ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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XSCALE | | データスケーリング | | AMoRE | | 位相決定 | | REFMAC | 5.2.0019精密化 | | PDB_EXTRACT | 3 | データ抽出 | | MAR345dtb | | データ収集 | | XDS | | データ削減 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1MJO 解像度: 2.05→64.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 4.768 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.226 | 493 | 4.8 % | RANDOM |
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Rwork | 0.186 | - | - | - |
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all | 0.188 | 10232 | - | - |
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obs | 0.188 | 10204 | 99.76 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.279 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 1.02 Å2 | 0.51 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 1.02 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -1.53 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→64.55 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1161 | 0 | 20 | 111 | 1292 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.01 | 0.022 | 1207 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.109 | 1.997 | 1629 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg4.798 | 5 | 153 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg34.102 | 26.102 | 59 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg14.197 | 15 | 219 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg18.793 | 15 | 6 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.067 | 0.2 | 183 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.004 | 0.02 | 896 | X-RAY DIFFRACTION | r_nbd_refined0.22 | 0.2 | 619 | X-RAY DIFFRACTION | r_nbtor_refined0.298 | 0.2 | 833 | X-RAY DIFFRACTION | r_xyhbond_nbd_refined0.137 | 0.2 | 87 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_vdw_refined0.206 | 0.2 | 37 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_hbond_refined0.182 | 0.2 | 17 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it0.642 | 1.5 | 779 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it1.106 | 2 | 1199 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it1.889 | 3 | 461 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it2.931 | 4.5 | 430 | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.104 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.324 | 36 | - |
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Rwork | 0.231 | 729 | - |
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all | - | 765 | - |
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obs | - | - | 100 % |
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