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- PDB-2r1a: Crystal structure of the periplasmic lipopolysaccharide transport... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r1a
タイトルCrystal structure of the periplasmic lipopolysaccharide transport protein LptA (YhbN), trigonal form
要素Protein yhbN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / mainly beta / beta-jellyroll / beta-taco / Structural Genomics / Bacterial Structural Genomics Initiative / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


glycolipid transfer activity / transporter complex / lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Lipopolysaccharide (LPS) transport protein A like domain / : / Lipopolysaccharide export system protein LptA / lipopolysaccharide transport protein A fold / Organic solvent tolerance-like, N-terminal / LptA/(LptD N-terminal domain) LPS transport protein / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lipopolysaccharide export system protein LptA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Suits, M.D.L. / Polissi, A. / Jia, Z. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Novel structure of the conserved gram-negative lipopolysaccharide transport protein A and mutagenesis analysis.
著者: Suits, M.D. / Sperandeo, P. / Deho, G. / Polissi, A. / Jia, Z.
履歴
登録2007年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein yhbN
B: Protein yhbN
C: Protein yhbN
D: Protein yhbN
E: Protein yhbN
F: Protein yhbN
G: Protein yhbN
H: Protein yhbN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,1008
ポリマ－139,1008
非ポリマー00
水1,22568
1
A: Protein yhbN
B: Protein yhbN
C: Protein yhbN
D: Protein yhbN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5504
ポリマ－69,5504
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
手法PISA
2
E: Protein yhbN
F: Protein yhbN
G: Protein yhbN
H: Protein yhbN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5504
ポリマ－69,5504
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.210, 146.210, 186.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質
Protein yhbN


分子量: 17387.471 Da / 分子数: 8 / 断片: Periplasmic processed form: Residues 27-185 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: yhbN, b3200, JW3167 / プラスミド: pET21b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ADV1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.32 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 3350, Glycerol, LPS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.977173 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月4日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→50 Å / Num. all: 35797 / Num. obs: 30606 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.25-3.376.70.614181.8
3.37-3.56.70.353194.8
3.5-3.667.60.313199.6
3.66-3.858.70.3441100
3.85-4.099.30.3341100
4.09-4.419.60.1781100
4.41-4.859.90.08197.6
4.85-5.5610.20.1031100
5.56-710.20.0961100
7-509.50.05198.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.4.0065精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2R19

2r19


解像度: 3.26→29.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.864 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.777 / SU B: 27.964 / SU ML: 0.477 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.65 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.36086 1518 5 %RANDOM
Rwork0.29801 ---
obs0.3011 30606 83.64 %-
all-30606 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.266 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.65 Å20.32 Å20 Å2
2--0.65 Å20 Å2
3----0.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.26→29.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7552 0 0 68 7620
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0217665
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0351.9310487
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.76451049
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg45.38226.637333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.3715993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.805158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215968
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2571.55248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.47528309
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.43332417
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7934.52178
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.26→3.345 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.541 27 -
Rwork0.397 638 -
obs--24.79 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0 Å / Origin y: 0 Å / Origin z: 0 Å
111213212223313233
T0 Å20 Å20 Å2-0 Å20 Å2--0 Å2
L0 °20 °20 °2-0 °20 °2--0 °2
S0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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