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万見
- PDB-2qpy: AR LBD with small molecule -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qpy
タイトルAR LBD with small molecule
要素
  • Androgen receptor
  • Coactivator peptide
キーワードDNA BINDING PROTEIN / androgen receptor DHT coactivator / DNA-binding / Lipid-binding / Metal-binding / Nucleus / Steroid-binding / Transcription / Transcription regulation / Ubl conjugation / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / SUMOylation of intracellular receptors / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts / Nuclear Receptor transcription pathway / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / regulation of prostatic bud formation / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand ...RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / SUMOylation of intracellular receptors / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts / Nuclear Receptor transcription pathway / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / regulation of prostatic bud formation / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Endogenous sterols / HATs acetylate histones / male somatic sex determination / prostate induction / lateral sprouting involved in mammary gland duct morphogenesis / male genitalia morphogenesis / reproductive system development / POU domain binding / negative regulation of integrin biosynthetic process / regulation of developmental growth / positive regulation of integrin biosynthetic process / reproductive structure development / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / animal organ formation / Cytoprotection by HMOX1 / androgen binding / Leydig cell differentiation / regulation of systemic arterial blood pressure / epithelial cell morphogenesis / Estrogen-dependent gene expression / prostate gland growth / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / prostate gland epithelium morphogenesis / cellular response to testosterone stimulus / Ub-specific processing proteases / membraneless organelle assembly / fertilization / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / morphogenesis of an epithelial fold / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / seminiferous tubule development / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / androgen receptor signaling pathway / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of lipid metabolic process / regulation of glucose metabolic process / cellular response to estrogen stimulus / mammary gland alveolus development / single fertilization / positive regulation of phosphorylation / regulation of protein localization to plasma membrane / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / intracellular receptor signaling pathway / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / steroid binding / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / response to progesterone / epithelial cell proliferation / nuclear receptor binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of cell differentiation / circadian regulation of gene expression / mRNA transcription by RNA polymerase II / molecular condensate scaffold activity / transcription coactivator binding / beta-catenin binding / multicellular organism growth / positive regulation of miRNA transcription / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / circadian rhythm / male gonad development / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / MAPK cascade / ATPase binding / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / gene expression / spermatogenesis / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / in utero embryonic development / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of MAPK cascade / protein dimerization activity / nuclear speck / nuclear body
類似検索 - 分子機能
Androgen receptor / Androgen receptor / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...Androgen receptor / Androgen receptor / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / : / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4HY / 5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE / Androgen receptor / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Estebanez-Perpina, E. / Fletterick, R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: A surface on the androgen receptor that allosterically regulates coactivator binding.
著者: Estebanez-Perpina, E. / Arnold, L.A. / Arnold, A.A. / Nguyen, P. / Rodrigues, E.D. / Mar, E. / Bateman, R. / Pallai, P. / Shokat, K.M. / Baxter, J.D. / Guy, R.K. / Webb, P. / Fletterick, R.J.
履歴
登録2007年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / software
Item: _entity.pdbx_description / _software.classification / _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Androgen receptor
B: Coactivator peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4554
ポリマ－30,5432
非ポリマー9122
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.790, 66.680, 72.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Androgen receptor / Dihydrotestosterone receptor


分子量: 29277.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ar, Nr3c4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19091
#2: タンパク質・ペプチド Coactivator peptide


分子量: 1265.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q61026*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-DHT / 5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE / ジヒドロテストステロン


分子量: 290.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H30O2 / コメント: ホルモン*YM
#4: 化合物 ChemComp-4HY / [4-(4-HYDROXY-3-IODO-PHENOXY)-3,5-DIIODO-PHENYL]-ACETIC ACID / 3,3′,5-トリヨ-ドチロ酢酸


分子量: 621.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H9I3O4 / コメント: ホルモン*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.87 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→100 Å / Num. all: 11046 / Num. obs: 9407 / Rmerge(I) obs: 0.093
反射 シェル最高解像度: 2.5 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
ELVES精密化
CNS精密化
ELVESデータ削減
ELVESデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→100 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数
Rfree0.269 -
Rwork0.269 -
obs0.269 9407
all-11046
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2117 0 42 24 2183

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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