PDB-2qzg: Crystal structure of unknown function protein MMP1188

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qzg

タイトル

Crystal structure of unknown function protein MMP1188

要素

Conserved uncharacterized archaeal protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Methanococcus maripaludis / unknown function protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

Uncharacterised protein family UPF0147 / Uncharacterised protein family (UPF0147) / Ta0600-like / Ta0600-like superfamily / de novo design (two linked rop proteins) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / UPF0147 protein MMP1188

機能・相同性情報

生物種

Methanococcus maripaludis S2 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Chang, C. / Perez, V. / Volkart, L. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of MMP1188, unknown function protein.
著者: Chang, C. / Volkart, L. / Freeman, L. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qzg.cif.gz	81.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qzg.ent.gz	64 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qzg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qzg_validation.pdf.gz	454.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qzg_full_validation.pdf.gz	463.1 KB	表示
XML形式データ	2qzg_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	2qzg_validation.cif.gz	23.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/2qzg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/2qzg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4jzg-d 2p1l-1 3fgv-d 3tjt-d 3enb-2 3u6r-1 6xh1-d 3bw8-2 2c8d-2 4llv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC86528.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Conserved uncharacterized archaeal protein

B: Conserved uncharacterized archaeal protein

C: Conserved uncharacterized archaeal protein

D: Conserved uncharacterized archaeal protein

42.6 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Conserved uncharacterized archaeal protein

C: Conserved uncharacterized archaeal protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.3 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Conserved uncharacterized archaeal protein

D: Conserved uncharacterized archaeal protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	45.753, 83.617, 54.583
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.48, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Conserved uncharacterized archaeal protein 分子量: 10658.489 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis S2 (古細菌) 生物種: Methanococcus maripaludis / 株: S2, LL / 遺伝子: MMP1188 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6LY05
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.03 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M Na Acetate, 18% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月23日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→50 Å / Num. all: 22725 / Num. obs: 22678 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.3 % / B_iso Wilson estimate: 36.66 Å² / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 57.35
反射シェル	解像度: 2.09→2.12 Å / 冗長度: 9.5 % / R_merge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 6.13 / Num. unique all: 555 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.09→29.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 11.019 / SU ML: 0.155 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26176	1162	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2085	-	-	-
all	0.21125	21491	-	-
obs	0.21125	21491	99.27 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.423 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	0 Å²	-1.56 Å²
2-	-	-1.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→29.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2745	0	0	122	2867

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	2799
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.235	1.961	3806
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.628	5	352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.045	26.241	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.626	15	514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.134	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	458
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2081
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.293	0.2	1975
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	123
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.219	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.184	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.958	1.5	1844
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.266	2	2901
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.107	3	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.408	4.5	905
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.09→2.14 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	68	-
R_work	0.223	1462	-
obs	-	-	92.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0824	-0.284	3.3949	2.9413	0.7346	12.4598	0.1578	-0.5379	-0.2488	0.4137	0.0976	0.4102	0.2805	-0.6429	-0.2554	-0.1714	-0.0528	0.093	0.0239	0.044	-0.1737	10.2871	39.0653	3.5767
2	3.919	-2.7693	0.0787	5.1512	-2.3824	3.5369	-0.0143	-0.3883	0.2917	0.2265	-0.0009	-0.4941	-0.1235	-0.0528	0.0151	-0.1162	-0.0443	0.0194	-0.1123	-0.0539	-0.0937	19.0705	38.9293	-0.293
3	4.1369	-1.067	3.3386	5.3166	0.9901	12.5592	0.0931	0.3754	0.2258	-0.5116	-0.2313	0.3542	-1.2271	0.5202	0.1382	0.009	0.0357	0.0438	-0.2456	0.1189	-0.0214	24.1753	50.0664	-25.2923
4	4.8061	-2.3902	-2.1766	6.7838	2.8922	9.2577	0.3125	0.4337	0.0179	-0.4078	-0.4837	0.7867	-0.222	-0.3587	0.1712	-0.1345	0.0698	0.0728	-0.1368	0.0143	-0.0587	20.6452	41.8764	-21.7254
5	10.9083	3.4644	1.4061	7.1439	0.3631	2.8915	0.2927	-0.798	-0.6173	0.2167	-0.1315	0.2507	-0.0785	0.0882	-0.1613	-0.1565	0.0114	-0.0826	-0.1998	0.1936	0.0055	23.2284	15.5381	0.5294
6	6.8514	-2.1853	-3.3529	5.3722	-0.7546	3.5281	0.2834	0.3286	-0.6399	-0.728	-0.2316	0.5039	0.0091	-0.1595	-0.0518	-0.076	0.0403	-0.1016	-0.1489	0.0359	-0.0718	21.2366	20.5656	-7.2782
7	19.4581	6.5459	5.4776	5.9669	2.4611	4.6933	0.3002	1.5826	-0.9607	0.2548	0.1654	-0.2463	0.5919	0.4217	-0.4656	-0.0345	0.2563	-0.0266	0.1289	-0.1541	-0.2709	40.1262	28.4357	-25.6674
8	7.4296	-1.1161	1.8202	2.4661	-0.4227	4.7456	0.4153	0.1075	-0.2778	0.5202	-0.0766	-0.2874	0.2779	0.3159	-0.3387	0.0068	0.1083	-0.0297	-0.073	-0.0209	-0.2139	36.9973	31.2881	-17.1849

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	9 - 48	12 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	49 - 91	52 - 94
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	9 - 48	12 - 51
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	49 - 91	52 - 94
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	9 - 48	12 - 51
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	49 - 90	52 - 93
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	9 - 48	12 - 51
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	49 - 90	52 - 93

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