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- PDB-2qrw: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis trHbO WG8F mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qrw
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis trHbO WG8F mutant
要素Hemoglobin-like protein HbO
キーワードTRANSPORT PROTEIN / truncated hemoglobin fold / alpha helix / Heme / Hydroxylation / Iron / Membrane / Metal-binding / Oxygen transport / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Two-on-two hemoglobin-3 / Globin, bacterial-like, conserved site / Protozoan/cyanobacterial globins signature. / Truncated hemoglobin / Bacterial-like globin / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Group 2 truncated hemoglobin GlbO / Group 2 truncated hemoglobin GlbO
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Milani, M. / Bolognesi, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: The Roles of Tyr(CD1) and Trp(G8) in Mycobacterium tuberculosis Truncated Hemoglobin O in Ligand Binding and on the Heme Distal Site Architecture
著者: Ouellet, H. / Milani, M. / LaBarre, M. / Bolognesi, M. / Couture, M. / Guertin, M.
履歴
登録2007年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年12月28日Group: Structure summary
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin-like protein HbO
B: Hemoglobin-like protein HbO
C: Hemoglobin-like protein HbO
D: Hemoglobin-like protein HbO
E: Hemoglobin-like protein HbO
F: Hemoglobin-like protein HbO
G: Hemoglobin-like protein HbO
H: Hemoglobin-like protein HbO
I: Hemoglobin-like protein HbO
J: Hemoglobin-like protein HbO
K: Hemoglobin-like protein HbO
L: Hemoglobin-like protein HbO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,11359
ポリマ－179,19412
非ポリマー9,91947
水30,5531696
1
B: Hemoglobin-like protein HbO
H: Hemoglobin-like protein HbO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,53510
ポリマ－29,8662
非ポリマー1,6698
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
手法PISA
2
A: Hemoglobin-like protein HbO
G: Hemoglobin-like protein HbO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,72712
ポリマ－29,8662
非ポリマー1,86110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
手法PISA
3
C: Hemoglobin-like protein HbO
I: Hemoglobin-like protein HbO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2477
ポリマ－29,8662
非ポリマー1,3815
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
手法PISA
4
D: Hemoglobin-like protein HbO
L: Hemoglobin-like protein HbO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,63111
ポリマ－29,8662
非ポリマー1,7659
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
手法PISA
5
E: Hemoglobin-like protein HbO
J: Hemoglobin-like protein HbO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4399
ポリマ－29,8662
非ポリマー1,5737
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
手法PISA
6
F: Hemoglobin-like protein HbO
K: Hemoglobin-like protein HbO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,53510
ポリマ－29,8662
非ポリマー1,6698
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
手法PISA
7
B: Hemoglobin-like protein HbO
E: Hemoglobin-like protein HbO
H: Hemoglobin-like protein HbO
J: Hemoglobin-like protein HbO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,97419
ポリマ－59,7314
非ポリマー3,24215
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10950 Å2
手法PISA
8
A: Hemoglobin-like protein HbO
D: Hemoglobin-like protein HbO
G: Hemoglobin-like protein HbO
L: Hemoglobin-like protein HbO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,35823
ポリマ－59,7314
非ポリマー3,62719
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10870 Å2
手法PISA
9
C: Hemoglobin-like protein HbO
F: Hemoglobin-like protein HbO
I: Hemoglobin-like protein HbO
K: Hemoglobin-like protein HbO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,78217
ポリマ－59,7314
非ポリマー3,05013
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.312, 187.312, 274.467
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

-
要素

#1: タンパク質
Hemoglobin-like protein HbO / Truncated hemoglobin / trHbO


分子量: 14932.825 Da / 分子数: 12 / 変異: W88F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: glbO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A595, UniProt: P9WN23*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1696 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 2.2 M ammonium sulfate, 0.05 M phosphate buffer, 0.001 M KCN, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2005年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→47.67 Å / Num. obs: 178559 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.93→2.03 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 23850 / % possible all: 91.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ngk

1ngk


解像度: 1.93→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21475 8925 5 %RANDOM
Rwork0.17557 ---
all0.17752 169584 --
obs0.17752 169584 98.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.513 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12462 0 655 1696 14813
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02113658
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1362.07818640
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.76651554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.40521.717728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.13152166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.55915187
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21795
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210865
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.19295
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2140.12405
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2130.148
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.00927713
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.511312374
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.07945945
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.59366261
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 543 -
Rwork0.261 10538 -
obs--83.74 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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