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- PDB-2r2s: Co(III)bleomycinB2 bound to d(ATTAGTTATAACTAAT) complexed with MM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r2s
タイトルCo(III)bleomycinB2 bound to d(ATTAGTTATAACTAAT) complexed with MMLV RT catalytic fragment
要素
  • DNA (5'-D(*DAP*DTP*DTP*DAP*DGP*DTP*DT)-3')
  • DNA (5'-D(P*DTP*DAP*DAP*DCP*DTP*DAP*DAP*DT)-3')
  • Reverse transcriptase
キーワードtransferase/DNA / bleomycin / drug-DNA complex / protein-DNA complex / MMLV RT / DNA integration / DNA recombination / Endonuclease / Multifunctional enzyme / Nuclease / Nucleotidyltransferase / RNA-directed DNA polymerase / Transferase / transferase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


retroviral 3' processing activity / host cell late endosome membrane / DNA catabolic process / ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / virion assembly / protein-DNA complex / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...retroviral 3' processing activity / host cell late endosome membrane / DNA catabolic process / ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / virion assembly / protein-DNA complex / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / structural constituent of virion / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Gag-Pol polyprotein, Zinc-finger like domain / Murine leukemia virus integrase, C-terminal / Zinc-finger like, probable DNA-binding / Murine leukemia virus (MLV) integrase (IN) C-terminal domain / Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Gag P30 core shell protein ...Gag-Pol polyprotein, Zinc-finger like domain / Murine leukemia virus integrase, C-terminal / Zinc-finger like, probable DNA-binding / Murine leukemia virus (MLV) integrase (IN) C-terminal domain / Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Gag P30 core shell protein / Gamma-retroviral matrix domain superfamily / : / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALT (III) ION / BLEOMYCIN B2 / DNA / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Goodwin, K.D. / Lewis, M.A. / Long, E.C. / Georgiadis, M.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of DNA-bound Co(III) bleomycin B2: Insights on intercalation and minor groove binding.
著者: Goodwin, K.D. / Lewis, M.A. / Long, E.C. / Georgiadis, M.M.
履歴
登録2007年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*DAP*DTP*DTP*DAP*DGP*DTP*DT)-3')
G: DNA (5'-D(P*DTP*DAP*DAP*DCP*DTP*DAP*DAP*DT)-3')
A: Reverse transcriptase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9575
ポリマ－33,4713
非ポリマー1,4852
水90150
1
B: DNA (5'-D(*DAP*DTP*DTP*DAP*DGP*DTP*DT)-3')
G: DNA (5'-D(P*DTP*DAP*DAP*DCP*DTP*DAP*DAP*DT)-3')
A: Reverse transcriptase
ヘテロ分子

B: DNA (5'-D(*DAP*DTP*DTP*DAP*DGP*DTP*DT)-3')
G: DNA (5'-D(P*DTP*DAP*DAP*DCP*DTP*DAP*DAP*DT)-3')
A: Reverse transcriptase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,91410
ポリマ－66,9436
非ポリマー2,9714
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.304, 144.508, 50.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is equivalent to 15 base pairs of DNA intercalated by two molecules of BLM with one molecule of MMLV RT bound on each end of the DNA. Symmetry is generated from the asymmetric unit by the operations: x, y, z and 2-x, 1-y, z.

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BG

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DAP*DTP*DTP*DAP*DGP*DTP*DT)-3')


分子量: 2127.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*DTP*DAP*DAP*DCP*DTP*DAP*DAP*DT)-3')


分子量: 2409.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 Reverse transcriptase


分子量: 28934.287 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 144-398 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03355, RNA-directed DNA polymerase

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非ポリマー , 3種, 52分子

#4: 化合物 ChemComp-3CO / COBALT (III) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 化合物 ChemComp-BLB / BLEOMYCIN B2


分子量: 1426.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H85N20O21S2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: PEG 4000, MgCl2, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2MgCl211
3PEG 400012
4MgCl212

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.039341 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月4日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.039341 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 9748 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 1.032 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.8-2.92.70.3687970.76482
2.9-3.023.20.3369150.90193
3.02-3.153.60.2459551.0797.5
3.15-3.324.20.1849801.07799.4
3.32-3.534.50.1579821.058100
3.53-3.84.80.12810021.06399.9
3.8-4.184.60.0949931.03699.8
4.18-4.794.50.07410211.0299.6
4.79-6.034.20.06110181.01999.3
6.03-504.30.04310851.10397.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化解像度: 2.8→50 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 477 4.8 %
Rwork0.228 --
obs-9110 91.8 %
溶媒の処理Bsol: 23.688 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 42.661 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.581 Å20 Å20 Å2
2--10.192 Å20 Å2
3----3.611 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2041 304 99 50 2494
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.35
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5661.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0592
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.7932
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.4162.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION4blb.parblb.top
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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