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- PDB-2qy2: Characterization of a trifunctional mimivirus mRNA capping enzyme... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qy2
タイトルCharacterization of a trifunctional mimivirus mRNA capping enzyme and crystal structure of the RNA triphosphatase domainm.
要素Probable mRNA-capping enzyme
キーワードHYDROLASE / VIRAL PROTEIN / mRNA capping / phosphatase / beta tunnel / mRNA processing / Multifunctional enzyme / Nucleotidyltransferase / S-adenosyl-L-methionine / Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / virion component / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / GTP binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
mRNA triphosphatase Cet1-like / mRNA triphosphatase Cet1-like / mRNA triphosphatase Cet1-like superfamily / mRNA Triphosphatase Cet1; Chain A / mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase domain / mRNA cap guanine-N7 methyltransferase / mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase domain / mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase (EC 2.1.1.56) domain profile. / CYTH-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily ...mRNA triphosphatase Cet1-like / mRNA triphosphatase Cet1-like / mRNA triphosphatase Cet1-like superfamily / mRNA Triphosphatase Cet1; Chain A / mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase domain / mRNA cap guanine-N7 methyltransferase / mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase domain / mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase (EC 2.1.1.56) domain profile. / CYTH-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CITRATE ANION / Probable mRNA-capping enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Mimivirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shuman, S. / Benarroch, D. / Smith, P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Characterization of a trifunctional mimivirus mRNA capping enzyme and crystal structure of the RNA triphosphatase domain.
著者: Benarroch, D. / Smith, P. / Shuman, S.
履歴
登録2007年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable mRNA-capping enzyme
B: Probable mRNA-capping enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6025
ポリマ－55,2952
非ポリマー3073
水6,215345
1
A: Probable mRNA-capping enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7653
ポリマ－27,6471
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Probable mRNA-capping enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8362
ポリマ－27,6471
非ポリマー1891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.462, 154.462, 39.618
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1338-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Probable mRNA-capping enzyme


分子量: 27647.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mimivirus (ウイルス) / 属: Mimivirus / 遺伝子: Refseq YP_142736 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon+ / 参照: UniProt: Q5UQX1
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.15 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20-30% PEG 4000 (less than 1 mo. old), 0.1M Sodium Citrate, 0.2M Ammonium Acetate, pH 5.0-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793, 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月30日
詳細: 54-pole harmonic emission undulator with a vertically focusing mirror and a horizontally focusing monochromator (Si111).
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
21.11
反射解像度: 2→40 Å / Num. all: 36953 / Num. obs: 36620 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 4.61 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 31.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.65 % / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Num. unique all: 3678 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 95.18

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→34.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2490485.66 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED, Optimized via grid search. Ksol=0.325 with a probe radius of 0.8 angstroms.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 3429 9.9 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.212 34612 93.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.9835 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.37 Å22.35 Å20 Å2
2--2.56 Å20 Å2
3----4.92 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3862 0 21 345 4228
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.62
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.873
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.094
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.414
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.285
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE - NO NCS RESTRAINTS APPLIED
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 296 10.5 %
Rwork0.277 2512 -
obs--76.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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