PDB-2r16: Crystal Structure of bovine neurexin 1 alpha LNS/LG domain 4 (wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r16

タイトル

Crystal Structure of bovine neurexin 1 alpha LNS/LG domain 4 (with no splice insert)

要素

Neurexin-1-alpha

キーワード

CELL ADHESION / SPLICING / beta-sandwich

機能・相同性

機能・相同性情報

neuroligin family protein binding / cell projection / presynaptic membrane / cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.04 Å

データ登録者

Rudenko, G.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Regulation of Neurexin 1beta Tertiary Structure and Ligand Binding through Alternative Splicing
著者: Shen, K.C. / Kuczynska, D.A. / Wu, I.J. / Murray, B.H. / Sheckler, L.R. / Rudenko, G.

履歴

登録	2007年8月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2r16.cif.gz	90.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2r16.ent.gz	69 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2r16.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2r16_validation.pdf.gz	404 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2r16_full_validation.pdf.gz	406.1 KB	表示
XML形式データ	2r16_validation.xml.gz	6.5 KB	表示
CIF形式データ	2r16_validation.cif.gz	9.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/2r16 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/2r16	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2r1bC 2r1dC 1c4rS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1zui-d 1zyo-d 4wzv-1 3gft-4 6ut9-d 1kqr-d 3kkm-d 5vpy-1 2jt6-d 5gj6-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (3) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (4) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (4) #17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neurexin-1-alpha

ヘテロ分子

20.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.322, 90.322, 39.624
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Neurexin-1-alpha / neurexin I-alpha 分子量: 20539.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: NRXN1 / プラスミド: pGEX-KG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B / 参照: UniProt: Q28146
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 12.5% isopropanol, 0.1 M CHES pH 9.0, 5 mM CaCl2, , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 103 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.96112 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月16日
放射	モノクロメーター: see beam-line specifications / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96112 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.04→23.7 Å / Num. all: 82197 / Num. obs: 82197 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.6 % / B_iso Wilson estimate: 7.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 37.9
反射シェル	解像度: 1.04→1.08 Å / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique all: 5319 / R_sym value: 0.296 / % possible all: 60.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3	精密化
CNS		精密化
MAR345	software	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1C4R

1c4r

解像度: 1.04→23.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 0.546 / SU ML: 0.013 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16518	8108	10 %	RANDOM
R_work	0.1465	-	-	-
all	0.14839	80871	-	-
obs	0.14839	72763	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.292 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.08 Å²	-0.04 Å²	0 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.04→23.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1476	0	1	130	1607

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	1509
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.906	1.953	2051
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.93	3.003	2496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.896	5	191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.14	23.429	70
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.328	15	279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.121	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	236
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	316
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	250
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.217	0.2	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	726
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.094	0.2	897
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.06	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.215	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.332	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.425	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.659	1.5	954
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.68	1.5	384
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.35	2	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.964	3	622
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.966	4.5	542
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.389	3	2775
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	8.859	3	134
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	3.947	3	2499

LS精密化シェル

解像度: 1.04→1.067 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.182	338	-
R_work	0.16	3377	-
obs	-	3715	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 20.7429 Å / Origin y: 53.3942 Å / Origin z: 12.2062 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0829 Å²	0.0128 Å²	0.0075 Å²	-	-0.0849 Å²	0.0005 Å²	-	-	-0.0794 Å²
L	0.8711 °²	-0.2398 °²	-0.5572 °²	-	1.5195 °²	0.0011 °²	-	-	1.4857 °²
S	0.0475 Å °	0.007 Å °	0.0571 Å °	0.0378 Å °	-0.0095 Å °	0.0263 Å °	-0.0391 Å °	-0.0262 Å °	-0.038 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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