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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qni | ||||||
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タイトル | Crystal structure of uncharacterized protein Atu0299 | ||||||
要素 | Uncharacterized protein Atu0299 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / MCSG / Atu0299 / In situ proteolysis / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / Uncharacterized protein | ||||||
機能・相同性 | Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Dong, A. / Xu, X. / Gu, J. / Zheng, H. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein Atu0299. 著者: Dong, A. / Xu, X. / Gu, J. / Zheng, H. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION ... BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON BURIED SURFACE AREA. AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT INFORMATION OF THIS PROTEIN IS NOT AVAILABLE. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2qni.cif.gz | 51.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2qni.ent.gz | 39.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2qni.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/2qni ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/2qni | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24388.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア) 生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58 / 遺伝子: AGR_C_517, Atu0299 / プラスミド: pET derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q8UIJ6, UniProt: A9CKF0*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.03 % 解説: Due to a number of circumstances, initial data processing was only accomplished in space group C2. Scaling statistics is provided for that space group. Using the program XPREP, the higher ...解説: Due to a number of circumstances, initial data processing was only accomplished in space group C2. Scaling statistics is provided for that space group. Using the program XPREP, the higher symmetry (H32) was detected and used in refinement. The structure factor file contains both data sets: for H32 and for C2 space group assignments |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M Na(OAC) pH 4.6, 3.5M Sodium formate. THE CRYSTAL WAS OBTAINED BY IN SITU PROTEOLYSIS, PROTEIN SAMPLE WAS MIXED WITH 1:100 WEIGHT TO WEIGHT RATIO WITH CHYMOTRYPSIN IMMEDIATELY PRIOR TO ...詳細: 0.1M Na(OAC) pH 4.6, 3.5M Sodium formate. THE CRYSTAL WAS OBTAINED BY IN SITU PROTEOLYSIS, PROTEIN SAMPLE WAS MIXED WITH 1:100 WEIGHT TO WEIGHT RATIO WITH CHYMOTRYPSIN IMMEDIATELY PRIOR TO SETTING UP CRYSTALLIZATION, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K Temp details: THE CRYSTAL WAS OBTAINED BY IN SITU PROTEOLYSIS, PROTEIN SAMPLE WAS MIXED WITH 1:100 WEIGHT TO WEIGHT RATIO WITH CHYMOTRYPSIN IMMEDIATELY PRIOR TO SETTING UP CRYSTALLIZATION |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.976 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月5日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 88206 / Num. obs: 88206 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 10.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.749 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique all: 8762 / Rsym value: 0.749 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.034 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ARP/wARP 6.1.1 and COOT 0.1 programs were also used in refinement
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.7 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
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