[日本語] English
万見
- PDB-2qv3: Crystal Structure of the Helicobacter pylori Vacuolating Toxin p5... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qv3
タイトルCrystal Structure of the Helicobacter pylori Vacuolating Toxin p55 Domain
要素Vacuolating cytotoxin
キーワードTOXIN / beta-helix / VacA
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / toxin activity / periplasmic space / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Vacuolating cytotoxin / Vacuolating cyotoxin / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolating cytotoxin autotransporter
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.401 Å
データ登録者Gangwer, K.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the Helicobacter pylori vacuolating toxin p55 domain
著者: Gangwer, K.A. / Mushrush, D.J. / Stauff, D.L. / Spiller, B. / McClain, M.S. / Cover, T.L. / Lacy, D.B.
履歴
登録2007年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Vacuolating cytotoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3911
ポリマ－49,3911
非ポリマー00
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.606, 56.606, 256.895
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-166-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Vacuolating cytotoxin / VacA


分子量: 49391.023 Da / 分子数: 1 / 断片: p55 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 60190 / 遺伝子: vacA / プラスミド: pET41 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q48245
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 18-23% PEG 1500, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月12日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si-220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 8.3 % / Av σ(I) over netI: 10.8 / 数: 170098 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Χ2: 1 / D res high: 2.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 20530 / % possible obs: 99.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.245099.910.0870.9479.4
4.966.2410010.0940.9769.4
4.334.9610010.0981.0019.1
3.944.3310010.1161.0198.9
3.653.9410010.1431.0118.7
3.443.6510010.1661.0128.6
3.273.4410010.210.9878.4
3.123.2710010.2941.1048
33.1299.710.361.0656.9
2.9395.810.4390.875.4
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 19753 / Num. obs: 19101 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.947 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 1857 / Χ2: 0.819 / % possible all: 96.7

-
位相決定

位相決定手法: 多重同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.401→49.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 13.443 / SU ML: 0.163 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.445 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 972 5.1 %RANDOM
Rwork0.181 ---
all0.183 19041 --
obs0.183 19041 96.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å2-0.09 Å20 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.401→49.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3403 0 0 206 3609
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0223454
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1711.9324679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3965445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.55525.864162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.19115581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6381513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1680.2539
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022615
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.21398
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.22255
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2390.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2850.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1821.52263
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.92723538
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.18831354
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9194.51141
LS精密化 シェル解像度: 2.401→2.463 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 80 -
Rwork0.193 1319 -
all-1399 -
obs--96.62 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.3801 Å / Origin y: 37.039 Å / Origin z: 20.9406 Å
111213212223313233
T-0.0555 Å20.0484 Å2-0.0212 Å2--0.203 Å20.0479 Å2---0.1325 Å2
L1.1877 °2-0.5766 °20.0796 °2-1.9862 °2-1.0713 °2--1.4772 °2
S-0.0955 Å °-0.0423 Å °-0.1371 Å °0.051 Å °0.1046 Å °0.2508 Å °0.0057 Å °-0.0171 Å °-0.0092 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る