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- PDB-2qt0: Human nicotinamide riboside kinase 1 in complex with nicotinamide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qt0
タイトルHuman nicotinamide riboside kinase 1 in complex with nicotinamide riboside and an ATP analogue
要素Nicotinamide riboside kinase 1
キーワードTRANSFERASE / non-protein kinase / NAD+ / nicotinamide riboside / nrk1 / nicotinamide riboside kinase activity / nicotinic acid riboside kinase activity / NAD biosynthesis / pyridine nucleotide biosynthesis / ATP analogue / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / Alternative splicing / ATP-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinate riboside kinase / ribosylnicotinate kinase activity / ribosylnicotinamide kinase / ribosylnicotinamide kinase activity / Nicotinate metabolism / NAD metabolic process / NAD biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding ...nicotinate riboside kinase / ribosylnicotinate kinase activity / ribosylnicotinamide kinase / ribosylnicotinamide kinase activity / Nicotinate metabolism / NAD metabolic process / NAD biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Nicotinamide riboside / Nicotinamide riboside kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Rabeh, W.M. / Tempel, W. / Nedyalkova, L. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Brenner, C. ...Rabeh, W.M. / Tempel, W. / Nedyalkova, L. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Brenner, C. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2007
タイトル: Nicotinamide Riboside Kinase Structures Reveal New Pathways to NAD(+).
著者: Tempel, W. / Rabeh, W.M. / Bogan, K.L. / Belenky, P. / Wojcik, M. / Seidle, H.F. / Nedyalkova, L. / Yang, T. / Sauve, A.A. / Park, H.W. / Brenner, C.
履歴
登録2007年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN ... BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS POLYPEPTIDE IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinamide riboside kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1594
ポリマ－24,3731
非ポリマー7863
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.025, 97.025, 44.801
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細not known

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要素

#1: タンパク質 Nicotinamide riboside kinase 1


分子量: 24373.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRK1, C9orf95 / プラスミド: p28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus RIL
参照: UniProt: Q9NWW6, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-NNR / Nicotinamide riboside / 3-(aminocarbonyl)-1-beta-D-ribofuranosylpyridinium / ニコチンアミドリボシド


分子量: 255.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N2O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 35% PEG 2000 MME, 0.1M Tris-HCl. The protein solution (40mg/mL) contained 0.01M Nicotinamide riboside, 0.01M AMPPNP and 0.02M Magnesium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→30 Å / Num. obs: 31229 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 1.911 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.92-1.996.20.99931121.733100
1.99-2.076.30.77731411.754100
2.07-2.166.30.53831141.826100
2.16-2.286.40.43631221.918100
2.28-2.426.50.29530971.879100
2.42-2.616.50.22331401.915100
2.61-2.876.60.14731292.048100
2.87-3.286.60.0831032.052100
3.28-4.136.70.04731322.201100
4.13-306.80.03331391.758100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å27.24 Å
Translation2.5 Å27.24 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2P0E

2p0e


解像度: 1.92→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.226 / WRfactor Rwork: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. The Bijvoet differences were used for phasing. 2. Arp/warp, coot, prodrg, molprobity programs have also been used in refinement. 3. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 851 5.1 %RANDOM
Rwork0.209 ---
all0.211 ---
obs-16835 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.811 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å20 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1457 0 50 35 1542
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221548
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021031
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4161.9982112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.1463.0042486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8115181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.84124.36671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.37515254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.315157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2229
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021673
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02311
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2284
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2350.2918
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.2750
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1230.2681
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4090.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3230.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0990.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3492899
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other02359
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.34831464
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4082649
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.153646
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.92-1.9710.312600.2451165122899.756
1.971-2.0250.349700.2491114118699.831
2.025-2.0830.278570.2311068112699.911
2.083-2.1470.251640.21910821146100
2.147-2.2170.29460.2281045109299.908
2.217-2.2940.237450.249901035100
2.294-2.380.237540.21971102799.805
2.38-2.4770.264530.223939992100
2.477-2.5860.287630.221872935100
2.586-2.7110.295440.24862906100
2.711-2.8570.259450.248832877100
2.857-3.0280.27350.2378582199.878
3.028-3.2350.274310.22975678899.873
3.235-3.4910.294380.20968472499.724
3.491-3.8190.195340.186644678100
3.819-4.2610.212320.17458762099.839
4.261-4.9040.138240.15652655199.819
4.904-5.9660.178240.178455479100
5.966-8.2760.26170.229369386100
8.276-300.221150.203238253100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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