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- PDB-2qx7: Structure of Eugenol Synthase from Ocimum basilicum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qx7
タイトルStructure of Eugenol Synthase from Ocimum basilicum
要素Eugenol synthase 1
キーワードPLANT PROTEIN / eugenol / phenylpropene / PIP reductase / short-chain dehydrogenase/reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


eugenol biosynthetic process / eugenol synthase / oxidoreductase activity / nucleotide binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Phenylcoumaran benzylic ether reductase-like / : / NmrA-like domain / NmrA-like family / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold ...Phenylcoumaran benzylic ether reductase-like / : / NmrA-like domain / NmrA-like family / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Eugenol synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Ocimum basilicum (メボウキ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Louie, G.V. / Noel, J.P. / Bowman, M.E.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2007
タイトル: Structure and reaction mechanism of basil eugenol synthase
著者: Louie, G.V. / Baiga, T.J. / Bowman, M.E. / Koeduka, T. / Taylor, J.H. / Spassova, S.M. / Pichersky, E. / Noel, J.P.
履歴
登録2007年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eugenol synthase 1
B: Eugenol synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4664
ポリマ－71,9792
非ポリマー1,4872
水9,854547
1
A: Eugenol synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7332
ポリマ－35,9891
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Eugenol synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7332
ポリマ－35,9891
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.340, 85.930, 99.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is a monomer (half of the asymmetric unit)

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要素

#1: タンパク質 Eugenol synthase 1


分子量: 35989.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ocimum basilicum (メボウキ) / 遺伝子: EGS1 / プラスミド: pHIS8 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15GI4
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 547 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M sodium succinate, 21% PEG 3350, 0.3 M KCl, 2 mM dithiothreitol, 5 mM NADP+, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月1日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.75 Å / Num. obs: 68896 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.99 % / Biso Wilson estimate: 26.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 10.54
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 5.83 % / Rmerge(I) obs: 0.662 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. measured obs: 55088 / Num. unique obs: 9455 / % possible all: 99.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.568 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.495
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å50.15 Å
Translation3 Å50.15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
BOSデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1QYC

1qyc


解像度: 1.75→42.05 Å / FOM work R set: 0.744 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 3472 5 %random
Rwork0.227 ---
obs-68894 99.9 %-
溶媒の処理Bsol: 50.005 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 24.074 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.728 Å20 Å20 Å2
2--5.984 Å20 Å2
3----6.712 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→42.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4954 0 96 547 5597
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.8012
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.7832.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.5443
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.0554
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0058
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.31
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2nap.par
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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