PDB-2qp9: Crystal Structure of S.cerevisiae Vps4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qp9

タイトル

Crystal Structure of S.cerevisiae Vps4

要素

Vacuolar protein sorting-associated protein 4

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / ATPase domain / beta domain / C-terminal helix / ATP-binding / Endosome / Nucleotide-binding / Transport / Vacuole

機能・相同性

機能・相同性情報

ESCRT IV complex / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / late endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / intralumenal vesicle formation / protein retention in Golgi apparatus / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / sterol metabolic process / nuclear membrane reassembly / multivesicular body sorting pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Xiao, J. / Xu, Z.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural characterization of the ATPase reaction cycle of endosomal AAA protein Vps4.
著者: Xiao, J. / Xia, H. / Yoshino-Koh, K. / Zhou, J. / Xu, Z.

履歴

登録	2007年7月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qp9.cif.gz	70.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qp9.ent.gz	48.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qp9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2qp9_validation.pdf.gz	438.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qp9_full_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示
XML形式データ	2qp9_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	2qp9_validation.cif.gz	15.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/2qp9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/2qp9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似構造データ	4nhy-2 5omi-d 5k82-2 3eih-2 4url-2 6o59-d 2rko-d 4pcl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

X: Vacuolar protein sorting-associated protein 4

ヘテロ分子

39.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.553, 86.553, 236.061
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Vacuolar protein sorting-associated protein 4 / Protein END13 / DOA4-independent degradation protein 6 / Vacuolar protein-targeting protein 10 分子量: 38777.504 Da / 分子数: 1 / 断片: residues: 83-437 / 変異: E233Q, C317S, C376S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: VPS4, CSC1, DID6, END13, GRD13, VPL4, VPT10 / プラスミド: pSJ3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: P52917
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: Sodium Acetate, CdSO4, pH 6.5, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION

-
データ収集

回折

ID	Crystal-ID
1	1
2	1
1,2	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID
シンクロトロン	APS	23-ID-D	1
シンクロトロン	APS	23-ID-D	2

検出器

ID	検出器
1	CCD
2	CCD

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	1

放射波長

相対比: 1

Reflection

冗長度: 13.3 % / Av σ(I) over netI: 13 / 数: 125756 / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 1.56 / D res high: 3.2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 9425 / % possible obs: 99.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.89	50	98.4	1	0.062	3.479	12
5.47	6.89	99.8	1	0.074	2.507	13.4
4.78	5.47	99.9	1	0.074	1.89	13.7
4.34	4.78	99.9	1	0.08	1.519	13.9
4.03	4.34	100	1	0.089	1.096	14.1
3.79	4.03	100	1	0.116	1.042	14.1
3.6	3.79	99.9	1	0.185	0.983	14.2
3.45	3.6	100	1	0.278	1.007	14.2
3.31	3.45	100	1	0.434	0.971	13.4
3.2	3.31	97.8	1	0.505	0.91	10.3

反射

解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 12599 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 37.5

反射シェル

解像度: 2.9→3 Å / R_merge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.2

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 3.2 Å / D res low: 39.98 Å / FOM acentric: 0.507 / FOM centric: 0.345 / Reflection acentric: 7091 / Reflection centric: 2131

Phasing MAD set

ID	R cullis acentric	R cullis centric	最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	0	0	3.2	39.98	7073	2096
ISO_2	0.788	0.737	3.2	39.98	7043	2090
ISO_3	0.82	0.77	3.2	39.98	7034	2090
ANO_1	0.492	0	3.2	39.98	7012	0
ANO_2	0.692	0	3.2	39.98	7012	0
ANO_3	0.711	0	3.2	39.98	6992	0

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	R cullis centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	13.51-39.98	0	0	42	61
ISO_1	9.84-13.51	0	0	114	97
ISO_1	8.12-9.84	0	0	161	106
ISO_1	7.07-8.12	0	0	212	105
ISO_1	6.34-7.07	0	0	238	103
ISO_1	5.8-6.34	0	0	262	108
ISO_1	5.38-5.8	0	0	293	101
ISO_1	5.04-5.38	0	0	323	97
ISO_1	4.75-5.04	0	0	348	107
ISO_1	4.51-4.75	0	0	363	99
ISO_1	4.3-4.51	0	0	387	107
ISO_1	4.12-4.3	0	0	403	109
ISO_1	3.96-4.12	0	0	428	105
ISO_1	3.82-3.96	0	0	458	118
ISO_1	3.69-3.82	0	0	467	109
ISO_1	3.57-3.69	0	0	481	119
ISO_1	3.47-3.57	0	0	504	111
ISO_1	3.37-3.47	0	0	516	104
ISO_1	3.28-3.37	0	0	538	118
ISO_1	3.2-3.28	0	0	535	112
ANO_1	13.51-39.98	0.256	0	42	0
ANO_1	9.84-13.51	0.289	0	114	0
ANO_1	8.12-9.84	0.315	0	161	0
ANO_1	7.07-8.12	0.266	0	212	0
ANO_1	6.34-7.07	0.289	0	238	0
ANO_1	5.8-6.34	0.326	0	262	0
ANO_1	5.38-5.8	0.381	0	293	0
ANO_1	5.04-5.38	0.384	0	323	0
ANO_1	4.75-5.04	0.479	0	348	0
ANO_1	4.51-4.75	0.517	0	363	0
ANO_1	4.3-4.51	0.58	0	387	0
ANO_1	4.12-4.3	0.643	0	403	0
ANO_1	3.96-4.12	0.719	0	428	0
ANO_1	3.82-3.96	0.737	0	458	0
ANO_1	3.69-3.82	0.839	0	467	0
ANO_1	3.57-3.69	0.876	0	481	0
ANO_1	3.47-3.57	0.937	0	504	0
ANO_1	3.37-3.47	0.965	0	516	0
ANO_1	3.28-3.37	0.974	0	538	0
ANO_1	3.2-3.28	0.993	0	474	0
ISO_2	13.51-39.98	0.518	0.457	42	61
ISO_2	9.84-13.51	0.628	0.636	114	96
ISO_2	8.12-9.84	0.694	0.704	161	106
ISO_2	7.07-8.12	0.736	0.663	212	105
ISO_2	6.34-7.07	0.713	0.705	238	103
ISO_2	5.8-6.34	0.706	0.67	262	108
ISO_2	5.38-5.8	0.736	0.719	293	101
ISO_2	5.04-5.38	0.786	0.726	323	97
ISO_2	4.75-5.04	0.874	0.839	348	107
ISO_2	4.51-4.75	0.879	0.893	363	99
ISO_2	4.3-4.51	0.889	0.83	387	107
ISO_2	4.12-4.3	0.869	0.85	403	108
ISO_2	3.96-4.12	0.85	0.93	428	105
ISO_2	3.82-3.96	0.848	0.833	458	118
ISO_2	3.69-3.82	0.864	0.8	467	109
ISO_2	3.57-3.69	0.83	0.873	481	119
ISO_2	3.47-3.57	0.798	0.817	504	111
ISO_2	3.37-3.47	0.807	0.839	516	104
ISO_2	3.28-3.37	0.828	0.891	538	118
ISO_2	3.2-3.28	0.906	0.985	505	108
ANO_2	13.51-39.98	0.284	0	51	0
ANO_2	9.84-13.51	0.375	0	114	0
ANO_2	8.12-9.84	0.363	0	161	0
ANO_2	7.07-8.12	0.293	0	212	0
ANO_2	6.34-7.07	0.339	0	238	0
ANO_2	5.8-6.34	0.338	0	262	0
ANO_2	5.38-5.8	0.442	0	293	0
ANO_2	5.04-5.38	0.446	0	323	0
ANO_2	4.75-5.04	0.59	0	348	0
ANO_2	4.51-4.75	0.656	0	363	0
ANO_2	4.3-4.51	0.749	0	387	0
ANO_2	4.12-4.3	0.772	0	403	0
ANO_2	3.96-4.12	0.866	0	428	0
ANO_2	3.82-3.96	0.885	0	458	0
ANO_2	3.69-3.82	0.94	0	467	0
ANO_2	3.57-3.69	0.957	0	481	0
ANO_2	3.47-3.57	0.981	0	504	0
ANO_2	3.37-3.47	0.987	0	516	0
ANO_2	3.28-3.37	0.994	0	532	0
ANO_2	3.2-3.28	0.998	0	471	0
ISO_3	13.51-39.98	0.582	0.529	42	61
ISO_3	9.84-13.51	0.716	0.655	114	97
ISO_3	8.12-9.84	0.761	0.79	161	106
ISO_3	7.07-8.12	0.758	0.734	212	105
ISO_3	6.34-7.07	0.848	0.779	238	103
ISO_3	5.8-6.34	0.902	0.97	262	108
ISO_3	5.38-5.8	0.891	0.907	293	101
ISO_3	5.04-5.38	0.887	0.87	323	97
ISO_3	4.75-5.04	0.824	0.844	348	107
ISO_3	4.51-4.75	0.862	0.796	363	99
ISO_3	4.3-4.51	0.84	0.811	387	107
ISO_3	4.12-4.3	0.874	0.902	403	108
ISO_3	3.96-4.12	0.859	0.909	428	105
ISO_3	3.82-3.96	0.879	0.845	458	118
ISO_3	3.69-3.82	0.877	0.89	466	109
ISO_3	3.57-3.69	0.866	0.909	481	119
ISO_3	3.47-3.57	0.871	0.846	504	111
ISO_3	3.37-3.47	0.874	0.849	516	104
ISO_3	3.28-3.37	0.905	1.026	536	118
ISO_3	3.2-3.28	0.944	0.975	499	107
ANO_3	13.51-39.98	0.277	0	51	0
ANO_3	9.84-13.51	0.379	0	114	0
ANO_3	8.12-9.84	0.382	0	161	0
ANO_3	7.07-8.12	0.302	0	212	0
ANO_3	6.34-7.07	0.327	0	238	0
ANO_3	5.8-6.34	0.387	0	262	0
ANO_3	5.38-5.8	0.451	0	293	0
ANO_3	5.04-5.38	0.471	0	323	0
ANO_3	4.75-5.04	0.644	0	348	0
ANO_3	4.51-4.75	0.681	0	363	0
ANO_3	4.3-4.51	0.736	0	387	0
ANO_3	4.12-4.3	0.844	0	403	0
ANO_3	3.96-4.12	0.841	0	428	0
ANO_3	3.82-3.96	0.922	0	458	0
ANO_3	3.69-3.82	0.947	0	466	0
ANO_3	3.57-3.69	0.967	0	481	0
ANO_3	3.47-3.57	0.979	0	504	0
ANO_3	3.37-3.47	0.988	0	516	0
ANO_3	3.28-3.37	0.992	0	530	0
ANO_3	3.2-3.28	0.997	0	454	0

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	-49.911	43.898	35.088	SE	160.89	2.22
2	-40.765	41.86	17.042	SE	121.58	2.35
3	-37.514	66.612	3.435	SE	117.81	1.78
4	-33.248	72.019	19.096	SE	136.47	2.12
5	-53.552	33.278	53.672	SE	166.2	1.87
6	-48.849	29.769	21.568	SE	187.85	2.37

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM acentric	FOM centric	Reflection acentric	Reflection centric
13.51-39.98	0.932	0.712	51	94
9.84-13.51	0.913	0.675	114	97
8.12-9.84	0.856	0.629	161	106
7.07-8.12	0.853	0.617	212	105
6.34-7.07	0.835	0.546	238	103
5.8-6.34	0.837	0.505	262	108
5.38-5.8	0.793	0.423	293	101
5.04-5.38	0.782	0.449	323	97
4.75-5.04	0.701	0.398	348	107
4.51-4.75	0.679	0.333	363	99
4.3-4.51	0.626	0.365	387	107
4.12-4.3	0.58	0.266	403	109
3.96-4.12	0.538	0.252	428	105
3.82-3.96	0.498	0.231	458	118
3.69-3.82	0.41	0.127	467	109
3.57-3.69	0.365	0.162	481	119
3.47-3.57	0.279	0.113	504	111
3.37-3.47	0.226	0.091	516	104
3.28-3.37	0.182	0.094	538	118
3.2-3.28	0.141	0.091	544	114

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.9→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / SU B: 36.159 / SU ML: 0.333 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.707 / ESU R Free: 0.379 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28819	576	5.1 %	RANDOM
R_work	0.25842	-	-	-
obs	0.25996	10792	95.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.579 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.69 Å²	1.34 Å²	0 Å²
2-	-	2.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2067	0	7	0	2074

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	2106
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.137	1.969	2868
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.045	5	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.004	24.4	75
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.48	15	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.824	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	341
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1580
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	954
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	1454
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.2	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.372	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.131	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.073	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.515	1.5	1462
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.945	2	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.052	3	726
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.645	4.5	624
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.969 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.42	28	-
R_work	0.318	621	-
obs	-	-	81.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -40.873 Å / Origin y: 49.539 Å / Origin z: 17.075 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2791 Å²	-0.1487 Å²	-0.0378 Å²	-	0.0063 Å²	-0.1219 Å²	-	-	0.2235 Å²
L	2.4044 °²	1.3263 °²	-1.2691 °²	-	2.5212 °²	-1.3443 °²	-	-	4.2527 °²
S	-0.1985 Å °	0.1998 Å °	0.0442 Å °	-0.3556 Å °	0.1421 Å °	0.1105 Å °	0.5084 Å °	-0.3062 Å °	0.0564 Å °

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関連情報:EMDBヘッダ

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