PDB-2qw4: Human NR4A1 ligand-binding domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qw4

タイトル

Human NR4A1 ligand-binding domain

要素

Orphan nuclear receptor NR4A1

キーワード

HORMONE RECEPTOR / NUCLEAR RECEPTOR / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphorylation / Transcription / Transcription regulation / Zinc-finger

機能・相同性

機能・相同性情報

neurotransmitter secretion involved in regulation of skeletal muscle contraction / regulation of type B pancreatic cell proliferation / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / AKT phosphorylates targets in the nucleus / endothelial cell chemotaxis / nuclear glucocorticoid receptor binding / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cell migration involved in sprouting angiogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Min, J.R. / Schuetz, A. / Loppnau, P. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Nr4A1 Ligand-Binding Domain
著者: Min, J.R. / Schuetz, A. / Loppnau, P. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N.

履歴

登録	2007年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2007年8月21日	ID: 2GBD
改定 1.0	2007年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2qw4.ent.gz	153 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qw4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2qw4_validation.pdf.gz	469.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qw4_full_validation.pdf.gz	490.8 KB	表示
XML形式データ	2qw4_validation.xml.gz	33.5 KB	表示
CIF形式データ	2qw4_validation.cif.gz	45.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/2qw4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/2qw4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1yjeS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ref-1 6dda-3 4whf-2 4kzm-2 4re8-1 4re8-2 1yje-d 6knw-d 4whg-1 4ree-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orphan nuclear receptor NR4A1

B: Orphan nuclear receptor NR4A1

C: Orphan nuclear receptor NR4A1

D: Orphan nuclear receptor NR4A1

121 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Orphan nuclear receptor NR4A1

登録者が定義した集合体
30.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Orphan nuclear receptor NR4A1

登録者が定義した集合体
30.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Orphan nuclear receptor NR4A1

登録者が定義した集合体
30.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Orphan nuclear receptor NR4A1

登録者が定義した集合体
30.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	89.530, 96.364, 144.849
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Orphan nuclear receptor NR4A1 / Orphan nuclear receptor HMR / Early response protein NAK1 / TR3 orphan receptor / ST-59 分子量: 30270.014 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR4A1, GFRP1, HMR, NAK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22736
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.15 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 15 % PEG 6000, 0.1 M BISTRIS PH 6.4, 0.4 M SODIUM THIOCYANATE, AND 5 % ETHYLENGLYCOL, pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月20日
放射	モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→100 Å / Num. obs: 31070 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1yje

1yje

解像度: 2.8→48.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / SU B: 36.243 / SU ML: 0.33 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.971 / ESU R Free: 0.413 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.292	1566	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23	-	-	-
obs	0.233	29394	98.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.15 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7137	0	0	10	7147

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	7283
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.635	1.997	9856
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.837	5	906
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.58	23.257	304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.785	15	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.171	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5388
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.245	0.2	3540
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	5036
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.313	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.253	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.63	1.5	4647
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.148	2	7294
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.695	3	2891
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.795	4.5	2562
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.88 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	114	-
R_work	0.285	2083	-
obs	-	2083	97.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4074	-2.6311	-3.0314	2.0317	2.3408	2.697	-0.3914	0.0771	0.8511	0.0072	-0.4091	-0.9227	-1.1608	0.6307	0.8004	0.1348	-0.0984	-0.0732	0.1262	0.0924	0.274	26.6408	29.7298	-9.3384
2	4.6334	-0.5457	0.1282	1.8696	1.0128	0.5888	0.1117	-0.3422	-0.1679	0.1224	-0.0627	-0.0379	0.0234	-0.0273	-0.049	0.1787	-0.1019	-0.1312	0.1299	0.1389	0.1778	30.8868	16.3474	14.0357
3	5.2103	-1.7159	0.7156	1.6581	-1.2938	4.0522	-0.0042	-0.3607	0.1047	0.2567	0.1088	-0.0867	-0.4877	0.1463	-0.1046	0.1377	-0.0251	0.0119	0.0749	0.0048	0.1137	18.5149	25.8915	-0.1329
4	1.46	-0.6803	2.2961	1.4411	0.4866	6.4912	0.0831	-0.1289	-0.3162	-0.0056	0.1243	-0.3818	0.2888	0.0942	-0.2074	0.0954	0.0186	-0.0711	0.065	0.0809	0.2018	29.5114	11.2537	6.0573
5	9.1685	-3.2066	-2.9383	1.2096	1.4493	4.2442	0.3971	-0.1127	-0.2188	-0.4267	-0.1893	0.1731	-0.009	-0.2077	-0.2077	0.1094	-0.0067	-0.0232	0.1153	0.0794	0.1656	15.6491	21.7011	-7.676
6	9.6044	1.1821	-6.3816	1.2257	1.4109	8.7059	0.2524	0.5348	-0.0514	-0.3474	-0.1824	0.3225	-0.0748	0.0769	-0.07	0.099	0.0659	0.0055	0.1121	0.0603	0.1487	7.7576	28.7916	-12.684
7	1.8329	0.9237	-1.221	0.8523	1.2595	9.899	0.0548	0.7741	0.1656	-0.4306	0.096	-0.2587	-0.8218	0.4074	-0.1507	0.1144	0.0184	0.0183	0.2371	-0.0172	0.0989	21.5443	21.2104	-20.767
8	2.2354	-2.0718	3.9267	1.9766	-3.6711	6.9155	0.3908	0.1385	-0.3212	-0.1819	-0.3012	-0.167	0.4251	0.1251	-0.0896	0.2134	-0.0354	-0.0942	0.1209	-0.0239	0.2275	17.2668	11.3519	-9.3993
9	4.6411	1.8829	-1.776	4.5274	-1.0277	5.3033	-0.1858	-0.0961	-0.5029	0.4706	0.1394	-0.0484	0.5271	-0.3166	0.0465	0.1757	-0.0931	-0.0701	0.1112	0.1571	0.1445	14.6851	10.7967	14.6491
10	14.3624	1.0063	6.5495	5.9001	0.4624	4.9379	0.8171	-0.7247	-0.1827	-0.1693	-0.1805	0.7019	-0.601	-0.63	-0.6366	0.2856	-0.0456	0.0948	0.0175	-0.087	0.0756	12.9402	20.4437	16.2699
11	4.0703	1.3998	-3.5689	4.3025	-3.3463	5.4818	-0.4295	-0.2838	-0.4033	-0.0839	-0.1914	-0.8781	0.4331	0.4764	0.6209	0.0477	0.0048	-0.0075	0.1216	0.0322	0.1545	36.9562	-20.3383	-10.1967
12	16.621	18.6983	16.2833	23.6779	16.1754	17.6904	-1.3268	-0.4675	0.0575	0.695	1.1452	0.3765	1.4255	2.1967	0.1816	0.1993	0.0544	0.1641	0.6242	0.262	0.1995	33.2358	-2.566	-31.5437
13	1.2347	1.6022	-4.9727	6.1712	-9.7762	22.7263	0.4444	0.1796	-0.2219	-0.2525	-0.6312	0.024	0.4941	0.2386	0.1868	0.15	0.0132	0.0156	0.1177	0.0113	0.119	28.5452	-16.9981	-26.5835
14	3.6298	1.4532	-1.8135	3.2259	-0.2993	0.9749	-0.1954	0.0509	-0.2964	0.027	0.0003	0.0302	0.2317	-0.0301	0.195	0.1742	0.0118	0.0084	0.0693	0.0061	0.1547	20.9703	-28.4707	-12.0543
15	5.0118	1.5163	-2.3172	1.35	0.0928	1.7785	0.5335	-0.2442	0.1496	0.0782	-0.337	-0.0406	-0.0663	0.1997	-0.1965	0.1252	-0.0261	-0.0263	0.1003	0.0381	0.2021	29.8162	-13.5996	-11.1461
16	1.0907	0.1584	-0.3685	2.7392	-1.3078	2.5377	0.1116	-0.1246	0.1856	0.044	-0.1254	-0.0626	-0.2472	0.1705	0.0138	0.1075	-0.0123	0.0081	0.0559	0.0247	0.1485	29.1423	-11.1568	-12.1783
17	8.856	4.3033	2.5804	6.4107	2.1065	3.905	0.2978	-1.1988	0.3022	0.7037	-0.7287	-0.0315	0.7802	-0.8673	0.4308	0.041	-0.0182	0.1478	0.1253	0.0215	0.2355	16.0736	-24.8688	1.9092
18	17.7191	5.8238	8.7375	28.9582	-28.595	40.9213	0.4947	-1.3599	-0.0953	0.6921	-1.2554	-0.8398	-2.6853	-1.733	0.7606	0.031	0.1024	0.0487	0.1836	-0.0909	0.3003	19.3939	-10.3575	2.4576
19	1.2649	1.5463	2.4163	4.1945	0.1103	8.1254	-0.096	0.0417	0.1038	-0.1325	0.2425	0.1296	-0.2025	-0.0163	-0.1465	0.1346	0.0724	-0.0204	0.1164	0.0062	0.1703	17.8	-9.9533	-22.6795
20	7.3085	6.0082	1.414	11.2025	-4.1707	4.8147	-0.0956	-0.4468	-0.1521	-1.0038	0.4899	0.6758	0.7963	0.2326	-0.3943	0.2066	-0.0033	-0.0253	0.0321	-0.0299	0.1671	17.7259	-20.0523	-28.2355
21	2.0695	2.6069	4.6672	10.669	3.9937	11.0069	-0.1273	0.0224	0.1386	-0.2234	-0.3625	0.6683	-0.2119	-0.9765	0.4897	0.1441	0.1611	-0.0898	0.0325	-0.0895	0.2247	-9.6386	7.7875	-51.3301
22	4.8229	-3.353	2.7641	3.1978	-3.8556	5.8995	-0.0922	-0.0704	0.7072	0.035	-0.1169	0.241	-0.2616	-0.8026	0.2091	0.1992	0.0336	-0.0761	0.1637	-0.131	0.0938	-2.8533	17.0824	-26.7201
23	2.9707	5.0705	-4.8393	9.0527	-8.3632	7.9101	-0.2953	-0.244	-1.0662	1.1731	-0.3387	-0.9602	-1.2747	0.047	0.6341	0.3129	0.0252	-0.1351	0.1941	0.0509	0.163	5.2038	4.6111	-16.4407
24	5.2713	-0.1809	4.6953	1.2831	1.2861	9.5969	0.0444	-0.3462	-0.203	-0.0074	0.0109	0.2415	0.0454	-0.7138	-0.0553	0.1356	0.046	-0.033	0.0297	-0.0647	0.1973	-6.627	-0.2122	-34.3112
25	1.5482	1.2855	0.954	4.4744	1.0384	1.5825	-0.0384	0.1151	-0.1774	0.1679	0.0798	-0.2259	-0.151	-0.1051	-0.0414	0.1297	-0.0052	-0.0852	0.0979	-0.0628	0.1429	-2.7724	0.5421	-41.0828
26	8.547	-2.1928	4.1913	3.3153	-0.7265	4.2899	0.047	-0.338	-0.4307	0.1145	-0.3813	0.1743	-0.1022	-0.3094	0.3343	0.2052	0.0127	-0.0734	0.1557	-0.0858	0.0661	2.3715	10.4938	-26.6109
27	1.034	0.4787	0.19	0.7153	-0.4702	2.0129	-0.1001	0.1009	-0.0457	-0.184	0.0333	-0.0789	-0.2052	0.054	0.0668	0.1497	0.0569	-0.081	0.0622	-0.0184	0.1371	2.312	0.8771	-47.2982
28	7.8918	-2.3107	-1.7363	6.1684	0.8378	0.4018	-0.1888	1.0985	0.3484	0.5647	-0.5661	-0.0902	-0.6215	0.5479	0.7549	0.2246	-0.0991	-0.0617	0.1071	0.0474	0.1409	5.9109	7.988	-55.6342
29	2.5262	1.4254	1.0069	4.2037	-1.7025	6.0379	-0.02	-0.1212	0.0529	-0.2104	0.0754	0.0867	0.4516	0.9329	-0.0554	0.1108	0.0335	-0.0449	0.0364	0.0012	0.1596	9.7746	-3.6407	-31.3051
30	1.9061	-0.831	0.2174	1.2306	-1.708	3.0217	-0.1288	-0.1621	-0.1417	0.0057	0.2681	0.6633	0.2564	-0.0629	-0.1394	0.1861	-0.0501	-0.0975	0.0535	0.0712	0.3158	0.7908	-9.3987	-26.2318
31	2.5702	0.4401	2.7609	0.2417	-0.3663	7.1992	-0.1048	-0.017	0.2893	0.1513	-0.2728	-0.2373	-0.329	0.2955	0.3777	0.1276	-0.1225	-0.0792	0.1588	0.0092	0.1402	48.9929	16.2856	-49.3267
32	19.8894	-18.0377	6.4785	17.4743	-2.1336	14.6575	-0.976	1.0487	2.4761	0.489	-0.1856	-0.3274	-1.4009	1.0238	1.1616	0.5206	-0.2499	-0.1973	0.0387	0.0069	0.3532	37.6219	5.5458	-70.3904
33	1.8826	0.8126	-1.5277	0.6443	-0.6379	1.2413	0.0103	0.1388	-0.6674	-0.2506	0.058	-0.6877	0.0396	0.7664	-0.0683	0.1225	-0.1022	0.0093	0.1339	0.0331	0.2596	51.6459	3.8146	-52.2531
34	1.1662	-2.5179	-1.9649	5.6717	3.4962	5.6741	-0.9422	-0.0319	-0.4441	0.4477	0.379	0.5197	0.5723	1.2211	0.5632	0.1003	0.007	0.1046	0.2044	0.2055	0.2626	53.3364	-3.8079	-40.7192
35	1.7453	-2.2356	0.3225	3.4762	-0.5264	4.7678	0.0448	0.0204	-0.1498	0.0707	0.0189	-0.1969	-0.2913	0.0032	-0.0637	0.0483	-0.099	-0.0063	0.1085	-0.0002	0.1945	42.1933	13.1286	-53.0675
36	2.9045	0.0062	0.7139	1.0584	-0.0455	4.0849	0.0267	-0.089	-0.0828	0.0282	-0.1034	-0.0072	-0.275	-0.0295	0.0767	0.1021	-0.1231	-0.0371	0.0807	0.0199	0.132	39.3804	9.3831	-44.6125
37	4.4875	-3.743	-3.1036	8.4904	2.3439	4.607	-0.2893	-0.6392	-0.3486	0.8006	0.1069	0.2469	0.0194	0.7217	0.1824	0.0739	-0.1346	-0.0258	0.2401	0.2549	0.0859	46.2939	1.3718	-29.1966
38	17.934	-14.8673	-4.2908	12.3251	3.5571	1.0266	1.2729	0.5142	-0.6014	-1.544	-2.2136	0.7784	-0.3052	0.2684	0.9407	0.3968	-0.0924	0.1146	0.0639	0.0331	0.0416	35.4867	5.6407	-36.5333
39	0.0809	0.7734	1.1444	7.5724	10.9264	16.1878	-0.0583	0.1565	-0.2101	0.405	0.1548	0.022	0.8216	-0.4155	-0.0965	0.1159	-0.1859	0.0667	0.1881	-0.0643	0.2065	36.8247	-2.8775	-54.0699
40	4.5497	0.9526	0.3641	9.0354	-1.9116	1.9388	-0.0275	0.0815	-0.3581	-0.3842	-0.1096	-0.9675	1.3846	0.9634	0.1371	0.0121	0.0129	0.026	0.0147	-0.095	0.2807	46.4449	-7.7555	-57.7089

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	32 - 46	38 - 52
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	47 - 83	53 - 89
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	84 - 126	90 - 132
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	127 - 163	133 - 169
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	164 - 190	170 - 196
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	191 - 199	197 - 205
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	200 - 213	206 - 219
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	217 - 235	223 - 241
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	236 - 247	242 - 253
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	248 - 264	254 - 270
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	32 - 59	38 - 65
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	60 - 69	66 - 75
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	70 - 82	76 - 88
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	83 - 114	89 - 120
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	115 - 126	121 - 132
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	127 - 183	133 - 189
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	B	184 - 213	190 - 219
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	B	217 - 229	223 - 235
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	B	230 - 248	236 - 254
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	B	249 - 264	255 - 270
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	C	30 - 44	36 - 50
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	C	45 - 61	51 - 67
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	C	62 - 74	68 - 80
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	C	75 - 91	81 - 97
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	C	92 - 130	98 - 136
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	C	131 - 149	137 - 155
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	C	150 - 203	156 - 209
28	X-RAY DIFFRACTION	28	C	C	204 - 228	210 - 234
29	X-RAY DIFFRACTION	29	C	C	229 - 247	235 - 253
30	X-RAY DIFFRACTION	30	C	C	248 - 264	254 - 270
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	D	32 - 62	38 - 68
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	D	63 - 70	69 - 76
33	X-RAY DIFFRACTION	33	D	D	71 - 93	77 - 99
34	X-RAY DIFFRACTION	34	D	D	94 - 114	100 - 120
35	X-RAY DIFFRACTION	35	D	D	115 - 145	121 - 151
36	X-RAY DIFFRACTION	36	D	D	146 - 182	152 - 188
37	X-RAY DIFFRACTION	37	D	D	183 - 223	189 - 229
38	X-RAY DIFFRACTION	38	D	D	224 - 229	230 - 235
39	X-RAY DIFFRACTION	39	D	D	230 - 247	236 - 253
40	X-RAY DIFFRACTION	40	D	D	248 - 265	254 - 271

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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