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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qx7 | ||||||
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タイトル | Structure of Eugenol Synthase from Ocimum basilicum | ||||||
![]() | Eugenol synthase 1 | ||||||
![]() | PLANT PROTEIN / eugenol / phenylpropene / PIP reductase / short-chain dehydrogenase/reductase | ||||||
機能・相同性 | ![]() eugenol synthase / eugenol biosynthetic process / oxidoreductase activity / nucleotide binding / protein homodimerization activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Louie, G.V. / Noel, J.P. / Bowman, M.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and reaction mechanism of basil eugenol synthase 著者: Louie, G.V. / Baiga, T.J. / Bowman, M.E. / Koeduka, T. / Taylor, J.H. / Spassova, S.M. / Pichersky, E. / Noel, J.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 147 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 115.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | biological unit is a monomer (half of the asymmetric unit) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35989.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.11 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M sodium succinate, 21% PEG 3350, 0.3 M KCl, 2 mM dithiothreitol, 5 mM NADP+, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月1日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.75 Å / Num. obs: 68896 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.99 % / Biso Wilson estimate: 26.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 10.54 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 5.83 % / Rmerge(I) obs: 0.662 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. measured obs: 55088 / Num. unique obs: 9455 / % possible all: 99.3 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 0.568 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.495
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1QYC 解像度: 1.75→42.05 Å / FOM work R set: 0.744 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 50.005 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.074 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→42.05 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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