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万見
- PDB-2qvw: Structure of Giardia Dicer refined against twinned data -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qvw
タイトルStructure of Giardia Dicer refined against twinned data
要素GLP_546_48378_50642
キーワードHYDROLASE / Dicer / RNAi / pseudo-merohedral twin
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease III activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / RNA processing / nucleotide binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A - #150 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1440 / Giardia dicer, N-terminal / Giardia Dicer N-terminal domain / Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / paz domain / paz domain / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Ribonuclease III domain ...Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A - #150 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1440 / Giardia dicer, N-terminal / Giardia Dicer N-terminal domain / Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / paz domain / paz domain / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Beta Complex / Helix non-globular / Special / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Endoribonuclease Dicer-like / :
類似検索 - 構成要素
生物種Giardia intestinalis (ランブル鞭毛虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Doudna, J.A. / MacRae, I.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: An unusual case of pseudo-merohedral twinning in orthorhombic crystals of Dicer
著者: Macrae, I.J. / Doudna, J.A.
履歴
登録2007年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLP_546_48378_50642
B: GLP_546_48378_50642
C: GLP_546_48378_50642
D: GLP_546_48378_50642
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)332,90343
ポリマ－330,7604
非ポリマー2,14339
水00
1
A: GLP_546_48378_50642
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,34913
ポリマ－82,6901
非ポリマー65912
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GLP_546_48378_50642
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,18510
ポリマ－82,6901
非ポリマー4949
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: GLP_546_48378_50642
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,18510
ポリマ－82,6901
非ポリマー4949
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: GLP_546_48378_50642
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,18510
ポリマ－82,6901
非ポリマー4949
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)155.409, 173.490, 155.453
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological unit is a monomer. There are four copies in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
GLP_546_48378_50642


分子量: 82690.070 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Giardia intestinalis (ランブル鞭毛虫)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q7R2M2, UniProt: A8BQJ3*PLUS, ribonuclease III
#2: 化合物...
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.17 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 28% PEG 400, 0.1M NaCl, 0.1M MgCl2, 0.1M MES, 5 mM TCEP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinタイプ: hemihedral / Operator: l,-k,h / Fraction: 0.5
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 84015 / Num. obs: 82755 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 68.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 4.21 / Num. unique all: 8238 / Rsym value: 0.371 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化開始モデル: PDB entry 2FFL

2ffl


解像度: 3→50 Å / σ(F): 1517
詳細: The authors state that the structure is the same as the previously deposited Dicer structure (PDB entry 2FFL) except the new model has been refined against higher resolution, twinned data.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 3938 4.6 %
Rwork0.221 --
obs-81205 95.9 %
溶媒の処理Bsol: 21.105 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 39.525 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.872 Å20 Å20 Å2
2--4.251 Å20 Å2
3----2.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22333 0 39 0 22372
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.207
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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