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万見
- PDB-2r3c: Structure of the gp41 N-peptide in complex with the HIV entry inh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r3c
タイトルStructure of the gp41 N-peptide in complex with the HIV entry inhibitor PIE1
要素
  • HIV entry inhibitor PIE1
  • gp41 N-peptide
キーワードVIRAL PROTEIN/VIRAL PROTEIN INHIBITOR / HIV / inhibitor / viral entry / PIE / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-VIRAL PROTEIN INHIBITOR complex
機能・相同性Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha / HIV entry inhibitor PIE1 / YTTRIUM (III) ION / polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者VanDemark, A.P. / Welch, B. / Heroux, A. / Hill, C.P. / Kay, M.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Potent D-peptide inhibitors of HIV-1 entry
著者: Welch, B.D. / Vandemark, A.P. / Heroux, A. / Hill, C.P. / Kay, M.S.
履歴
登録2007年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年2月15日Group: Structure summary
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42017年10月25日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / software
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.52018年8月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.62024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: gp41 N-peptide
B: gp41 N-peptide
C: HIV entry inhibitor PIE1
D: HIV entry inhibitor PIE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,07510
ポリマ－14,5954
非ポリマー4806
水3,783210
1
A: gp41 N-peptide
D: HIV entry inhibitor PIE1
ヘテロ分子

A: gp41 N-peptide
D: HIV entry inhibitor PIE1
ヘテロ分子

A: gp41 N-peptide
D: HIV entry inhibitor PIE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,53315
ポリマ－21,8936
非ポリマー6409
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area10020 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area11230 Å2
手法PISA
2
B: gp41 N-peptide
C: HIV entry inhibitor PIE1
ヘテロ分子

B: gp41 N-peptide
C: HIV entry inhibitor PIE1
ヘテロ分子

B: gp41 N-peptide
C: HIV entry inhibitor PIE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,69315
ポリマ－21,8936
非ポリマー8009
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area9400 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area9790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.843, 46.843, 137.079
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

YT3

21A-503-

CL

31B-102-

YT3

41B-103-

YT3

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド gp41 N-peptide


分子量: 5466.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: Polypeptide(D) HIV entry inhibitor PIE1


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1831.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: HIV entry inhibitor PIE1
#3: 化合物
ChemComp-YT3 / YTTRIUM (III) ION


分子量: 88.906 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Y
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 27% PEG 2000 MME, 0.1M Sodium Acetate, 0.4M YCl3, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.07274 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月8日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07274 Å / 相対比: 1
Reflection twinタイプ: hemihedral / Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.326
反射解像度: 1.73→50 Å / Num. all: 35168 / Num. obs: 33506 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 1.327 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.73→1.79 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.481 / Num. unique all: 2716 / Χ2: 0.864 / % possible all: 77.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.73→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Data has a twin fraction of 0.326
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1510 4.3 %selected randomly with equal numbers in each resolution bin. Total number of reflections to exceed 1500.
Rwork0.193 ---
all0.23 35155 --
obs0.23 32413 92.2 %-
溶媒の処理Bsol: 53.063 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 30.006 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.192 Å2-3.309 Å20 Å2
2---5.192 Å20 Å2
3---10.385 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数962 0 6 210 1178
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1071.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.3412
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.7822
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.6762.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_wcaps.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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