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万見
- PDB-2qpq: Structure of Bug27 from Bordetella pertussis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qpq
タイトルStructure of Bug27 from Bordetella pertussis
要素protein Bug27
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ALPHA/BETA DOMAIN / VENUS FLYTRAP
機能・相同性
機能・相同性情報


Bordetella uptake gene, domain 1 / Bordetella uptake gene / Bordetella uptake gene, domain 1 / Tripartite tricarboxylate transporter family receptor / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Exported protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella pertussis (百日咳菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Herrou, J. / Bompard, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure-based mechanism of ligand binding for periplasmic solute-binding protein of the Bug family.
著者: Herrou, J. / Bompard, C. / Antoine, R. / Leroy, A. / Rucktooa, P. / Hot, D. / Huvent, I. / Locht, C. / Villeret, V. / Jacob-Dubuisson, F.
履歴
登録2007年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein Bug27
B: protein Bug27
C: protein Bug27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5695
ポリマ－95,1853
非ポリマー3842
水10,989610
1
A: protein Bug27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9202
ポリマ－31,7281
非ポリマー1921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: protein Bug27


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7281
ポリマ－31,7281
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: protein Bug27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9202
ポリマ－31,7281
非ポリマー1921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.390, 82.310, 87.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 protein Bug27 / Putative exported protein


分子量: 31728.287 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 30-330 (no signal peptide) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 遺伝子: 2667749 / プラスミド: pQE-30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7W019
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 610 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 0.1 M Na-citrate, 25% (w/v) PEG 2000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-210.933
シンクロトロンESRF ID23-120.979, 0.970, 0.979
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9331
20.9791
30.971
反射解像度: 1.9→6.56 Å / Num. obs: 78417 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.89 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 0.1484
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.87 % / Mean I/σ(I) obs: 4.64 / Rsym value: 0.273 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.92→6.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 7.755 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.368 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25248 3852 5.1 %RANDOM
Rwork0.19143 ---
obs0.19446 72121 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.617 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20.02 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→6.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6548 0 26 610 7184
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0226705
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0041.9839126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.7225879
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.59824.959246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.823151082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1311527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2270.21062
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025025
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2610.23960
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.24654
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2020.2651
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2650.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2720.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.271.54506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.95827059
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.24632460
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2684.52067
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.49336966
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.7113610
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.67236576
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.965 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 297 -
Rwork0.217 4988 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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