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- PDB-2qos: Crystal structure of complement protein C8 in complex with a pept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qos
タイトルCrystal structure of complement protein C8 in complex with a peptide containing the C8 binding site on C8
要素
  • Complement component 8, gamma polypeptide
  • Complement component C8 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Beta barrel / lipocalin / Cleavage on pair of basic residues / Complement alternate pathway / Complement pathway / Cytolysis / EGF-like domain / Glycoprotein / Immune response / Innate immunity / Membrane attack complex / Polymorphism / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


Terminal pathway of complement / membrane attack complex / complement binding / complement activation / complement activation, alternative pathway / retinol binding / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of immune response / blood microparticle ...Terminal pathway of complement / membrane attack complex / complement binding / complement activation / complement activation, alternative pathway / retinol binding / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of immune response / blood microparticle / killing of cells of another organism / immune response / protein-containing complex binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Complement component C8 gamma chain / : / Complement components C8A/B/C6, EGF-like domain / Membrane attack complex component/perforin/complement C9 / Alpha-1-microglobulin / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. ...Complement component C8 gamma chain / : / Complement components C8A/B/C6, EGF-like domain / Membrane attack complex component/perforin/complement C9 / Alpha-1-microglobulin / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Thrombospondin type 1 domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Lipocalin family conserved site / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Calycin / EGF-like domain signature 1. / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement component C8 alpha chain / Complement component C8 gamma chain / Complement component C8 gamma chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Lovelace, L.L. / Chiswell, B. / Slade, D.J. / Sodetz, J.M. / Lebioda, L.
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of complement protein C8gamma in complex with a peptide containing the C8gamma binding site on C8alpha: Implications for C8gamma ligand binding.
著者: Lovelace, L.L. / Chiswell, B. / Slade, D.J. / Sodetz, J.M. / Lebioda, L.
履歴
登録2007年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Complement component 8, gamma polypeptide
A: Complement component C8 alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5602
ポリマ－20,5602
非ポリマー00
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.942, 85.251, 41.899
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Complement component 8, gamma polypeptide


分子量: 19171.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C8G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14CU0, UniProt: P07360*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Complement component C8 alpha chain / Complement component 8 subunit alpha


分子量: 1388.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence has been modified from the human / 参照: UniProt: P07357
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 26-28% PEG6K, 0.1M Tris pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97531 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97531 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→50 Å / Num. all: 20571 / Num. obs: 19234 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 5.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.051 / Χ2: 1.678 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.81→1.87 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.277 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 1454 / Χ2: 1.15 / % possible all: 73.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
SERGUIControl Programデータ収集
CNS位相決定
精密化開始モデル: 2OVE

2ove


解像度: 1.81→37.6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 558 2.7 %random
Rwork0.204 ---
all-19053 --
obs-18729 91 %-
溶媒の処理Bsol: 64.701 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 26.107 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.426 Å20 Å20 Å2
2---10.808 Å20 Å2
3---4.382 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→37.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1437 0 0 164 1601
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.168
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.1262.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.1043
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.073
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.6263.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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