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万見
- PDB-2qui: Crystal structures of human tryptophanyl-tRNA synthetase in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qui
タイトルCrystal structures of human tryptophanyl-tRNA synthetase in complex with Tryptophanamide and ATP
要素Tryptophanyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / aminoacyl-tRNA synthetase / Rossmann fold / induced-fit mechnism / ATP-binding / Cytoplasm / Nucleotide-binding / Protein biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan-tRNA ligase / tryptophan-tRNA ligase activity / tryptophanyl-tRNA aminoacylation / kinase inhibitor activity / Cytosolic tRNA aminoacylation / regulation of angiogenesis / negative regulation of protein kinase activity / positive regulation of protein-containing complex assembly / angiogenesis / translation ...tryptophan-tRNA ligase / tryptophan-tRNA ligase activity / tryptophanyl-tRNA aminoacylation / kinase inhibitor activity / Cytosolic tRNA aminoacylation / regulation of angiogenesis / negative regulation of protein kinase activity / positive regulation of protein-containing complex assembly / angiogenesis / translation / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain signature. / WHEP-TRS domain profile. / WHEP-TRS / Tryptophan-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) ...WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain signature. / WHEP-TRS domain profile. / WHEP-TRS / Tryptophan-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / S15/NS1, RNA-binding / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / L-TRYPTOPHANAMIDE / Tryptophan--tRNA ligase, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Shen, N. / Ding, J.P.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008
タイトル: Catalytic mechanism of the tryptophan activation reaction revealed by crystal structures of human tryptophanyl-tRNA synthetase in different enzymatic states
著者: Shen, N. / Zhou, M. / Yang, B. / Yu, Y. / Dong, X. / Ding, J.
履歴
登録2007年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Advisory / Other / カテゴリ: pdbx_validate_symm_contact / symmetry
Item: _symmetry.Int_Tables_number / _symmetry.space_group_name_H-M

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophanyl-tRNA synthetase
B: Tryptophanyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,0586
ポリマ－108,1202
非ポリマー9384
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-37.2 kcal/mol
Surface area30320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.7, 79.7, 383.2
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number89
Space group name H-MP422

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要素

#1: タンパク質 Tryptophanyl-tRNA synthetase / Tryptophan-tRNA ligase / TrpRS / Interferon-induced protein 53 / IFP53 / hWRS


分子量: 54060.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WARS, IFI53, WRS / プラスミド: pET24a(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P23381, tryptophan-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-LTN / L-TRYPTOPHANAMIDE / L-トリプトファンアミド


分子量: 203.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13N3O
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.15M Na citrate, 100mM HEPES, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 47608 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 41.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.575 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 69.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1O5T

1o5t


解像度: 2.4→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2682311.92 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 2363 5 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 47455 95.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.9103 Å2 / ksol: 0.345133 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 51.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.21 Å20 Å20 Å2
2--12.18 Å20 Å2
3----16.39 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6181 0 62 226 6469
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 293 4.7 %
Rwork0.323 5929 -
obs--76.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3LTN.paramLTN.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5atp.paramatp.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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