PDB-2qxz: pectate lyase R236F from Xanthomonas campestris

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qxz

タイトル

pectate lyase R236F from Xanthomonas campestris

要素

pectate lyase II

キーワード

LYASE / pectate lyase

機能・相同性

機能・相同性情報

pectate lyase activity / polysaccharide catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Garron, M.L. / Shaya, D.

引用

ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2008
タイトル: Improvement of the thermostability and activity of a pectate lyase by single amino acid substitutions, using a strategy based on melting-temperature-guided sequence alignment.
著者: Xiao, Z. / Bergeron, H. / Grosse, S. / Beauchemin, M. / Garron, M.L. / Shaya, D. / Sulea, T. / Cygler, M. / Lau, P.C.

履歴

登録	2007年8月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qxz.cif.gz	147 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qxz.ent.gz	113.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qxz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qxz_validation.pdf.gz	455.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qxz_full_validation.pdf.gz	465.7 KB	表示
XML形式データ	2qxz_validation.xml.gz	31.3 KB	表示
CIF形式データ	2qxz_validation.cif.gz	47.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/2qxz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/2qxz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qy1C 2qx3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1aob-d 1tjs-d 3bfi-d 1evg-d 1bq2-d 1bdu-d 1ah3-d 6dno-d 1ajm-d 1bjg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: pectate lyase II

B: pectate lyase II

ヘテロ分子

70.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: pectate lyase II

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: pectate lyase II

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.329, 53.169, 73.218
Angle α, β, γ (deg.)	71.90, 80.23, 69.11
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	pectate lyase II 分子量: 35265.062 Da / 分子数: 2 / 変異: R236F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア) 生物種: Xanthomonas campestris / 株: pv. campestris / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8P6Z9
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 617 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.86 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年4月19日
放射	モノクロメーター: none / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→69.5 Å / Num. all: 32855 / Num. obs: 32855 / % possible obs: 85.3 %
反射シェル	最高解像度: 2.12 Å / Num. unique all: 29174

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2qx3

2qx3

解像度: 2.12→69.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 7.512 / SU ML: 0.108 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.313 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19352	1543	5 %	RANDOM
R_work	0.14716	-	-	-
obs	0.14954	30717	85.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 5.838 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.08 Å²	0.02 Å²	0.56 Å²
2-	-	-0.25 Å²	-0.17 Å²
3-	-	-	0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.12→69.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4974	0	15	617	5606

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	5111
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.18	1.927	6953
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.548	5	664
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.599	25.113	221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.299	15	784
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.87	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	764
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3924
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	2676
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	3491
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	647
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.232	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.226	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.36	1.5	3336
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.603	2	5229
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.074	3	2047
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.743	4.5	1724
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.12→2.172 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	11	-
R_work	0.159	216	-
obs	-	-	8.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0619	-0.1292	-0.3555	0.9298	-0.1636	1.3866	0.0174	-0.2889	0.1423	0.2992	0.0184	-0.0788	-0.1289	0.1859	-0.0358	0.0023	-0.0029	-0.0457	0.0169	-0.0277	-0.1221	-0.236	0.461	0.666
2	0.6605	0.1959	0.1515	1.1222	0.1711	0.5986	0.0654	-0.1727	-0.0461	0.3284	-0.0347	-0.1664	0.0604	0.0352	-0.0308	-0.0123	-0.014	-0.0759	-0.0286	0.0252	-0.1297	14.945	-3.733	34.101

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	24 - 353	1 - 330
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	24 - 353	1 - 330

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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