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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qnv | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Pregnane X Receptor bound to Colupulone | ||||||
要素 | Orphan nuclear receptor PXR | ||||||
キーワード | NUCLEAR PROTEIN / Alpha Helical Sandwhich / Protein-Ligand complex / Alternative splicing (選択的スプライシング) / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus (Nucleus) / Polymorphism / Receptor / Transcription (転写 (生物学)) / Transcription regulation / Zinc-finger (ジンクフィンガー) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 xenobiotic transport / intermediate filament cytoskeleton / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / xenobiotic metabolic process / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity ...xenobiotic transport / intermediate filament cytoskeleton / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / xenobiotic metabolic process / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / 細胞分化 / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / 核質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Teotico, D.G. / Bischof, J. / Redinbo, M.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: Crystal Structure of the Pregnane X Receptor bound to Colupulone 著者: Teotico, D.G. / Bischof, J. / Redinbo, M.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2qnv.cif.gz | 66.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2qnv.ent.gz | 46.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2qnv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/2qnv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/2qnv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ilhS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36280.867 Da / 分子数: 1 / 断片: PXR Ligand Binding Domain; residues 130-434 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1I2, PXR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75469 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CDZ / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.37 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Precipitant: 10% Isopropanol; Cryoprotectant: done by serial dipping into 15%, 25% and 35% ethylene glycol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 70 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月19日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 8870 / Num. obs: 8870 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 48.1 Å2 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 19.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1166 / Rsym value: 0.435 / % possible all: 97.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1ILH 解像度: 2.8→45.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 366878.39 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.399 Å2 / ksol: 0.371369 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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