PDB-2r2a: Crystal structure of N-terminal domain of zonular occludens toxin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r2a

タイトル

Crystal structure of N-terminal domain of zonular occludens toxin from Neisseria meningitidis

要素

Uncharacterized protein

キーワード

TOXIN / Zonular occludens toxin / structural genomics / APC84050.2 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

Zona occludens toxin, N-terminal / Zonular occludens toxin (Zot) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / membrane / Alpha Beta / Zona occludens toxin N-terminal domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Neisseria meningitidis MC58 (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Patterson, S. / Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of N-terminal domain of zonular occludens toxin from Neisseria meningitidis.
著者: Osipiuk, J. / Patterson, S. / Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2r2a.cif.gz	99.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2r2a.ent.gz	77.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2r2a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/2r2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/2r2a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4gmh-d 5u32-d 4uc8-2 1gjh-d 6u03-d 3fbi-1 3vur-d 4qma-d 2n4x-d 5ogr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC84050.2

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

46.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
23.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
23.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.976, 48.258, 95.894
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 134.31, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

Authors state that the biological unit of this protein is unknown.

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 23003.057 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain: Residues 1-196 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis MC58 (髄膜炎菌) 生物種: Neisseria meningitidis / 株: MC58 / Serogroup B / 遺伝子: NMB1551, NMB1626 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9JRY6
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.36 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium citrate, 20% PEG 3350, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月1日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→34.4 Å / Num. all: 38209 / Num. obs: 38209 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 37.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 28.7
反射シェル	解像度: 1.82→1.9 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Num. unique all: 2923 / % possible all: 74.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.82→34.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 5.407 / SU ML: 0.087 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2144	1931	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1757	-	-	-
all	0.1777	36244	-	-
obs	0.1777	36244	96.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.803 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.38 Å²	0 Å²	1.66 Å²
2-	-	-1.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→34.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3045	0	10	272	3327

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	3269
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.623	1.965	4444
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.408	5	422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.045	24.857	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.264	15	638
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.856	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	496
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2412
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	1522
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	2192
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.191	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.109	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.091	1.5	2072
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.564	2	3256
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.368	3	1396
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.455	4.5	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.82→1.87 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	109	-
R_work	0.256	1939	-
obs	-	2048	70.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.85	-1.5463	1.4385	1.4309	-1.1355	2.1759	-0.0292	-0.0327	-0.1121	-0.1365	0.0127	0.1374	-0.0873	-0.0607	0.0165	0.0435	-0.0002	-0.0567	0.0158	0.0111	0.0559	21.0254	21.5542	58.6279
2	2.5759	-1.5718	-0.1483	2.5297	0.4868	0.8066	0.2602	0.2972	-0.5296	-0.5521	-0.2426	0.4217	-0.1165	0.0182	-0.0176	0.1113	0.0396	-0.1529	0.032	-0.0676	0.0935	23.704	8.5463	50.6143
3	2.2611	-1.1499	-1.0664	5.3072	1.0672	2.7155	-0.0431	-0.2278	0.0836	0.0183	0.0965	-0.1496	-0.2048	0.1774	-0.0534	-0.0025	-0.0147	-0.0005	0.0392	0.023	0.0567	35.1165	18.4452	65.0159
4	2.6401	0.9076	-0.2871	2.1175	0.3854	1.6122	0.1661	-0.2559	0.2308	0.1188	-0.0278	0.1161	-0.1971	-0.1445	-0.1384	-0.0316	0.015	0.0132	0.0148	0.0486	0.0443	25.4754	21.9011	68.8477
5	2.7525	-1.0065	-2.2069	0.9573	1.8448	3.5972	0.0604	-0.0481	0.1852	0.1007	0.0693	0.114	0.1081	0.1166	-0.1297	0.0811	0.0057	0.0907	-0.0166	0.0064	0.0763	-9.1845	22.1629	48.2792
6	2.152	-0.449	-0.728	3.9711	2.9031	3.9389	-0.351	-0.0109	-0.1873	1.094	-0.1227	0.7654	1.122	-0.0974	0.4737	0.3237	-0.0437	0.3466	-0.1157	0.0074	0.1506	-16.2559	6.9856	48.6335
7	2.3128	-1.8786	-1.1522	2.9957	1.9991	2.94	-0.0625	0.1954	-0.0866	0.2597	-0.1162	0.6375	0.3318	-0.3126	0.1788	0.0189	-0.0557	0.115	0.0286	0.0081	0.1808	-17.2354	12.9072	38.8032
8	2.1154	1.0924	1.5198	5.2005	0.9674	2.8308	-0.1397	0.0264	0.1169	0.1635	0.0993	-0.0939	0.0103	0.2658	0.0404	0.0391	0.0248	0.0105	0.0515	0.0092	-0.0038	-1.5965	20.8841	37.7345

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 36	4 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	37 - 134	40 - 137
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	135 - 166	138 - 169
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	167 - 191	170 - 194
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	0 - 36	3 - 39
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	37 - 109	40 - 112
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	110 - 137	113 - 140
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	138 - 190	141 - 193

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