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- PDB-2qnc: Crystal structure of T4 Endonuclease VII N62D mutant in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qnc
タイトルCrystal structure of T4 Endonuclease VII N62D mutant in complex with a DNA Holliday junction
要素
  • DNA (5'-D(*DAP*DGP*DGP*DCP*DCP*DTP*DAP*DGP*DCP*DGP*DTP*DCP*DCP*DGP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DTP*DTP*DCP*DG)-3')
  • DNA (5'-D(*DCP*DAP*DCP*DAP*DTP*DCP*DGP*DAP*DTP*DGP*DGP*DAP*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DTP*DAP*DGP*DGP*DCP*DCP*DT)-3')
  • DNA (5'-D(*DCP*DG*DAP*DAP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DCP*DGP*DGP*DAP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DAP*DTP*DCP*DC)-3')
  • DNA (5'-D(*DGP*DGP*DAP*DTP*DCP*DCP*DCP*DTP*DAP*DAP*DGP*DCP*DTP*DCP*DCP*DAP*DTP*DCP*DGP*DAP*DTP*DGP*DTP*DG)-3')
  • Recombination endonuclease VII
キーワードHydrolase/DNA / T4 Endonuclease VII / Endo VII / Holliday junction / four-way junction / resolvase / resolving-enzyme / Alternative initiation / Calcium / Hydrolase / Metal-binding / Zinc / Hydrolase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
T4 recombination endonuclease VII, dimerisation / T4 recombination endonuclease VII, dimerisation domain superfamily / T4 recombination endonuclease VII, dimerisation / His-Me finger endonucleases / Recombination endonuclease VII / Recombination endonuclease VII superfamily / Recombination endonuclease VII / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 - #10 / His-Me finger endonuclease fold / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 ...T4 recombination endonuclease VII, dimerisation / T4 recombination endonuclease VII, dimerisation domain superfamily / T4 recombination endonuclease VII, dimerisation / His-Me finger endonucleases / Recombination endonuclease VII / Recombination endonuclease VII superfamily / Recombination endonuclease VII / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 - #10 / His-Me finger endonuclease fold / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / His-Me finger superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Recombination endonuclease VII
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Biertumpfel, C. / Yang, W. / Suck, D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of T4 endonuclease VII resolving a Holliday junction.
著者: Biertumpfel, C. / Yang, W. / Suck, D.
履歴
登録2007年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32021年10月20日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*DCP*DG*DAP*DAP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DCP*DGP*DGP*DAP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DAP*DTP*DCP*DC)-3')
D: DNA (5'-D(*DGP*DGP*DAP*DTP*DCP*DCP*DCP*DTP*DAP*DAP*DGP*DCP*DTP*DCP*DCP*DAP*DTP*DCP*DGP*DAP*DTP*DGP*DTP*DG)-3')
E: DNA (5'-D(*DCP*DAP*DCP*DAP*DTP*DCP*DGP*DAP*DTP*DGP*DGP*DAP*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DTP*DAP*DGP*DGP*DCP*DCP*DT)-3')
F: DNA (5'-D(*DAP*DGP*DGP*DCP*DCP*DTP*DAP*DGP*DCP*DGP*DTP*DCP*DCP*DGP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DTP*DTP*DCP*DG)-3')
A: Recombination endonuclease VII
B: Recombination endonuclease VII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,13512
ポリマ－65,8326
非ポリマー3046
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.197, 99.197, 186.884
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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DNA鎖 , 4種, 4分子 CDEF

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DCP*DG*DAP*DAP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DCP*DGP*DGP*DAP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DAP*DTP*DCP*DC)-3')


分子量: 7418.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DGP*DAP*DTP*DCP*DCP*DCP*DTP*DAP*DAP*DGP*DCP*DTP*DCP*DCP*DAP*DTP*DCP*DGP*DAP*DTP*DGP*DTP*DG)-3')


分子量: 7345.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*DCP*DAP*DCP*DAP*DTP*DCP*DGP*DAP*DTP*DGP*DGP*DAP*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DTP*DAP*DGP*DGP*DCP*DCP*DT)-3')


分子量: 7355.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*DAP*DGP*DGP*DCP*DCP*DTP*DAP*DGP*DCP*DGP*DTP*DCP*DCP*DGP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DTP*DTP*DCP*DG)-3')


分子量: 7361.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#5: タンパク質 Recombination endonuclease VII / Endo VII / Protein Gp49


分子量: 18174.762 Da / 分子数: 2 / Mutation: N62D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: 49 / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: P13340, crossover junction endodeoxyribonuclease

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非ポリマー , 4種, 17分子

#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.77 %
結晶化温度: 293 K / pH: 5.5
詳細: 25 %(w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K, pH 5.50
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 335011
2Bis-Tris11
3PEG 335012
4Bis-Tris12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月14日
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→42.27 Å / Num. obs: 17475 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 77.1 Å2 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 26.8
反射 シェル解像度: 3.1→3.22 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.73 / Rsym value: 0.66 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: T4 ENDONUCLEASE VII-HETERODUPLEX COMPLEX

解像度: 3.1→42.27 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 2691902.51 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 703 4 %RANDOM
Rwork0.258 ---
obs0.258 17475 99.2 %-
all-17612 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.6091 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 102.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.59 Å0.53 Å
Luzzati d res low-45 Å
Luzzati sigma a0.7 Å0.66 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→42.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2544 1893 12 11 4460
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.11
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it11.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.752
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.362.5
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.432 114 4.1 %
Rwork0.439 2689 -
obs--98.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5edo_xplor.paramedo_xplor.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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