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- PDB-2qv7: Crystal Structure of Diacylglycerol Kinase DgkB in complex with A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qv7
タイトルCrystal Structure of Diacylglycerol Kinase DgkB in complex with ADP and Mg
要素Diacylglycerol Kinase DgkB
キーワードTRANSFERASE / alpha-beta domain 1 / beta sandwich domain 2 / Protein-ADP complex
機能・相同性
機能・相同性情報


diacylglycerol kinase (ATP) / ATP-dependent diacylglycerol kinase activity / phospholipid biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Diacylglycerol/lipid kinase / YegS/DAGK, C-terminal domain / YegS C-terminal NAD kinase beta sandwich-like domain / Tumour Suppressor Smad4 - #40 / : / Diacylglycerol kinase, catalytic domain / Diacylglycerol kinase catalytic domain / DAG-kinase catalytic (DAGKc) domain profile. / Diacylglycerol kinase catalytic domain (presumed) / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 ...Diacylglycerol/lipid kinase / YegS/DAGK, C-terminal domain / YegS C-terminal NAD kinase beta sandwich-like domain / Tumour Suppressor Smad4 - #40 / : / Diacylglycerol kinase, catalytic domain / Diacylglycerol kinase catalytic domain / DAG-kinase catalytic (DAGKc) domain profile. / Diacylglycerol kinase catalytic domain (presumed) / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / Tumour Suppressor Smad4 / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Diacylglycerol kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / Rigid body refinement of DgkB / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Miller, D.J. / Jerga, A. / Rock, C.O. / White, S.W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Analysis of the Staphylococcus aureus DgkB Structure Reveals a Common Catalytic Mechanism for the Soluble Diacylglycerol Kinases.
著者: Miller, D.J. / Jerga, A. / Rock, C.O. / White, S.W.
履歴
登録2007年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diacylglycerol Kinase DgkB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3513
ポリマ－37,8991
非ポリマー4522
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Diacylglycerol Kinase DgkB
ヘテロ分子

A: Diacylglycerol Kinase DgkB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,7016
ポリマ－75,7982
非ポリマー9034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)123.760, 123.760, 47.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Diacylglycerol Kinase DgkB


分子量: 37899.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: SAR1989 / プラスミド: pAJ015 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): methionine auxotroph B834 / 参照: UniProt: Q6GFF9, diacylglycerol kinase (ATP)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.93 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: drop: 0.1 M Tris pH 8.5, 9% PEG2K MME; well: 0.1 M Tris pH 8.5, 18% PEG2K MME, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 170 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si-220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 17025 / Num. obs: 16997 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.2 % / Rsym value: 0.128 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 1667 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
DgkBmodel used for rigid body refinement位相決定
精密化構造決定の手法: Rigid body refinement of DgkB / 解像度: 2.3→29.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 10.497 / SU ML: 0.156 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.312 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2464 857 5.1 %RANDOM
Rwork0.20648 ---
obs0.20845 16069 99.58 %-
all-16997 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.138 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2324 0 28 152 2504
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222393
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1221.9853240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8875301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.92925.093108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.05315406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5231511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021801
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1770.21050
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.21583
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1070.2183
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1890.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.431.51542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.67622388
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0933953
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6034.5852
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 81 -
Rwork0.218 1130 -
obs--99.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0622-1.748-0.23762.88030.10331.34440.1358-0.0014-0.0199-0.0425-0.0911-0.0721-0.0260.0218-0.0447-0.096-0.0286-0.0305-0.05490.0365-0.104457.359439.697521.3913
215.681-4.5687.46193.9168-2.05159.4463-0.2467-0.68250.07520.34560.1075-0.0115-0.21631.00350.1392-0.10610.0341-0.00680.20710.0912-0.073681.378225.749932.2201
36.997-0.88240.68121.03190.19190.3777-0.0669-0.3633-0.4159-0.0507-0.01180.03780.23780.05580.0787-0.0420.0383-0.0131-0.08410.0724-0.081980.620619.048624.3563
47.39620.30191.15218.6303-2.06016.08060.04920.3618-0.1648-0.28520.07250.2903-0.1564-0.0423-0.12170.0080.07690.0515-0.05520.0114-0.149591.755922.54717.5372
57.9025-1.49240.34374.01660.48752.111-0.1975-1.1044-0.54860.39380.19360.09060.150.02480.004-0.10430.0492-0.0183-0.01930.1247-0.116173.788419.282929.7515
610.3742-4.18524.075217.2624-5.9468.71370.53591.9443-0.0013-1.1273-0.4027-0.01580.07860.5026-0.13310.00330.1568-0.05670.1301-0.035-0.218264.064829.36053.584
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 124
2X-RAY DIFFRACTION2A135 - 144
3X-RAY DIFFRACTION3A166 - 200
4X-RAY DIFFRACTION3A207 - 229
5X-RAY DIFFRACTION4A230 - 249
6X-RAY DIFFRACTION5A250 - 286
7X-RAY DIFFRACTION6A296 - 312

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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