PDB-2qqo: Crystal Structure of the a2b1b2 Domains from Human Neuropilin-2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qqo

タイトル

Crystal Structure of the a2b1b2 Domains from Human Neuropilin-2

要素

Neuropilin-2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / VEGF receptor / semaphorin receptor / calcium-binding domain / Developmental protein / Differentiation / Glycoprotein / Membrane / Neurogenesis / Transmembrane / HORMONE

機能・相同性

機能・相同性情報

vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Appleton, B.A. / Wiesmann, C.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Structural studies of neuropilin/antibody complexes provide insights into semaphorin and VEGF binding
著者: Appleton, B.A. / Wu, P. / Maloney, J. / Yin, J. / Liang, W.C. / Stawicki, S. / Mortara, K. / Bowman, K.K. / Elliott, J.M. / Desmarais, W. / Bazan, J.F. / Bagri, A. / Tessier-Lavigne, M. / ...

履歴

登録	2007年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qqo.cif.gz	194.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qqo.ent.gz	151.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qqo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qqo_validation.pdf.gz	465.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qqo_full_validation.pdf.gz	472.2 KB	表示
XML形式データ	2qqo_validation.xml.gz	35 KB	表示
CIF形式データ	2qqo_validation.cif.gz	50.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/2qqo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/2qqo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qqiC 2qqjSC 2qqkSC 2qqlC 2qqmC 2qqnC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2fwn-d 4k8d-d 1ojt-d 5yi2-1 1zx9-d 1lvl-d 4ywo-d 2fn3-d 1yno-d 5yi2-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (3) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Neuropilin-2

B: Neuropilin-2

ヘテロ分子

104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Neuropilin-2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
52.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Neuropilin-2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
52.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.093, 192.909, 66.169
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.080, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
3	3	A
4	3	B

NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ASP	ASP	HIS	HIS	A	A	148 - 268	7 - 127
2	1	1	ASP	ASP	HIS	HIS	B	B	148 - 268	7 - 127
1	1	2	GLN	GLN	ARG	ARG	A	A	276 - 428	135 - 287
2	1	2	GLN	GLN	ARG	ARG	B	B	276 - 428	135 - 287
1	1	3	VAL	VAL	GLY	GLY	A	A	429 - 509	288 - 368
2	1	3	VAL	VAL	GLY	GLY	B	B	429 - 509	288 - 368
3	2	3	ALA	ALA	ASP	ASP	A	A	517 - 593	376 - 452
4	2	3	ALA	ALA	ASP	ASP	B	B	517 - 593	376 - 452

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Neuropilin-2 / Vascular endothelial cell growth factor 165 receptor 2 分子量: 51937.301 Da / 分子数: 2 / 断片: CUB 2, F5/8 type C 1, and F5/8 type C 2 domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRP2, VEGF165R2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O60462
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.04 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Hepes, 10% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 52659 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 4.2 % / R_sym value: 0.056 / Χ²: 1.06 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 4766 / R_sym value: 0.344 / Χ²: 0.904 / % possible all: 85.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QQJ (b1b2 domains), 2QQK (a2 domain)

2qqj

2qqk

解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 11.817 / SU ML: 0.15 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.239	2679	5.1 %	RANDOM
R_work	0.185	-	-	-
obs	0.188	49667	94.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.764 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.27 Å²	0 Å²	0.02 Å²
2-	-	0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6813	0	34	365	7212

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	7024
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4861
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.44	1.948	9527
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.897	3.003	11753
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.149	5	849
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.285	23.547	327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.393	15	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.607	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7767
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.179	0.2	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	4782
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	3089
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	3696
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.109	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.143	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.204	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.14	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.108	2.5	4448
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.861	2.5	1726
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.345	5	6895
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.348	2.5	3074
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.605	5	2632

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	661	MEDIUM POSITIONAL	0.16	0.5
1	868	LOOSE POSITIONAL	0.55	5
1	661	MEDIUM THERMAL	0.81	2
1	868	LOOSE THERMAL	1.86	10
2	902	MEDIUM POSITIONAL	0.11	0.5
2	1180	LOOSE POSITIONAL	0.48	5
2	902	MEDIUM THERMAL	0.85	2
2	1180	LOOSE THERMAL	1.67	10
3	921	MEDIUM POSITIONAL	0.14	0.5
3	1231	LOOSE POSITIONAL	0.46	5
3	921	MEDIUM THERMAL	0.93	2
3	1231	LOOSE THERMAL	1.86	10

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.347 Å / Total num. of bins used: 25

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	129	-
R_work	0.233	2603	-
all	-	2732	-
obs	-	-	85.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8442	-0.0151	2.3562	1.6873	0.3022	4.9806	0.0522	0.1499	-0.1284	-0.4941	0.1982	-0.0474	0.0832	0.1381	-0.2504	0.1032	0.0087	-0.0042	-0.1172	-0.0236	-0.1351	4.4915	-20.8716	-11.0295
2	1.9829	0.673	0.5055	2.1607	-0.0143	0.9649	-0.0358	0.0421	-0.0232	-0.1977	0.1003	-0.1905	-0.2105	0.1437	-0.0645	-0.0485	-0.03	0.0832	-0.0449	-0.0514	-0.0424	20.5299	-5.7768	9.4868
3	2.0996	1.3746	-0.8013	2.8537	-0.0585	0.5881	0.1505	-0.2912	-0.0979	0.2484	-0.175	-0.1289	0.0241	-0.0292	0.0245	-0.0545	0.0104	-0.0292	-0.0168	0.0403	-0.0621	-1.2724	-27.3649	20.1482
4	2.1088	0.1821	-1.7935	1.4845	0.209	4.9638	0.1726	0.1436	0.2001	-0.4187	0.1643	-0.0335	-0.1126	-0.2071	-0.3369	0.0917	0.054	0.0319	-0.1176	0.0257	-0.1054	-1.3976	23.4048	21.9243
5	1.74	0.4417	-0.6958	2.1389	-0.332	1.2725	-0.0345	0.114	0.042	-0.2046	0.0991	0.1985	0.319	-0.1848	-0.0646	-0.0071	-0.04	-0.0922	-0.033	0.0199	-0.0598	-17.32	8.3317	42.5493
6	1.6017	0.3042	0.0938	2.2337	0.0226	0.8895	0.1583	-0.2447	0.0789	0.0877	-0.0358	-0.0453	-0.0494	0.166	-0.1226	-0.0732	0.0045	0.0305	-0.0135	-0.0494	-0.0372	4.4583	30.2074	53.0129

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	148 - 268	7 - 127
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	C	1	1
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	276 - 428	135 - 287
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	429 - 595	288 - 454
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	148 - 268	7 - 127
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	D	1	1
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	276 - 428	135 - 287
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	429 - 593	288 - 452

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