[日本語] English
万見
- PDB-2qx5: Structure of nucleoporin Nic96 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qx5
タイトルStructure of nucleoporin Nic96
要素Nucleoporin NIC96
キーワードTRANSPORT PROTEIN / nucleoporin / mRNA transport / Nuclear pore complex / Nucleus / Protein transport / Translocation / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear pore linkers / nuclear pore organization / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear pore nuclear basket / SUMOylation of SUMOylation proteins / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / nucleocytoplasmic transport ...nuclear pore linkers / nuclear pore organization / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear pore nuclear basket / SUMOylation of SUMOylation proteins / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / ribosomal large subunit export from nucleus / nuclear pore / protein import into nucleus / nuclear envelope / nuclear membrane
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin interacting component Nup93/Nic96 / Nup93/Nic96
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Jeudy, S. / Schwartz, T.U.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of nucleoporin Nic96 reveals a novel, intricate helical domain architecture
著者: Jeudy, S. / Schwartz, T.U.
履歴
登録2007年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nucleoporin NIC96
B: Nucleoporin NIC96
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,8304
ポリマ－151,7592
非ポリマー712
水2,216123
1
A: Nucleoporin NIC96
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,9152
ポリマ－75,8791
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Nucleoporin NIC96
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,9152
ポリマ－75,8791
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.121, 82.478, 113.028
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Nucleoporin NIC96 / Nuclear pore protein NIC96 / 96 kDa nucleoporin- interacting component


分子量: 75879.398 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 186-839 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: NIC96 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: P34077
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.02 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 18% PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane, 0.2M Potassium Thiocyanate, 1mM Cetyltrimethylammonium bromide, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.0718 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0718 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 55385 / Num. obs: 55097 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 47.7 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.381 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 2756 -RANDOM
Rwork0.233 ---
obs-54858 98.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9035 0 2 123 9160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.712
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.54 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 138 -
Rwork0.286 --
obs-2502 98.8 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る