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- PDB-2qn4: Structure and function study of rice bifunctional alpha-amylase/s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qn4
タイトルStructure and function study of rice bifunctional alpha-amylase/subtilisin inhibitor from Oryza sativa
要素Alpha-amylase/subtilisin inhibitor
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / RASI / amylase inhibitor / subtilisin inhibitor / Alpha-amylase inhibitor / Protease inhibitor / Serine protease inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-amylase inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能
Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-amylase/subtilisin inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Peng, W.Y. / Lin, Y.H. / Huang, Y.C. / Guan, H.H. / Hsieh, Y.C. / Chen, C.J.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure and Function Study of Rice Bifunctional Alpha-Amylase/Subtilisin Inhibitor from Oryza Sativa
著者: Peng, W.Y. / Lin, Y.H. / Huang, Y.C. / Guan, H.H. / Hsieh, Y.C. / Liu, M.Y. / Chang, T. / Chen, C.J.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.F / 年: 2006
タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of rice bifunctional alpha-amylase/subtilisin inhibitor from Oryza sativa
著者: Lin, Y.H. / Peng, W.Y. / Huang, Y.C. / Guan, H.H. / Hsieh, Y.C. / Liu, M.Y. / Chang, T. / Chen, C.J.
履歴
登録2007年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-amylase/subtilisin inhibitor
B: Alpha-amylase/subtilisin inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8872
ポリマ－42,8872
非ポリマー00
水3,567198
1
A: Alpha-amylase/subtilisin inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4431
ポリマ－21,4431
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Alpha-amylase/subtilisin inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4431
ポリマ－21,4431
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.988, 62.949, 66.696
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Alpha-amylase/subtilisin inhibitor / RASI


分子量: 21443.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryza sativa subsp. japonica (イネ) / 株: japonica cultivar-group / 参照: UniProt: P29421
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 20% PEG3350, 0.2M Potassium dihydrogen phosphate, pH4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月6日
詳細: Vertically Collimating Premirror, LN2-Cooled Fixed-Exit Double Crystal Si(111) Monochromator, Toroidal Focusing Mirror
放射モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 31823 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 22.5654
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.269 / Mean I/σ(I) obs: 5.25 / Num. unique all: 3129 / Rsym value: 0.363 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceControl Softwareデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AVA

1ava


解像度: 1.8→30 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 3076 -RANDOM
Rwork0.206 ---
all-31887 --
obs-30719 96.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 0.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.147 Å20 Å20 Å2
2---1.104 Å20 Å2
3---6.251 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.21 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2424 0 0 198 2622
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.57
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.35
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.54
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.86 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2376 281 -
Rwork0.2201 --
obs-2807 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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