PDB-2qww: Crystal structure of multiple antibiotic-resistance repressor (Ma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qww

タイトル

Crystal structure of multiple antibiotic-resistance repressor (MarR) (YP_013417.1) from Listeria monocytogenes 4b F2365 at 2.07 A resolution

要素

Transcriptional regulator, MarR family

キーワード

TRANSCRIPTION / YP_013417.1 / multiple antibiotic-resistance repressor (MarR) / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / DNA-binding / Transcription regulation

機能・相同性

Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / :

機能・相同性情報

生物種

Listeria monocytogenes str. 4b (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of multiple antibiotic-resistance repressor (MarR) (YP_013417.1) from Listeria monocytogenes 4b F2365 at 2.07 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2007年8月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

Remark 300

BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY ...

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/2qww ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/2qww	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6am3-d 4qao-d 4buq-d 3ay0-2 5j7k-1 5l4x-d 4q5p-d 2yx1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 371703

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: 371703

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional regulator, MarR family

B: Transcriptional regulator, MarR family

C: Transcriptional regulator, MarR family

D: Transcriptional regulator, MarR family

E: Transcriptional regulator, MarR family

F: Transcriptional regulator, MarR family

G: Transcriptional regulator, MarR family

H: Transcriptional regulator, MarR family

137 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Transcriptional regulator, MarR family

B: Transcriptional regulator, MarR family

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
34.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Transcriptional regulator, MarR family

D: Transcriptional regulator, MarR family

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根拠: gel filtration
34.3 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Transcriptional regulator, MarR family

F: Transcriptional regulator, MarR family

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
34.3 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Transcriptional regulator, MarR family

H: Transcriptional regulator, MarR family

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
34.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.250, 159.700, 90.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.260, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1

Dom-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	ASN	SER	5	A	A	5 - 152	6 - 153
2	GLY	LYS	3	B	B	3 - 151	4 - 152
3	THR	LYS	6	C	C	6 - 151	7 - 152
4	THR	SER	6	D	D	6 - 152	7 - 153
5	GLY	LYS	3	E	E	3 - 151	4 - 152
6	THR	LYS	6	F	F	6 - 151	7 - 152
7	ASN	LYS	5	G	G	5 - 151	6 - 152
8	VAL	LYS	2	H	H	2 - 151	3 - 152

詳細

SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, MarR family 分子量: 17154.953 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes str. 4b (バクテリア) 生物種: Listeria monocytogenes / 株: F2365 / 遺伝子: YP_013417.1, LMOf2365_0814 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q722C0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Transcriptional regulator, MarR family

分子量: 17154.953 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Listeria monocytogenes str. 4b (バクテリア)
生物種: Listeria monocytogenes / 株: F2365 / 遺伝子: YP_013417.1, LMOf2365_0814 / プラスミド: speedET / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q722C0

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: NANODROP, 29.545% PEG 4000, 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Citric acid pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91162, 0.97939, 0.97918

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月15日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91162	1
2	0.97939	1
3	0.97918	1

反射

解像度: 2.07→46.984 Å / Num. obs: 79209 / % possible obs: 93.7 % / B_iso Wilson estimate: 33.42 Å² / R_merge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 7.65

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
2.07-2.14	0.571	2.1	16534	6323	1	82.5
2.14-2.23	0.46	2.5	20653	7632	1	90.5
2.23-2.33	0.376	3.1	19729	7298	1	91.7
2.33-2.45	0.285	3.8	20160	7416	1	93.9
2.45-2.61	0.256	4.3	21588	7940	1	94.6
2.61-2.81	0.19	5.5	20856	7636	1	95.3
2.81-3.09	0.258	7.4	27157	7694	1	96.1
3.09-3.53	0.243	11.4	43497	7834	1	97.8
3.53-46.984	0.116	16.5	44322	7970	1	98.1

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.07→46.984 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.882 / SU B: 13.641 / SU ML: 0.181 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.211
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.293	3967	5 %	RANDOM
R_work	0.239	-	-	-
all	0.242	-	-	-
obs	0.242	79173	98.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.773 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.94 Å²	0 Å²	0.53 Å²
2-	-	-1.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.07→46.984 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8349	0	0	333	8682

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	8474
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	8214
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.258	1.986	11485
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.789	3	18963
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.874	5	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.964	25.956	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.919	15	1563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.865	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	9247
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.3	2066
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.136	0.3	8195
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.5	4419
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.5	5239
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.5	528
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.004	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.168	0.3	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.142	0.3	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.24	0.5	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.523	3	5854
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.476	3	2343
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.288	5	8997
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.184	8	3035
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.724	11	2477

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1787 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	MEDIUM POSITIONAL	0.44	0.5
2	B	MEDIUM POSITIONAL	0.68	0.5
3	C	MEDIUM POSITIONAL	0.45	0.5
4	D	MEDIUM POSITIONAL	0.39	0.5
5	E	MEDIUM POSITIONAL	0.66	0.5
6	F	MEDIUM POSITIONAL	0.81	0.5
7	G	MEDIUM POSITIONAL	0.47	0.5
8	H	MEDIUM POSITIONAL	0.57	0.5
1	A	MEDIUM THERMAL	0.62	2
2	B	MEDIUM THERMAL	0.66	2
3	C	MEDIUM THERMAL	0.62	2
4	D	MEDIUM THERMAL	0.63	2
5	E	MEDIUM THERMAL	0.66	2
6	F	MEDIUM THERMAL	0.66	2
7	G	MEDIUM THERMAL	0.64	2
8	H	MEDIUM THERMAL	0.67	2

LS精密化シェル

解像度: 2.07→2.124 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	286	-
R_work	0.299	5162	-
obs	-	5448	91.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6659	0.129	-0.2895	0.7255	-0.2809	0.5862	-0.0476	0.036	0.075	0.0189	0.0408	0.0413	0.0032	-0.0077	0.0067	-0.1797	-0.0001	0.0039	-0.1281	-0.0018	-0.2182	-23.9451	-14.3047	0.0986
2	0.3312	0.223	0.3455	0.765	0.3695	0.4761	-0.0138	-0.0178	0.0233	0.0337	0.0206	0.0684	-0.0289	-0.0171	-0.0068	-0.1825	0.0022	0.0315	-0.104	0.0005	-0.1719	-0.0548	11.8807	-1.3766
3	0.3814	0.0178	0.3808	1.1908	-0.0146	0.4354	-0.03	0.0284	-0.0437	-0.0754	0.0229	-0.0281	0.032	0.0155	0.0071	-0.167	-0.0071	0.0304	-0.1021	0.0131	-0.2396	-14.1475	53.1571	-44.4953
4	0.4111	0.279	-0.2074	0.8255	0.0286	0.1528	-0.0487	0.0033	0.2168	-0.0108	0.0243	-0.0236	-0.0268	-0.0237	0.0245	-0.1478	-0.0002	-0.0128	-0.1175	0.011	-0.1507	10.2877	26.3726	-45.0725

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	5 - 89	6 - 90
2	1	A	A	92 - 152	93 - 153
3	1	B	B	3 - 151	4 - 152
4	2	C	C	6 - 88	7 - 89
5	2	C	C	97 - 151	98 - 152
6	2	D	D	6 - 87	7 - 88
7	2	D	D	96 - 152	97 - 153
8	3	E	E	3 - 88	4 - 89
9	3	E	E	95 - 151	96 - 152
10	3	F	F	6 - 88	7 - 89
11	3	F	F	96 - 151	97 - 152
12	4	G	G	5 - 87	6 - 88
13	4	G	G	95 - 151	96 - 152
14	4	H	H	2 - 88	3 - 89
15	4	H	H	96 - 151	97 - 152

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