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- PDB-2qni: Crystal structure of uncharacterized protein Atu0299 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qni
タイトルCrystal structure of uncharacterized protein Atu0299
要素Uncharacterized protein Atu0299
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / MCSG / Atu0299 / In situ proteolysis / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / Uncharacterized protein
機能・相同性Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Histidine phosphatase family protein / :
機能・相同性情報
生物種Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Dong, A. / Xu, X. / Gu, J. / Zheng, H. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein Atu0299.
著者: Dong, A. / Xu, X. / Gu, J. / Zheng, H. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Savchenko, A.
履歴
登録2007年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION ... BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON BURIED SURFACE AREA. AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT INFORMATION OF THIS PROTEIN IS NOT AVAILABLE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein Atu0299


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3891
ポリマ－24,3891
非ポリマー00
水3,189177
1
A: Uncharacterized protein Atu0299

A: Uncharacterized protein Atu0299


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7772
ポリマ－48,7772
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_455y-1/3,x+1/3,-z+1/31
Buried area2370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.347, 111.347, 136.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein Atu0299 / AGR_C_517p


分子量: 24388.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)
生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58 / 遺伝子: AGR_C_517, Atu0299 / プラスミド: pET derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q8UIJ6, UniProt: A9CKF0*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.03 %
解説: Due to a number of circumstances, initial data processing was only accomplished in space group C2. Scaling statistics is provided for that space group. Using the program XPREP, the higher ...解説: Due to a number of circumstances, initial data processing was only accomplished in space group C2. Scaling statistics is provided for that space group. Using the program XPREP, the higher symmetry (H32) was detected and used in refinement. The structure factor file contains both data sets: for H32 and for C2 space group assignments
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M Na(OAC) pH 4.6, 3.5M Sodium formate. THE CRYSTAL WAS OBTAINED BY IN SITU PROTEOLYSIS, PROTEIN SAMPLE WAS MIXED WITH 1:100 WEIGHT TO WEIGHT RATIO WITH CHYMOTRYPSIN IMMEDIATELY PRIOR TO ...詳細: 0.1M Na(OAC) pH 4.6, 3.5M Sodium formate. THE CRYSTAL WAS OBTAINED BY IN SITU PROTEOLYSIS, PROTEIN SAMPLE WAS MIXED WITH 1:100 WEIGHT TO WEIGHT RATIO WITH CHYMOTRYPSIN IMMEDIATELY PRIOR TO SETTING UP CRYSTALLIZATION, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
Temp details: THE CRYSTAL WAS OBTAINED BY IN SITU PROTEOLYSIS, PROTEIN SAMPLE WAS MIXED WITH 1:100 WEIGHT TO WEIGHT RATIO WITH CHYMOTRYPSIN IMMEDIATELY PRIOR TO SETTING UP CRYSTALLIZATION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月5日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 88206 / Num. obs: 88206 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.749 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique all: 8762 / Rsym value: 0.749 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.034 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ARP/wARP 6.1.1 and COOT 0.1 programs were also used in refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22067 967 3.2 %RANDOM
Rwork0.19931 ---
all0.19998 29193 --
obs0.19998 29193 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20.16 Å20 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3----0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1490 0 0 177 1667
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0211527
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1381.9252067
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2865190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.61622.57170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.91715236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2841514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.2743
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.21044
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2150.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2340.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9441.5991
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37921524
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3843622
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5014.5543
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 64 -
Rwork0.272 2140 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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