibitor PIE7
  • gp41 N-peptide
キーワードVIRAL PROTEIN/inhibitor / HIV / viral entry / PIE / VIRAL PROTEIN-inhibitor complex
機能・相同性Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha / HIV ENTRY INHIBITOR PIE7 / polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者VanDemark, A.P. / Welch, B. / Heroux, A. / Hill, C.P. / Kay, M.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Potent D-peptide inhibitors of HIV-1 entry
著者: Welch, B.D. / Vandemark, A.P. / Heroux, A. / Hill, C.P. / Kay, M.S.
履歴
登録2007年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年12月12日Group: Other
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / software
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: gp41 N-peptide
B: gp41 N-peptide
C: gp41 N-peptide
H: HIV entry inhibitor PIE7
K: HIV entry inhibitor PIE7
L: HIV entry inhibitor PIE7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1219
ポリマ－21,6956
非ポリマー4263
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10440 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area10990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.438, 56.345, 53.424
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質・ペプチド / Polypeptide(D) , 2種, 6分子 ABCHKL

#1: タンパク質・ペプチド gp41 N-peptide


分子量: 5466.574 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: Polypeptide(D) HIV entry inhibitor PIE7


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1765.001 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: HIV ENTRY INHIBITOR PIE7

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非ポリマー , 4種, 189分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 24% PEG 10000, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.541 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→50 Å / Num. all: 24829 / Num. obs: 23406 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Χ2: 1.625 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.66-1.721.70.31515201.154162.1
1.72-1.791.90.3321031.192185.3
1.79-1.872.30.34924551.332199.2
1.87-1.972.40.25124841.654199.6
1.97-2.092.40.15524621.871199.7
2.09-2.252.40.1124442.154199.6
2.25-2.482.40.08224732.025199.9
2.48-2.842.50.06324871.612199.9
2.84-3.582.50.04624941.409199.6
3.58-502.50.03124841.338197.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.66→38.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 5.434 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1195 5.1 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.204 23228 93.73 %-
all-25953 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.427 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å20.6 Å2
2--0.89 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→38.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1527 0 26 186 1739
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221600
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.162.0012139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.7655180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.14425.96252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.25315298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.973159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2226
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021115
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.2845
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2930.21107
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1130.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.220.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.140.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4161.5977
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.15321498
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4793742
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1994.5641
LS精密化 シェル解像度: 1.66→1.703 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.442 56 -
Rwork0.299 1038 -
all-1094 -
obs--59.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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