PDB-2qr7: 2.0A X-ray structure of C-terminal kinase domain of p90 ribosomal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qr7

タイトル

2.0A X-ray structure of C-terminal kinase domain of p90 ribosomal S6 kinase 2: Se-Met derivative

要素

Ribosomal protein S6 kinase alpha-3

キーワード

TRANSFERASE / kinase domain / RSK2 / autoinhibitory / ATP-binding / Nucleotide-binding / Phosphorylation / Serine/threonine-protein kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

RSK activation / CREB phosphorylation / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / ribosomal protein S6 kinase activity / ERK/MAPK targets / toll-like receptor signaling pathway / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / response to lipopolysaccharide ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Malakhova, M. / Tereshko, V. / Dong, Z.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural basis for activation of the autoinhibitory C-terminal kinase domain of p90 RSK2.
著者: Malakhova, M. / Tereshko, V. / Lee, S.Y. / Yao, K. / Cho, Y.-Y. / Bode, A. / Dong, Z.

履歴

登録	2007年7月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qr7.cif.gz	72.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qr7.ent.gz	57.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qr7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qr7_validation.pdf.gz	425.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qr7_full_validation.pdf.gz	430.9 KB	表示
XML形式データ	2qr7_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	2qr7_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/2qr7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/2qr7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qr8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2qr8-d 4d9t-d 1k82-1 4mao-d 7agc-2 4wrg-d 5b3u-1 2r6h-2 4x97-3 1k82-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (5) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (3) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3

ヘテロ分子

38.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.585, 46.585, 293.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Ribosomal protein S6 kinase alpha-3 / S6K-alpha 3 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 3 / p90-RSK 3 / Ribosomal S6 kinase 2 / RSK-2 / ...S6K-alpha 3 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 3 / p90-RSK 3 / Ribosomal S6 kinase 2 / RSK-2 / pp90RSK2 / MAP kinase-activated protein kinase 1b / MAPKAPK1B 分子量: 38807.191 Da / 分子数: 1 / 変異: K591E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rps6ka3, Rps6ka-rs1, Rsk2 / プラスミド: pET-46 EK/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Codon Plus (DE3)-RILP 参照: UniProt: P18654, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.15 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 7.5%-10% PEG3350, 50mM Ammonium sulfate, 0.1M Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97936 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月1日 / 詳細: ADJUSTABLE FOCUSING MIRRORS IN K-B GEOMETRY
放射	モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97936 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→20 Å / Num. all: 23160 / Num. obs: 23160 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 23160 / Observed criterion σ(I): 23160 / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 45.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 36.84
反射シェル	解像度: 2→2.06 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 8.744 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): -3 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23776	1187	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20276	-	-	-
all	0.2045	23160	-	-
obs	0.2045	23160	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.27 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2365	0	1	91	2457

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	2427
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1638
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.217	1.887	3293
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.834	2.162	3998
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.593	5	297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.721	24.159	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.644	15	417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.033	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	366
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2690
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	488
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	494
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.194	0.2	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.071	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.126	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.268	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.275	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.101	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.899	1.5	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.24	1.5	602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.646	2	2401
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.775	3	975
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.948	4.5	892
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.24	90	-
R_work	0.208	1549	-
obs	-	-	99.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1925	1.055	-0.1019	2.5552	0.1257	2.3414	0.0691	-0.2398	0.1878	0.1919	-0.1326	-0.1317	-0.5885	-0.0339	0.0634	-0.0238	0.0942	-0.0577	0.0112	-0.061	-0.1485	34.4815	37.2358	132.6625
2	1.3162	-0.3485	0.441	1.38	-0.1915	1.4455	-0.1139	-0.2277	-0.0146	0.1117	0.1757	0.0917	0.0021	-0.2029	-0.0618	-0.1421	0.0424	0.0339	0.0433	0.044	-0.0303	16.1857	21.7478	123.7432

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	417 - 495	19 - 97
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	B - C	1000 - 1012	1 - 12
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	496 - 714	98 - 316
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	C	1013 - 1091	13 - 91

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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