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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qti | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the UPF0352 protein SO_2176 from Shewanella oneidensis. NESG target SoR77. | ||||||
要素 | UPF0352 protein SO_2176 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Y2176_SHEON / UPF0352 / SO_2176 / PF07208 / NESG / SoR77 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium | ||||||
機能・相同性 | Uncharacterised protein family UPF0352 / YejL-like superfamily / Protein of unknown function (DUF1414) / YejL-like / YejL-like / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / UPF0352 protein SO_2176 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Shewanella oneidensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Vorobiev, S.M. / Su, M. / Seetharaman, J. / Kuzin, A.P. / Wang, D. / Cunningham, K. / Owens, L. / Maglaqui, M. / Fang, Y. / Xiao, R. ...Vorobiev, S.M. / Su, M. / Seetharaman, J. / Kuzin, A.P. / Wang, D. / Cunningham, K. / Owens, L. / Maglaqui, M. / Fang, Y. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of the UPF0352 protein SO_2176 from Shewanella oneidensis. 著者: Vorobiev, S.M. / Su, M. / Seetharaman, J. / Kuzin, A.P. / Wang, D. / Cunningham, K. / Owens, L. / Maglaqui, M. / Fang, Y. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2qti.cif.gz | 21.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2qti.ent.gz | 15.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2qti.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2qti_validation.pdf.gz | 420.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2qti_full_validation.pdf.gz | 421.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2qti_validation.xml.gz | 4.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2qti_validation.cif.gz | 5.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/2qti ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/2qti | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Dimer by gel filtration. The second part of the biological assembly is generated by y, x, -z+1 symmetry operator. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9040.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア) 株: MR-1 / 遺伝子: SO_2176 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q8EF26 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.38 % / 解説: The structure factor file contains Friedel pairs |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: microbatch under oil / pH: 4 詳細: 40% PEG 1000, 0.1M Ammonium phosphate, 0.1M Sodium citrate pH 4.0, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 291.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.97913 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月25日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97913 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 7182 / Num. obs: 7182 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 24.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 41.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.527 / Mean I/σ(I) obs: 4.47 / Num. unique all: 721 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→39.32 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 74338.72 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: The Friedel pairs were used for phasing
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.1581 Å2 / ksol: 0.397721 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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