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万見
- PDB-2qtt: Crystal Structure of Arabidopsis thaliana 5'-Methylthioadenosine ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qtt
タイトルCrystal Structure of Arabidopsis thaliana 5'-Methylthioadenosine nucleosidase in complex with Formycin A
要素5'-methylthioadenosine nucleosidase
キーワードHYDROLASE / nucleosidase / apo / rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


methylthioadenosine nucleosidase / phloem or xylem histogenesis / methylthioadenosine nucleosidase activity / nucleoside metabolic process / L-methionine salvage from methylthioadenosine / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
5'-Methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENINE / Chem-FMC / 5'-methylthioadenosine nucleosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Siu, K.K.W. / Howell, P.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Molecular determinants of substrate specificity in plant 5'-methylthioadenosine nucleosidases.
著者: Siu, K.K. / Lee, J.E. / Sufrin, J.R. / Moffatt, B.A. / McMillan, M. / Cornell, K.A. / Isom, C. / Howell, P.L.
履歴
登録2007年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年2月4日Group: Data collection
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-methylthioadenosine nucleosidase
B: 5'-methylthioadenosine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4165
ポリマ－56,9512
非ポリマー4643
水7,927440
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.300, 127.050, 45.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological unit is unknown

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要素

#1: タンパク質 5'-methylthioadenosine nucleosidase


分子量: 28475.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AT4g38800 / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 C+ / 参照: UniProt: Q9T0I8, methylthioadenosine nucleosidase
#2: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-FMC / (1S)-1-(7-amino-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-3-yl)-1,4-anhydro-D-ribitol / ホルマイシンA


分子量: 267.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.63 %
結晶化温度: 295 K / pH: 7.5
詳細: NH4I, PEG3350, ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K, pH 7.50

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年6月30日 / 詳細: MIRRORS MIRRORS
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1CONFOCAL MULTILAYER ROSENBAUM-ROCK DOUBLE CRYSTAL SAGITTAL FOCUSING MONOCHROMETERSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→23.61 Å / Num. obs: 31340 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.17 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.93→2 Å / 冗長度: 2.48 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.4Lデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
d*TREKデータ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.93→23.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23275 3131 10 %RANDOM
Rwork0.17158 ---
obs0.17771 28208 94.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.226 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.58 Å20 Å20.51 Å2
2---1.2 Å20 Å2
3----1.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→23.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3687 0 33 440 4160
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223831
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5091.9975234
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8185507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.71225.252139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.69715639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.6231515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2651
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022810
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.21967
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.22699
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2359
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1110.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6361.52478
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11624027
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.90331353
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8684.51201
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 211 -
Rwork0.213 1959 -
obs--88.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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