PDB-2qp2: Structure of a MACPF/perforin-like protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qp2

タイトル

Structure of a MACPF/perforin-like protein

要素

Unknown protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Toxin

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Rosado, C.J. / Buckle, A.M. / Law, R.H.P. / Butcher, R.E. / Kan, W.T. / Bird, C.H. / Ung, K. / Browne, K.A. / Baran, K. / Bashtannyk-Puhalovich, T.A. ...

引用

ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: A common fold mediates vertebrate defense and bacterial attack
著者: Rosado, C.J. / Buckle, A.M. / Law, R.H. / Butcher, R.E. / Kan, W.T. / Bird, C.H. / Ung, K. / Browne, K.A. / Baran, K. / Bashtannyk-Puhalovich, T.A. / Faux, N.G. / Wong, W. / Porter, C.J. / ...

履歴

登録	2007年7月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qp2.cif.gz	122.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qp2.ent.gz	92.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qp2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qp2_validation.pdf.gz	424.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qp2_full_validation.pdf.gz	426.4 KB	表示
XML形式データ	2qp2_validation.xml.gz	22.1 KB	表示
CIF形式データ	2qp2_validation.cif.gz	33.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/2qp2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/2qp2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3hul-d 5vfy-d 2d4y-1 5ius-2 4j8z-2 4j8z-1 6dnr-d 7kwz-d 6dmd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Unknown protein

ヘテロ分子

57.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.439, 154.507, 43.917
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Unknown protein 分子量: 57164.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (バクテリア) 生物種: Photorhabdus luminescens / 株: subsp. laumondii / 遺伝子: Photorhabdus luminescens / プラスミド: pDEST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q7N6X0
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.46 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% PEG8000, 0.1M MES pH6.0, 0.2M Calcium Acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極			ELLIOTT GX-18	1	1.5418
シンクロトロン	APS	17-ID		2	1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RIGAKU RAXIS IV	1	IMAGE PLATE	2007年2月4日
ADSC QUANTUM 4	2	CCD	2007年4月10日

放射

モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2	1	1

Reflection

冗長度: 7.5 % / Av σ(I) over netI: 7.2 / 数: 172665 / R_merge(I) obs: 0.088 / R_sym value: 0.088 / Χ²: 1.14 / D res high: 2.457 Å / D res low: 155.012 Å / Num. obs: 23066 / % possible obs: 91

Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	R_sym value	Chi squared	Redundancy
7.72	46.37	99.7	0.03	0.03	1.414	7.7
5.46	7.72	100	0.036	0.036	1.339	8.5
4.46	5.46	100	0.049	0.049	1.277	8.6
3.86	4.46	100	0.064	0.064	1.158	8.6
3.45	3.86	100	0.09	0.09	1.103	8.4
3.15	3.45	100	0.133	0.133	1.025	8
2.92	3.15	99.7	0.207	0.207	0.984	7.6
2.73	2.92	98.3	0.312	0.312	0.987	7.5
2.57	2.73	90.8	0.444	0.444	0.988	5.9
2.44	2.57	49.3	0.585	0.585	0.872	4.2

反射

解像度: 2→100 Å / Num. obs: 44074 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.047 / Χ²: 1.144 / Net I/σ(I): 15.8

反射シェル

解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3518 / Χ²: 0.872 / % possible all: 79.1

-
位相決定

位相決定

手法:

多重同系置換・異常分散

Phasing set

ID
1
2
3
4

Phasing MIR der

Native set-ID: 1 / 解像度: 2.51→48.67 Å

ID	Der set-ID	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	1	0	0	19288	2902
ISO_2	2	0.602	0.555	7237	1550
ISO_3	3	0.914	0.723	11449	1931
ISO_4	4	0.346	0.359	10176	1684

Phasing MIR der shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Der-ID	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
10.95	48.67	ISO_1	0	0	184	151
7.84	10.95	ISO_1	0	0	385	163
6.43	7.84	ISO_1	0	0	509	158
5.58	6.43	ISO_1	0	0	611	159
5	5.58	ISO_1	0	0	710	161
4.57	5	ISO_1	0	0	794	167
4.23	4.57	ISO_1	0	0	866	160
3.96	4.23	ISO_1	0	0	925	162
3.74	3.96	ISO_1	0	0	1008	156
3.55	3.74	ISO_1	0	0	1066	168
3.38	3.55	ISO_1	0	0	1101	152
3.24	3.38	ISO_1	0	0	1184	161
3.11	3.24	ISO_1	0	0	1224	159
3	3.11	ISO_1	0	0	1272	148
2.9	3	ISO_1	0	0	1291	146
2.81	2.9	ISO_1	0	0	1356	132
2.72	2.81	ISO_1	0	0	1282	124
2.65	2.72	ISO_1	0	0	1298	116
2.58	2.65	ISO_1	0	0	1201	90
2.51	2.58	ISO_1	0	0	1021	69
10.95	48.67	ISO_2	0.953	0.802	183	140
7.84	10.95	ISO_2	1.148	0.966	385	163
6.43	7.84	ISO_2	1.128	0.995	509	158
5.58	6.43	ISO_2	0.975	0.81	611	153
5	5.58	ISO_2	0.78	0.668	710	156
4.57	5	ISO_2	0.514	0.39	788	155
4.23	4.57	ISO_2	0.488	0.353	859	149
3.96	4.23	ISO_2	0.44	0.337	924	149
3.74	3.96	ISO_2	0.38	0.271	1008	145
3.55	3.74	ISO_2	0.35	0.248	1065	156
3.38	3.55	ISO_2	0.379	0.251	195	26
3.24	3.38	ISO_2	0	0	0	0
3.11	3.24	ISO_2	0	0	0	0
3	3.11	ISO_2	0	0	0	0
2.9	3	ISO_2	0	0	0	0
2.81	2.9	ISO_2	0	0	0	0
2.72	2.81	ISO_2	0	0	0	0
2.65	2.72	ISO_2	0	0	0	0
2.58	2.65	ISO_2	0	0	0	0
2.51	2.58	ISO_2	0	0	0	0
10.95	48.67	ISO_3	1.004	0.772	182	137
7.84	10.95	ISO_3	1.547	1.073	384	151
6.43	7.84	ISO_3	1.488	1.276	505	141
5.58	6.43	ISO_3	1.394	1.039	604	145
5	5.58	ISO_3	1.191	0.931	700	142
4.57	5	ISO_3	1.036	0.697	779	147
4.23	4.57	ISO_3	0.95	0.712	847	140
3.96	4.23	ISO_3	0.839	0.593	906	142
3.74	3.96	ISO_3	0.834	0.533	984	135
3.55	3.74	ISO_3	0.742	0.532	1038	146
3.38	3.55	ISO_3	0.75	0.527	1071	127
3.24	3.38	ISO_3	0.733	0.519	1149	135
3.11	3.24	ISO_3	0.712	0.512	1184	134
3	3.11	ISO_3	0.7	0.46	1109	109
2.9	3	ISO_3	0.647	0	7	0
2.81	2.9	ISO_3	0	0	0	0
2.72	2.81	ISO_3	0	0	0	0
2.65	2.72	ISO_3	0	0	0	0
2.58	2.65	ISO_3	0	0	0	0
2.51	2.58	ISO_3	0	0	0	0
10.95	48.67	ISO_4	1.197	1.041	184	140
7.84	10.95	ISO_4	0.978	0.831	384	154
6.43	7.84	ISO_4	0.913	0.672	507	150
5.58	6.43	ISO_4	0.795	0.55	607	149
5	5.58	ISO_4	0.541	0.489	703	148
4.57	5	ISO_4	0.396	0.28	780	152
4.23	4.57	ISO_4	0.293	0.219	844	137
3.96	4.23	ISO_4	0.245	0.22	887	136
3.74	3.96	ISO_4	0.229	0.217	950	120
3.55	3.74	ISO_4	0.214	0.185	943	114
3.38	3.55	ISO_4	0.243	0.208	948	111
3.24	3.38	ISO_4	0.249	0.182	976	106
3.11	3.24	ISO_4	0.255	0.215	918	47
3	3.11	ISO_4	0.298	0.261	545	20
2.9	3	ISO_4	0	0	0	0
2.81	2.9	ISO_4	0	0	0	0
2.72	2.81	ISO_4	0	0	0	0
2.65	2.72	ISO_4	0	0	0	0
2.58	2.65	ISO_4	0	0	0	0
2.51	2.58	ISO_4	0	0	0	0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
SOLOMON		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2→41.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 5.983 / SU ML: 0.087 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.204	2245	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18	-	-	-
obs	0.182	44064	96.67 %	-
all	-	44064	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.066 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.16 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→41.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3815	0	2	356	4173

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	3969
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.961	1.95	5406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.961	5	525
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.393	25.14	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.923	15	645
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.241	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	602
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3054
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.172	0.2	1735
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.296	0.2	2765
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.101	0.2	349
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.099	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.156	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.082	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.075	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.582	2	2585
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.23	5	4047
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.444	7	1581
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.703	10	1345

LS精密化シェル

解像度: 2.004→2.056 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	138	-
R_work	0.218	2357	-
all	-	2495	-
obs	-	-	75.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.3881	-3.1137	3.3907	4.8721	-1.9417	7.4403	0.0237	-0.1223	-0.1355	-0.0148	-0.0093	-0.2994	0.1704	0.7748	-0.0144	0.0687	-0.0086	0.0387	0.1664	-0.0228	0.055	70.387	49.733	11.691
2	1.533	0.1791	0.07	3.3796	-0.904	1.2864	-0.0745	0.0606	0.0674	-0.0643	0.0798	0.1108	-0.1206	-0.0634	-0.0053	0.07	0.0118	0.0013	0.1167	-0.0298	0.0279	56.958	52.176	9.646
3	1.4265	0.3877	-0.939	6.791	3.52	9.4229	0.0158	-0.1258	0.4249	0.0041	0.3649	-0.0325	-0.648	-0.0551	-0.3807	0.0613	0.1032	-0.0647	-0.0024	-0.0017	0.1064	52.144	67.992	10.465
4	3.2925	-0.2491	3.3069	1.7614	-2.2257	7.6576	-0.1166	-0.2848	0.2039	0.2058	0.2406	0.234	-0.5652	-0.7751	-0.124	0.0612	0.116	-0.0091	0.0383	-0.088	0.0506	52.59	61.944	19.693
5	1.6911	-0.4106	0.3526	2.5738	1.4664	2.4669	0.0125	-0.151	-0.2414	0.193	0.0125	0.1448	0.1638	-0.113	-0.0249	0.0686	-0.0197	-0.0016	0.1158	0.0141	0.0625	58.737	35.692	29.191
6	4.7455	0.288	3.2943	2.7911	-0.3248	4.269	0.0187	-0.254	-0.3189	0.1013	0.0413	0.1522	0.189	-0.3129	-0.06	0.1309	-0.0109	-0.0001	0.0774	0.002	0.031	56.512	36.948	21.07
7	1.6254	-1.2199	0.4175	8.2337	-0.0622	2.3821	0.0707	-0.0011	-0.1674	0.0278	0.0361	-0.1051	0.2438	0.1285	-0.1068	0.0499	0.0206	-0.02	0.1081	-0.0026	0.0588	67.399	35.453	28.636
8	9.7247	2.4318	9.805	0.8214	3.1216	15.4529	0.0818	-0.3958	-0.1028	0.3614	0.0348	0.1773	-0.0672	-0.5949	-0.1166	0.1309	0.0852	-0.0232	0.0458	-0.047	0.0581	54.6	58.292	21.444
9	2.8226	2.4431	0.9758	9.4289	3.8084	3.3404	-0.2623	0.2186	0.1839	-0.425	0.0341	0.4703	-0.1005	-0.237	0.2283	0.0199	0.006	-0.0549	0.175	0.0069	0.0181	43.895	46.192	1.713
10	0.715	0.0043	0.4936	0.337	0.1656	0.9281	-0.0321	0.1149	-0.0943	-0.0268	0.0347	0.0338	-0.0079	-0.0322	-0.0026	0.064	0.008	0.0078	0.1211	-0.0309	0.0603	57.116	42.219	15.963
11	1.1571	-0.3146	-0.3736	2.0606	1.1	4.4357	0.0204	-0.0802	-0.0901	0.1297	-0.0747	0.1349	0.1384	-0.0455	0.0543	0.0353	0.0329	-0.002	0.1211	-0.0081	0.0452	67.65	40.21	42.107
12	0.6343	-0.4466	0.2235	2.8123	-1.3585	4.5445	-0.0422	0.0253	0.0364	-0.0127	-0.0485	-0.1685	0.0825	0.3139	0.0907	0.0055	0.0161	-0.0106	0.1544	-0.0212	0.1272	73	44.003	34.12
13	2.8963	0.8689	1.8982	1.1627	0.3873	2.8275	-0.0525	-0.2668	0.1298	0.1511	-0.0747	-0.0483	-0.184	-0.0644	0.1273	0.0968	0.0037	0.0045	0.0922	-0.0415	0.0608	64.519	52.715	26.457
14	10.6264	-4.8086	5.1308	2.9608	-1.9038	3.4316	0.0795	-0.1377	-0.3284	0.1082	0.0288	0.1505	0.2457	-0.2155	-0.1084	0.0217	-0.0512	-0.0071	0.1063	0.006	0.0658	45.137	33.533	10.578
15	7.2406	-12.0975	4.8021	20.6755	-8.6072	3.9209	0.1207	0.2322	-0.4028	-0.4176	0.0099	0.462	0.0104	0.0042	-0.1305	0.0889	0.0347	-0.0943	0.0052	-0.0398	0.1378	67.831	13.922	25.019
16	5.7101	-4.1806	1.5427	11.5836	-4.0252	11.3233	-0.0031	0.4866	0.6642	0.3124	-0.3107	-1.4353	-0.4127	0.8328	0.3138	-0.0746	-0.042	-0.0041	-0.0565	0.0393	0.202	82.903	8.642	31.617
17	4.3223	-4.5468	2.6466	8.8	-3.2236	3.2812	0.2488	0.0724	-0.7968	-0.5262	0.0536	0.8899	0.1983	-0.0467	-0.3023	0.0712	0.0089	-0.0517	-0.0195	-0.0572	0.2231	68.57	6.143	28.278
18	7.0495	-5.908	3.0134	9.3728	-3.1209	2.7696	-0.0497	-0.1097	-0.7414	0.3733	0.3242	1.1285	-0.0216	-0.1737	-0.2744	0.0604	0.0172	0.0357	-0.0226	0.0173	0.1977	69.548	3.044	33.74
19	7.5353	-1.9492	5.9088	7.426	2.9372	7.5144	0.4963	-1.0789	-0.1623	2.8369	-0.6277	0.1481	-0.3249	0.5841	0.1314	0.3097	0.0608	0.0255	0.324	0.1107	0.322	68.228	11.312	44.004
20	0.9427	-1.3197	1.9835	8.8896	-2.3304	4.8824	-0.6657	-0.4997	-0.33	1.8876	0.7847	0.3194	-0.4715	-0.3823	-0.119	0.2652	0.154	0.0833	-0.029	0.0113	0.0175	73.178	5.722	43.114

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	8 - 30	9 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	31 - 69	32 - 70
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	70 - 85	71 - 86
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	86 - 102	87 - 103
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	103 - 120	104 - 121
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	121 - 138	122 - 139
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	139 - 158	140 - 159
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	159 - 165	160 - 166
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	166 - 189	167 - 190
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	190 - 219	191 - 220
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	220 - 250	221 - 251
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	251 - 275	252 - 276
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	276 - 331	277 - 332
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	332 - 354	333 - 355
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	355 - 367	356 - 368
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	368 - 391	369 - 392
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	A	392 - 428	393 - 429
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	A	429 - 469	430 - 470
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	A	474 - 486	475 - 487
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	A	487 - 509	488 - 510

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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