PDB-2r1d: Crystal structure of rat neurexin 1beta in the Ca2+ containing form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r1d

タイトル

Crystal structure of rat neurexin 1beta in the Ca2+ containing form

要素

Neurexin-1-beta

キーワード

CELL ADHESION / SPLICING / beta-sandwich

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-containing complex assembly involved in synapse maturation / positive regulation of cAMP-mediated signaling / positive regulation of presynaptic active zone assembly / cell-cell adhesion involved in synapse maturation / guanylate kinase-associated protein clustering / protein complex involved in cell-cell adhesion / positive regulation of neuromuscular synaptic transmission / neuron to neuron synapse / trans-synaptic protein complex / neuroligin clustering involved in postsynaptic membrane assembly ...protein-containing complex assembly involved in synapse maturation / positive regulation of cAMP-mediated signaling / positive regulation of presynaptic active zone assembly / cell-cell adhesion involved in synapse maturation / guanylate kinase-associated protein clustering / protein complex involved in cell-cell adhesion / positive regulation of neuromuscular synaptic transmission / neuron to neuron synapse / trans-synaptic protein complex / neuroligin clustering involved in postsynaptic membrane assembly / regulation of trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / type 1 fibroblast growth factor receptor binding / trans-synaptic signaling, modulating synaptic transmission / cerebellar granule cell differentiation / negative regulation of filopodium assembly / gephyrin clustering involved in postsynaptic density assembly / slit diaphragm / postsynaptic density protein 95 clustering / postsynaptic membrane assembly / synapse maturation / gamma-aminobutyric acid receptor clustering / vocal learning / presynaptic membrane assembly / neuroligin family protein binding / positive regulation of synapse maturation / maintenance of synapse structure / regulation of grooming behavior / presynapse assembly / synaptic vesicle clustering / synaptic membrane adhesion / regulation of postsynaptic specialization assembly / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / receptor localization to synapse / neuron cell-cell adhesion / inhibitory synapse / NMDA glutamate receptor clustering / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / vocalization behavior / regulation of postsynaptic density assembly / protein localization to synapse / acetylcholine receptor binding / neurotransmitter secretion / regulation of synaptic vesicle cycle / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of synapse assembly / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / neuromuscular process controlling balance / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / adult behavior / neuron projection morphogenesis / excitatory synapse / social behavior / endocytic vesicle / regulation of presynapse assembly / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / prepulse inhibition / axonal growth cone / cell adhesion molecule binding / synapse assembly / presynaptic active zone membrane / cellular response to calcium ion / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / learning / calcium channel regulator activity / positive regulation of protein localization to plasma membrane / neuromuscular junction / establishment of protein localization / circadian rhythm / positive regulation of neuron projection development / GABA-ergic synapse / Schaffer collateral - CA1 synapse / neuron projection development / calcium-dependent protein binding / transmembrane signaling receptor activity / presynaptic membrane / vesicle / angiogenesis / nuclear membrane / chemical synaptic transmission / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / signaling receptor binding / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / cell surface / endoplasmic reticulum / signal transduction / protein-containing complex / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Rudenko, G.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Regulation of Neurexin 1beta Tertiary Structure and Ligand Binding through Alternative Splicing
著者: Shen, K.C. / Kuczynska, D.A. / Wu, I.J. / Murray, B.H. / Sheckler, L.R. / Rudenko, G.

履歴

登録	2007年8月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2r1d.cif.gz	310.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2r1d.ent.gz	249 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2r1d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2r1d_validation.pdf.gz	518.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2r1d_full_validation.pdf.gz	546.6 KB	表示
XML形式データ	2r1d_validation.xml.gz	55.4 KB	表示
CIF形式データ	2r1d_validation.cif.gz	75.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/2r1d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/2r1d	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2r16C 2r1bC 1c4rS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3vkf-4 4cyu-2 1c4r-1 1c4r-4 3ud5-d 3twh-d 5w7o-d 4cyu-1 1c4r-3 1rao-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Neurexin-1-beta

B: Neurexin-1-beta

C: Neurexin-1-beta

D: Neurexin-1-beta

E: Neurexin-1-beta

F: Neurexin-1-beta

G: Neurexin-1-beta

H: Neurexin-1-beta

I: Neurexin-1-beta

W: Neurexin-1-beta

ヘテロ分子

243 kDa, 10 ポリマー
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1

A: Neurexin-1-beta

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Neurexin-1-beta

ヘテロ分子

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3

C: Neurexin-1-beta

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4

D: Neurexin-1-beta

ヘテロ分子

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24.4 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Neurexin-1-beta

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6

F: Neurexin-1-beta

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7

G: Neurexin-1-beta

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8

H: Neurexin-1-beta

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9

I: Neurexin-1-beta

ヘテロ分子

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24.4 kDa, 1 ポリマー
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10

W: Neurexin-1-beta

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.3 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.683, 195.719, 103.867
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	TYR	TYR	PHE	PHE	A	A	41 - 43	41 - 43
2	1	TYR	TYR	PHE	PHE	B	B	41 - 43	41 - 43
3	1	TYR	TYR	PHE	PHE	C	C	41 - 43	41 - 43
4	1	TYR	TYR	PHE	PHE	D	D	41 - 43	41 - 43
5	1	TYR	TYR	PHE	PHE	E	E	41 - 43	41 - 43
6	1	TYR	TYR	PHE	PHE	F	F	41 - 43	41 - 43
7	1	TYR	TYR	PHE	PHE	G	G	41 - 43	41 - 43
8	1	TYR	TYR	PHE	PHE	H	H	41 - 43	41 - 43
9	1	TYR	TYR	PHE	PHE	I	I	41 - 43	41 - 43
10	2	TYR	TYR	TRP	TRP	A	A	52 - 54	52 - 54
11	2	TYR	TYR	TRP	TRP	B	B	52 - 54	52 - 54
12	2	TYR	TYR	TRP	TRP	C	C	52 - 54	52 - 54
13	2	TYR	TYR	TRP	TRP	D	D	52 - 54	52 - 54
14	2	TYR	TYR	TRP	TRP	E	E	52 - 54	52 - 54
15	2	TYR	TYR	TRP	TRP	F	F	52 - 54	52 - 54
16	2	TYR	TYR	TRP	TRP	G	G	52 - 54	52 - 54
17	2	TYR	TYR	TRP	TRP	H	H	52 - 54	52 - 54
18	2	TYR	TYR	TRP	TRP	I	I	52 - 54	52 - 54
19	3	ARG	ARG	SER	SER	A	A	59 - 86	59 - 86
20	3	ARG	ARG	SER	SER	B	B	59 - 86	59 - 86
21	3	ARG	ARG	SER	SER	C	C	59 - 86	59 - 86
22	3	ARG	ARG	SER	SER	D	D	59 - 86	59 - 86
23	3	ARG	ARG	SER	SER	E	E	59 - 86	59 - 86
24	3	ARG	ARG	SER	SER	F	F	59 - 86	59 - 86
25	3	ARG	ARG	SER	SER	G	G	59 - 86	59 - 86
26	3	ARG	ARG	SER	SER	H	H	59 - 86	59 - 86
27	3	ARG	ARG	SER	SER	I	I	59 - 86	59 - 86
28	4	LEU	LEU	HIS	HIS	A	A	89 - 98	89 - 98
29	4	LEU	LEU	HIS	HIS	B	B	89 - 98	89 - 98
30	4	LEU	LEU	HIS	HIS	C	C	89 - 98	89 - 98
31	4	LEU	LEU	HIS	HIS	D	D	89 - 98	89 - 98
32	4	LEU	LEU	HIS	HIS	E	E	89 - 98	89 - 98
33	4	LEU	LEU	HIS	HIS	F	F	89 - 98	89 - 98
34	4	LEU	LEU	HIS	HIS	G	G	89 - 98	89 - 98
35	4	LEU	LEU	HIS	HIS	H	H	89 - 98	89 - 98
36	4	LEU	LEU	HIS	HIS	I	I	89 - 98	89 - 98
37	5	ILE	ILE	PHE	PHE	A	A	102 - 106	102 - 106
38	5	ILE	ILE	PHE	PHE	B	B	102 - 106	102 - 106
39	5	ILE	ILE	PHE	PHE	C	C	102 - 106	102 - 106
40	5	ILE	ILE	PHE	PHE	D	D	102 - 106	102 - 106
41	5	ILE	ILE	PHE	PHE	E	E	102 - 106	102 - 106
42	5	ILE	ILE	PHE	PHE	F	F	102 - 106	102 - 106
43	5	ILE	ILE	PHE	PHE	G	G	102 - 106	102 - 106
44	5	ILE	ILE	PHE	PHE	H	H	102 - 106	102 - 106
45	5	ILE	ILE	PHE	PHE	I	I	102 - 106	102 - 106
46	6	ASP	ASP	SER	SER	A	A	112 - 118	112 - 118
47	6	ASP	ASP	SER	SER	B	B	112 - 118	112 - 118
48	6	ASP	ASP	SER	SER	C	C	112 - 118	112 - 118
49	6	ASP	ASP	SER	SER	D	D	112 - 118	112 - 118
50	6	ASP	ASP	SER	SER	E	E	112 - 118	112 - 118
51	6	ASP	ASP	SER	SER	F	F	112 - 118	112 - 118
52	6	ASP	ASP	SER	SER	G	G	112 - 118	112 - 118
53	6	ASP	ASP	SER	SER	H	H	112 - 118	112 - 118
54	6	ASP	ASP	SER	SER	I	I	112 - 118	112 - 118
55	7	ASP	ASP	ARG	ARG	A	A	124 - 134	124 - 134
56	7	ASP	ASP	ARG	ARG	B	B	124 - 134	124 - 134
57	7	ASP	ASP	ARG	ARG	C	C	124 - 134	124 - 134
58	7	ASP	ASP	ARG	ARG	D	D	124 - 134	124 - 134
59	7	ASP	ASP	ARG	ARG	E	E	124 - 134	124 - 134
60	7	ASP	ASP	ARG	ARG	F	F	124 - 134	124 - 134
61	7	ASP	ASP	ARG	ARG	G	G	124 - 134	124 - 134
62	7	ASP	ASP	ARG	ARG	H	H	124 - 134	124 - 134
63	7	ASP	ASP	ARG	ARG	I	I	124 - 134	124 - 134
64	8	ALA	ALA	ARG	ARG	A	A	139 - 151	139 - 151
65	8	ALA	ALA	ARG	ARG	B	B	139 - 151	139 - 151
66	8	ALA	ALA	ARG	ARG	C	C	139 - 151	139 - 151
67	8	ALA	ALA	ARG	ARG	D	D	139 - 151	139 - 151
68	8	ALA	ALA	ARG	ARG	E	E	139 - 151	139 - 151
69	8	ALA	ALA	ARG	ARG	F	F	139 - 151	139 - 151
70	8	ALA	ALA	ARG	ARG	G	G	139 - 151	139 - 151
71	8	ALA	ALA	ARG	ARG	H	H	139 - 151	139 - 151
72	8	ALA	ALA	ARG	ARG	I	I	139 - 151	139 - 151
73	9	GLN	GLN	GLY	GLY	A	A	164 - 171	164 - 171
74	9	GLN	GLN	GLY	GLY	B	B	164 - 171	164 - 171
75	9	GLN	GLN	GLY	GLY	C	C	164 - 171	164 - 171
76	9	GLN	GLN	GLY	GLY	D	D	164 - 171	164 - 171
77	9	GLN	GLN	GLY	GLY	E	E	164 - 171	164 - 171
78	9	GLN	GLN	GLY	GLY	F	F	164 - 171	164 - 171
79	9	GLN	GLN	GLY	GLY	G	G	164 - 171	164 - 171
80	9	GLN	GLN	GLY	GLY	H	H	164 - 171	164 - 171
81	9	GLN	GLN	GLY	GLY	I	I	164 - 171	164 - 171
82	10	GLN	GLN	LEU	LEU	A	A	176 - 193	176 - 193
83	10	GLN	GLN	LEU	LEU	B	B	176 - 193	176 - 193
84	10	GLN	GLN	LEU	LEU	C	C	176 - 193	176 - 193
85	10	GLN	GLN	LEU	LEU	D	D	176 - 193	176 - 193
86	10	GLN	GLN	LEU	LEU	E	E	176 - 193	176 - 193
87	10	GLN	GLN	LEU	LEU	F	F	176 - 193	176 - 193
88	10	GLN	GLN	LEU	LEU	G	G	176 - 193	176 - 193
89	10	GLN	GLN	LEU	LEU	H	H	176 - 193	176 - 193
90	10	GLN	GLN	LEU	LEU	I	I	176 - 193	176 - 193

#1: タンパク質	Neurexin-1-beta / neurexin I-beta 分子量: 24321.201 Da / 分子数: 10 / 断片: LNS/LG domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Nrxn1 / プラスミド: pGEX-KG / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q63373
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	THE RESIDUE NUMBERING IN THIS ENTRY IS DIFFERENT THAN THE CONVENTION USED FOR THE NEUREXIN 1BETA ...THE RESIDUE NUMBERING IN THIS ENTRY IS DIFFERENT THAN THE CONVENTION USED FOR THE NEUREXIN 1BETA CA2+-FREE FORM, PDB ENTRY 1C4R. CHAIN W IS A FRAGMENT FROM ONE OF CHAINS A-I BUT IT CANNOT BE UNEQUIVOCALLY ASSIGNED TO ANY OF THEM.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.55 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 21% Peg 5000 MME, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M AmSO4, 1.86% 1,2,3-heptanetriol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 103 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→40.6 Å / Num. all: 73949 / Num. obs: 73949 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 51 Å² / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 24.8
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 3636 / R_sym value: 0.423 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 1C4R

1c4r

解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 19.07 / SU ML: 0.194 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.41 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24401	3741	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20273	-	-	-
all	0.20482	73564	-	-
obs	0.20482	69823	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.116 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.91 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12101	0	3	113	12217

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	12342
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.614	1.927	16753
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.43	5	1585
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.68	24.531	565
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.132	15	1929
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.155	15	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	1866
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	9526
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	4820
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	8255
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	492
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.113	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.203	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.106	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.666	1.5	8026
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.143	2	12548
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.729	3	4876
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.778	4.5	4205

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 807 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.29	0.5
2	B	medium positional	0.41	0.5
3	C	medium positional	0.3	0.5
4	D	medium positional	0.34	0.5
5	E	medium positional	0.31	0.5
6	F	medium positional	0.37	0.5
7	G	medium positional	0.33	0.5
8	H	medium positional	0.33	0.5
9	I	medium positional	0.47	0.5
1	A	medium thermal	0.73	2
2	B	medium thermal	0.9	2
3	C	medium thermal	0.83	2
4	D	medium thermal	0.88	2
5	E	medium thermal	0.76	2
6	F	medium thermal	0.84	2
7	G	medium thermal	0.84	2
8	H	medium thermal	0.81	2
9	I	medium thermal	0.65	2

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.349	291	-
R_work	0.283	5014	-
obs	-	5305	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3052	0.0626	0.7933	9.6745	-0.5457	1.7265	0.281	0.1358	-0.4185	-0.6307	-0.0465	0.1516	0.353	-0.0377	-0.2345	0.0022	0.0523	-0.0403	-0.1414	-0.0248	-0.0655	34.642	19.6656	50.8275
2	1.4089	-0.3671	0.5897	2.5802	-0.7998	4.6616	-0.0189	-0.0981	0.1752	0.0886	-0.062	-0.076	-0.2056	0.2106	0.0809	-0.2943	-0.0229	0.0222	-0.151	0.0088	-0.187	35.8138	55.1031	67.8686
3	2.2887	0.2148	-0.8686	7.4692	-0.0135	2.1654	0.0778	-0.0249	0.1955	-0.3854	-0.0222	0.2178	-0.1504	-0.0086	-0.0555	-0.0951	0.0298	0.0211	-0.1809	0.014	-0.0839	22.4357	94.3727	-1.4657
4	1.0676	-0.4318	-1.1117	3.6705	0.3908	5.8919	0.0262	0.0024	-0.1543	0.1673	-0.0158	0.0226	0.2675	-0.2305	-0.0104	-0.2308	-0.0075	-0.0019	-0.1405	0.0071	-0.1922	20.9674	58.9597	15.7013
5	2.047	-0.608	0.2974	7.0878	-0.0364	1.3278	-0.186	0.0151	0.5825	-0.1867	-0.0762	-0.3942	-0.3268	0.1299	0.2623	-0.0433	-0.0304	-0.0894	-0.1574	0.0314	-0.0759	25.6878	81.1813	44.5851
6	5.6166	-0.6282	-0.3614	2.7296	-0.8488	2.6481	-0.014	-0.1606	-0.2644	-0.0466	0.1504	0.2317	0.3751	-0.4699	-0.1364	-0.1545	-0.1001	-0.0945	-0.0482	0.0448	-0.2162	8.1654	47.2975	53.4978
7	2.4777	-0.1744	-0.2146	6.3064	-0.3271	1.7308	-0.0316	0.0225	-0.3189	0.2439	-0.1084	-0.0304	0.1415	0.0202	0.14	-0.1574	-0.0216	0.0495	-0.177	-0.0533	-0.2325	32.2062	32.6178	96.7281
8	6.0025	-0.3479	1.2605	3.9333	1.1222	3.2851	0.0254	-0.0916	0.2184	0.0062	0.2237	-0.4658	-0.2416	0.5417	-0.2491	-0.2013	-0.0883	0.055	0.006	-0.0825	-0.0984	47.996	67.0218	105.0453
9	2.9525	0.3046	-1.3131	15.868	4.7527	6.5899	-0.217	-0.1794	0.0074	1.1839	-0.7239	1.5226	0.2799	-0.731	0.9409	0.3997	-0.0524	0.1455	0.2958	-0.1089	0.3072	14.3698	19.8061	23.6937

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	35 - 216	35 - 216
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	35 - 214	35 - 214
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	K	1000	1
4	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	34 - 216	34 - 216
5	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	35 - 213	35 - 213
6	X-RAY DIFFRACTION	4	D	L	2000	1
7	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	35 - 216	35 - 216
8	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	35 - 212	35 - 212
9	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	35 - 216	35 - 216
10	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	36 - 211	36 - 211
11	X-RAY DIFFRACTION	9	I	I	39 - 211	39 - 211
12	X-RAY DIFFRACTION	9	I	M	3000	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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