PDB-2qrr: Crystal structure of the soluble domain of the ABC transporter, A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qrr

タイトル

Crystal structure of the soluble domain of the ABC transporter, ATP-binding protein from Vibrio parahaemolyticus

要素

Methionine import ATP-binding protein metN

キーワード

HYDROLASE / alpha-beta structure / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Amino-acid transport / ATP-binding / Inner membrane / Membrane / Nucleotide-binding / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

ABC-type D-methionine transporter activity => GO:0033232 / ABC-type methionine transporter / ABC-type amino acid transporter activity / Gram-negative-bacterium-type cell wall / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Kim, Y. / Zhou, M. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Soluble Domain of the ABC Transporter, ATP-binding Protein from Vibrio parahaemolyticus.
著者: Kim, Y. / Zhou, M. / Freeman, L. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

Remark 999

SEQUENCE AUTHORS CONFIRM THE PRESENCE OF ASN RESIDUE AT THE SEQUENCE POSITION 333 (RESIDUE NUMBER ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qrr.cif.gz	51.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qrr.ent.gz	40.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qrr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qrr_validation.pdf.gz	429.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qrr_full_validation.pdf.gz	430.6 KB	表示
XML形式データ	2qrr_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	2qrr_validation.cif.gz	14.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/2qrr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/2qrr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4f21-2 4zkl-1 3v70-1 5euh-2 2q5e-3 4c9i-4 4o7k-d 4eqh-d 2q5e-1 1wlk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC91258.2

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Methionine import ATP-binding protein metN

B: Methionine import ATP-binding protein metN

ヘテロ分子

22.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.134, 47.780, 53.347
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 118.48, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Methionine import ATP-binding protein metN 分子量: 11391.136 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 247-344 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) 株: RIMD 2210633 / 遺伝子: metN, VP0706 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q87RS1, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.49 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2.4 M Ammonium phosphate dibasic, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月27日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal, Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→46.88 Å / Num. all: 23458 / Num. obs: 23458 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / R_sym value: 0.121 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2186 / R_sym value: 0.365 / % possible all: 89.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXCD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.71→46.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 4.153 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.124
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24	2383	10.2 %	RANDOM
R_work	0.199	-	-	-
all	0.203	21072	-	-
obs	0.203	21072	94.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.868 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.95 Å²	0 Å²	0.31 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→46.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1526	0	1	128	1655

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	1632
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.68	1.982	2222
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.012	5	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.324	25.422	83
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.498	15	281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.232	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	243
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	671
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	110
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.17	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.237	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.421	1.5	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.849	2	1656
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.404	3	656
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.894	4.5	566
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.71→1.754 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	126	-
R_work	0.205	1115	-
obs	-	1258	68.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0572	0.079	-0.864	1.7285	-0.0203	1.1022	0.03	0.0675	-0.062	-0.0407	-0.0899	-0.0334	-0.0018	-0.0439	0.0599	-0.0525	-0.0013	-0.0119	-0.031	-0.0112	-0.0091	16.6014	13.5029	1.3356
2	0.344	-0.1505	-0.43	1.0252	0.2511	2.079	0.0657	-0.0222	-0.0269	0.0211	-0.1292	0.011	-0.1924	-0.1488	0.0635	-0.0209	0.0243	-0.024	-0.0335	-0.0055	-0.027	9.0931	25.1532	15.1683

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 98	5 - 101
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 98	4 - 101

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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