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- PDB-2r1s: Structure of the RNA brominated tridecamer r(GCGUU-5BUGAAACGC) at... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r1s
タイトルStructure of the RNA brominated tridecamer r(GCGUU-5BUGAAACGC) at 1.4 A (Br1)
要素RNA (5'-R(*GP*CP*GP*UP*UP*(5BU)P*GP*AP*AP*AP*CP*GP*C)-3')
キーワードRNA / asymmetry / electrostatic / monovalent cations / structural plasticity
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Timsit, Y. / Bombard, S.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2007
タイトル: The 1.3 A resolution structure of the RNA tridecamer r(GCGUUUGAAACGC): Metal ion binding correlates with base unstacking and groove contraction.
著者: Timsit, Y. / Bombard, S.
履歴
登録2007年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*CP*GP*UP*UP*(5BU)P*GP*AP*AP*AP*CP*GP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*CP*GP*UP*UP*(5BU)P*GP*AP*AP*AP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6128
ポリマ－8,4732
非ポリマー1396
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)25.380, 25.670, 29.920
Angle α, β, γ (deg.)98.64, 105.43, 100.67
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*CP*GP*UP*UP*(5BU)P*GP*AP*AP*AP*CP*GP*C)-3')


分子量: 4236.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 30% MPD, 100mM NaCl, 50 mM Tris, 3mM MnCl2, 2mM MgCl2, 0.5 mM RNA, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2NaCl11
3Tris11
4MnCl211
5MgCl211
6MPD12
7NaCl12
8Tris12
9MnCl212
10MgCl212

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.919487 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年2月3日
放射モノクロメーター: Si (111) crystals / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.919487 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→14.1 Å / Num. obs: 12174 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Rsym value: 2.3 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 1.4→1.49 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / Num. unique all: 1310 / Rsym value: 8 / % possible all: 67.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345dtbデータ収集
CNS位相決定
精密化解像度: 1.4→14.1 Å / σ(F): 209 / 立体化学のターゲット値: mlf
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.185 1971 7.2 %random
Rwork0.159 ---
obs0.159 12174 80.1 %-
溶媒の処理Bsol: 47.016 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 11.026 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.055 Å2-0.381 Å2-0.478 Å2
2---0.068 Å20.104 Å2
3---0.122 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→14.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 552 6 176 734
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.89206
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.003882
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d10.3
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d1.2537
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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