PDB-2qub: Crystal structure of extracellular lipase LipA from Serratia marc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qub

タイトル

Crystal structure of extracellular lipase LipA from Serratia marcescens

要素

Extracellular lipase

キーワード

HYDROLASE / Beta Roll / Alpha/Beta Hydrolase / helical hairpin

機能・相同性

機能・相同性情報

triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Meier, R. / Baumann, U.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: A calcium-gated lid and a large beta-roll sandwich are revealed by the crystal structure of extracellular lipase from Serratia marcescens.
著者: Meier, R. / Drepper, T. / Svensson, V. / Jaeger, K.E. / Baumann, U.

履歴

登録	2007年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	2quaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2qua-d 5ehg-d 3p8z-d 3tk7-d 5ec8-d 4ctk-d 2cwn-d 2e1d-d 4r8r-d 6p3j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Extracellular lipase

C: Extracellular lipase

E: Extracellular lipase

G: Extracellular lipase

I: Extracellular lipase

K: Extracellular lipase

ヘテロ分子

392 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Extracellular lipase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.4 kDa, 1 ポリマー
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2

C: Extracellular lipase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.4 kDa, 1 ポリマー
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3

E: Extracellular lipase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.4 kDa, 1 ポリマー
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4

G: Extracellular lipase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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5

I: Extracellular lipase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.4 kDa, 1 ポリマー
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6

K: Extracellular lipase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	202.401, 202.401, 317.731
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Extracellular lipase 分子量: 65071.801 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 株: SM6 / 遺伝子: lipA / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q59933, triacylglycerol lipase
#2: 化合物	... ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1921 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.66 %
結晶化	温度: 281 K / pH: 4.6 詳細: 26% MPD, 0.1M Na-Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K, pH 4.60

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.987
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月15日
放射	モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 430068 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 24 % / B_iso Wilson estimate: 18.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.066 / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / R_merge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / R_sym value: 0.335 / % possible all: 76.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0036	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→24.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 3.77 / SU ML: 0.064 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2	1275	30 %	RANDOM
R_work	0.171	-	-	-
obs	0.171	428693	95.6 %	-
all	-	430068	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.124 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	27606	0	48	1921	29575

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	28510
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.098	1.935	38334
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.149	5	3684
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.224	25.333	1350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.553	15	4122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.564	15	84
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	4182
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	22164
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	10765
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.314	0.2	18941
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	1681
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.069	0.2	186
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.35	0.2	192
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.158	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.543	1.5	18834
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.031	2	28554
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.258	3	11123
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.693	4.5	9780
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	69	-
R_work	0.228	24684	-
obs	-	-	74.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3478	-0.1447	-0.1749	1.4181	0.7864	1.2978	-0.0377	-0.1996	0.0275	0.1132	-0.0219	0.2614	0.0522	-0.1608	0.0596	-0.1055	0.0239	0.0222	-0.0628	-0.0017	-0.0534	-70.2396	-29.8629	23.1603
2	2.008	-0.4859	0.3264	0.7174	0.081	0.5381	-0.0446	0.0285	-0.0028	0.002	0.0197	-0.0105	-0.0271	0.0842	0.0249	-0.1029	0.0018	0.0062	-0.1127	-0.01	-0.1272	-41.8731	-28.5518	17.4648
3	2.3277	-0.1996	0.5439	2.6807	0.8288	2.6446	-0.171	-0.3184	0.1416	0.1319	0.1368	-0.1802	-0.1601	0.0842	0.0341	-0.0601	0.039	-0.0457	0.0449	-0.0278	-0.0842	-21.971	-26.0414	37.3747
4	1.0401	0.0864	-0.407	1.3771	-0.4017	1.1322	-0.0426	-0.1196	-0.1401	0.1626	0.0304	-0.1068	0.0585	0.1531	0.0123	-0.0807	0.0208	-0.0181	-0.1023	-0.0051	-0.0983	-40.3624	10.9015	24.93
5	0.5938	-0.4194	-0.0591	1.6904	0.0729	0.3256	-0.0082	0.0188	0.0347	-0.0289	-0.0106	-0.0015	-0.0375	-0.0171	0.0187	-0.1085	-0.0024	0.0064	-0.1181	0.0027	-0.1312	-55.993	34.4859	18.7758
6	1.5223	-0.0567	-0.8193	1.5291	-0.3487	2.9197	-0.0087	-0.0648	0.0726	0.2029	0.0356	0.0573	-0.1069	-0.1762	-0.0269	-0.0613	0.0511	-0.0155	-0.0736	-0.0289	-0.0959	-68.1736	51.3096	38.0383
7	1.7395	-0.3836	0.5206	1.4236	0.359	1.0219	0.0694	0.2409	0.1953	-0.2463	-0.0764	0.0109	-0.1994	0.008	0.007	-0.0711	0.0216	0.0202	-0.0724	0.0336	-0.0913	-43.2419	18.4226	82.4395
8	2.3604	-1.2249	-0.2296	1.4798	0.1891	0.3775	-0.0181	0.0757	-0.1358	0.0649	-0.0092	0.0341	0.0428	0.0341	0.0274	-0.1246	0	-0.0114	-0.1119	-0.0213	-0.1101	-30.4784	-6.9267	88.6137
9	2.8085	0.2149	0.7264	2.2973	1.1793	2.7333	0.1731	0.5316	-0.4911	-0.2223	-0.2602	0.1454	0.1332	-0.1385	0.0871	-0.002	0.0991	-0.0217	0.1577	-0.19	0.0587	-22.3636	-25.8604	69.3142
10	1.2239	-0.0205	-0.5383	1.3308	0.3958	1.1662	-0.0296	0.1249	-0.1841	-0.1466	0.0096	0.0549	0.047	-0.1214	0.02	-0.0812	0.0171	-0.0014	-0.105	-0.0065	-0.0911	-93.1315	11.6992	84.0175
11	0.5443	0.4253	-0.1319	1.9555	-0.2324	0.4804	0.0175	-0.0294	0.0224	0.0687	-0.0507	-0.0045	-0.09	0.0518	0.0331	-0.0997	0.014	0.0122	-0.1097	-0.0067	-0.1289	-78.7042	36.1915	90.042
12	2.3079	-0.0742	-0.9388	2.0434	0.1133	2.5414	-0.0293	0.0016	0.1372	-0.1937	0.0472	-0.0932	-0.1207	0.168	-0.0179	-0.0089	-0.0426	-0.0111	-0.0878	0.0211	-0.1145	-67.0936	52.6784	70.321
13	1.5188	0.205	0.7809	0.7844	0.0534	1.0907	0.0691	-0.1677	0.0525	0.0969	-0.0824	-0.0686	-0.0541	-0.0279	0.0133	-0.1094	-0.031	-0.0061	-0.0797	0.0041	-0.1089	-91.3226	19.5005	22.5688
14	1.3733	0.8892	-0.1042	1.5698	-0.0981	0.4711	0.027	-0.0321	-0.0819	0.0215	-0.0448	-0.0341	0.0548	-0.0288	0.0178	-0.0975	-0.0098	-0.0287	-0.0921	0.0155	-0.1063	-104.5924	-5.5957	16.2833
15	2.2347	-0.6429	1.1416	2.5881	-1.5236	3.759	0.008	-0.297	-0.2367	0.3241	-0.0376	0.021	0.0103	0.0483	0.0295	0.0504	-0.0645	0.0246	-0.0406	0.0478	-0.0331	-111.5409	-24.8008	35.893
16	1.2874	0.4279	-0.4914	1.2034	-0.5838	1.2336	-0.0435	0.2043	-0.0235	-0.1226	0.0551	-0.155	0.044	0.0442	-0.0116	-0.111	-0.0216	0.034	-0.0852	-0.0116	-0.0839	-61.7274	-32.0956	81.3605
17	2.3861	0.5042	-0.5254	0.5521	-0.0648	0.426	0.0144	0.2218	0.1096	-0.0098	0.0264	0.0545	-0.0471	-0.1413	-0.0408	-0.0989	0.0132	0.0186	-0.0608	0.049	-0.1041	-89.8179	-28.7833	87.4828
18	1.3367	-0.0061	-0.5184	1.6371	-0.8895	3.5039	0.0132	0.5456	0.1669	-0.302	0.1272	0.1873	-0.2087	-0.5159	-0.1404	0.0047	0.071	-0.0473	0.3196	0.0839	0.0382	-109.8998	-24.1661	68.0974

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 249
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	250 - 461
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	462 - 613
4	X-RAY DIFFRACTION	4	C	10 - 249
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	250 - 461
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	462 - 613
7	X-RAY DIFFRACTION	7	E	10 - 249
8	X-RAY DIFFRACTION	8	E	250 - 461
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	462 - 613
10	X-RAY DIFFRACTION	10	G	10 - 249
11	X-RAY DIFFRACTION	11	G	250 - 461
12	X-RAY DIFFRACTION	12	G	462 - 613
13	X-RAY DIFFRACTION	13	I	10 - 249
14	X-RAY DIFFRACTION	14	I	250 - 461
15	X-RAY DIFFRACTION	15	I	462 - 613
16	X-RAY DIFFRACTION	16	K	10 - 249
17	X-RAY DIFFRACTION	17	K	250 - 461
18	X-RAY DIFFRACTION	18	K	462 - 613

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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