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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qx5 | ||||||
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タイトル | Structure of nucleoporin Nic96 | ||||||
![]() | Nucleoporin NIC96 | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / nucleoporin / mRNA transport / Nuclear pore complex / Nucleus / Protein transport / Translocation / Transport | ||||||
機能・相同性 | ![]() nuclear pore linkers / nuclear pore organization / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear pore nuclear basket / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of chromatin organization proteins / nucleocytoplasmic transport ...nuclear pore linkers / nuclear pore organization / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear pore nuclear basket / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of chromatin organization proteins / nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / ribosomal large subunit export from nucleus / nuclear pore / protein import into nucleus / nuclear envelope / nuclear membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jeudy, S. / Schwartz, T.U. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of nucleoporin Nic96 reveals a novel, intricate helical domain architecture 著者: Jeudy, S. / Schwartz, T.U. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 459.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 375.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 445.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 473.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 75879.398 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 186-839 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: S288c / 遺伝子: NIC96 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.02 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 18% PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane, 0.2M Potassium Thiocyanate, 1mM Cetyltrimethylammonium bromide, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月13日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0718 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 55385 / Num. obs: 55097 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 47.7 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 19.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.381 / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å
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