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- PDB-2r4g: The high resolution structure of the RNA-binding domain of telomerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r4g
タイトルThe high resolution structure of the RNA-binding domain of telomerase
要素Telomerase reverse transcriptase
キーワードTRANSFERASE / Telomeres / Telomerase / Chromosomal protein / DNA-binding / Nucleotidyltransferase / Nucleus / RNA-directed DNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / telomerase RNA binding / telomerase holoenzyme complex / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase / RNA-directed DNA polymerase / chromosome, telomeric region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TERT catalytic subunit-like / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #70 / : / Telomerase reverse transcriptase TEN domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Reverse transcriptase domain ...TERT catalytic subunit-like / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #70 / : / Telomerase reverse transcriptase TEN domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Telomerase reverse transcriptase
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Rouda, S. / Skordalakes, E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Structure of the RNA-Binding Domain of Telomerase: Implications for RNA Recognition and Binding.
著者: Rouda, S. / Skordalakes, E.
履歴
登録2007年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Telomerase reverse transcriptase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9928
ポリマ－32,4331
非ポリマー5597
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.354, 67.220, 51.533
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Telomerase reverse transcriptase / Telomerase catalytic subunit / Telomerase subunit P133


分子量: 32432.797 Da / 分子数: 1 / 断片: RNA-binding domain (residues 254-519) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila (真核生物)
遺伝子: TERT / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O77448, RNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.47 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→20 Å / Num. all: 29502 / Num. obs: 27457 / % possible obs: 99.87 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 21.1 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 27.3
反射 シェル解像度: 1.71→1.77 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2704 / Rsym value: 0.481 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.71→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 5.278 / SU ML: 0.079 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23864 1471 5.1 %RANDOM
Rwork0.2002 ---
obs0.20209 27457 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.424 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.44 Å20 Å2-0.39 Å2
2---0.96 Å20 Å2
3---1.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2145 0 7 212 2364
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222187
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8311.9642933
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3085248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.3525.575113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.43115456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.793157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021602
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.21058
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.21521
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1190.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1440.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1230.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6591.51299
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.10422051
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.62531006
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5484.5882
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.712→1.756 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 105 -
Rwork0.255 1955 -
obs--98.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2505-0.45990.23991.58680.00730.8152-0.0833-0.09650.19350.1330.05020.0252-0.0936-0.07790.033-0.03970.0090.0005-0.0355-0.0225-0.046513.4806-8.839311.2741
21.1174-0.59850.27151.4798-0.1110.57050.00210.00480.0328-0.01330.02740.03280.0178-0.0045-0.0295-0.0441-0.00880.0144-0.0295-0.0192-0.111216.7381-15.88897.8571
30.41050.10250.08981.1517-0.56311.5157-0.1516-0.2051-0.03870.10410.21510.0127-0.0310.0781-0.06350.0009-0.00970.00450.0051-0.0050.00117.6469-21.458710.5434
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA259 - 5197 - 267
2X-RAY DIFFRACTION2AI520 - 7311 - 212
3X-RAY DIFFRACTION3AB - H1 - 71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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