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万見
- PDB-2qme: Crystal structure of human RAC3 in complex with CRIB domain of hu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qme
タイトルCrystal structure of human RAC3 in complex with CRIB domain of human p21-activated kinase 1 (PAK1)
要素
  • CRIB domain of the Serine/threonine-protein kinase PAK 1
  • Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
キーワードSIGNALING PROTEIN/TRANSFERASE / GTPase RAC3 / small GTP binding protein / p21 rac / ras-related C3 botulinum toxin substrate 3 / signaling protein / CRIB / kinase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Cell projection / GTP-binding / Lipoprotein / Membrane / Methylation / Nucleotide-binding / Prenylation / Allosteric enzyme / ATP-binding / Phosphorylation / Serine/threonine-protein kinase / Transferase / Apoptosis / Cell junction / SIGNALING PROTEIN-TRANSFERASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cerebral cortex GABAergic interneuron development / negative regulation of cell proliferation involved in contact inhibition / regulation of neuron maturation / protein localization to cytoplasmic stress granule / regulation of neutrophil migration / postsynaptic actin cytoskeleton organization / positive regulation of microtubule nucleation / engulfment of apoptotic cell / NADPH oxidase complex / respiratory burst ...cerebral cortex GABAergic interneuron development / negative regulation of cell proliferation involved in contact inhibition / regulation of neuron maturation / protein localization to cytoplasmic stress granule / regulation of neutrophil migration / postsynaptic actin cytoskeleton organization / positive regulation of microtubule nucleation / engulfment of apoptotic cell / NADPH oxidase complex / respiratory burst / cortical cytoskeleton organization / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / RHO GTPases Activate ROCKs / gamma-tubulin binding / cell projection assembly / synaptic transmission, GABAergic / motor neuron axon guidance / PCP/CE pathway / Activation of RAC1 / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / RHOV GTPase cycle / establishment or maintenance of cell polarity / branching morphogenesis of an epithelial tube / regulation of axonogenesis / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / Rac protein signal transduction / RHOJ GTPase cycle / exocytosis / RHOQ GTPase cycle / filamentous actin / RHO GTPases activate PAKs / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / regulation of MAPK cascade / CDC42 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / neuromuscular process controlling balance / RHOH GTPase cycle / Generation of second messenger molecules / intercalated disc / Smooth Muscle Contraction / ephrin receptor signaling pathway / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / endomembrane system / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of JUN kinase activity / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of microtubule polymerization / ruffle / collagen binding / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / CD209 (DC-SIGN) signaling / phosphorylation / cell chemotaxis / neuron projection morphogenesis / small monomeric GTPase / VEGFR2 mediated vascular permeability / G protein activity / Signal transduction by L1 / actin filament organization / cell periphery / actin filament / regulation of actin cytoskeleton organization / FCERI mediated MAPK activation / wound healing / MAPK6/MAPK4 signaling / G beta:gamma signalling through CDC42 / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Wnt signaling pathway / ruffle membrane / Z disc / calcium-dependent protein binding / cell-cell junction / cell migration / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / lamellipodium / chromosome / regulation of cell shape / growth cone / actin cytoskeleton organization / cytoplasmic vesicle / nuclear membrane / protein autophosphorylation / cytoskeleton / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / neuron projection / chromatin remodeling / positive regulation of protein phosphorylation / axon / protein phosphorylation
類似検索 - 分子機能
p21 activated kinase binding domain / : / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases ...p21 activated kinase binding domain / : / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3 / Serine/threonine-protein kinase PAK 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Ugochukwu, E. / Yang, X. / Elkins, J.M. / Burgess-Brown, N. / Bunkoczi, G. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / von Delft, F. ...Ugochukwu, E. / Yang, X. / Elkins, J.M. / Burgess-Brown, N. / Bunkoczi, G. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / von Delft, F. / Knapp, S. / Doyle, D. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the human RAC3 in complex with the CRIB domain of human p21-activated kinase 1 (PAK1).
著者: Ugochukwu, E. / Yang, X. / Elkins, J.M. / Burgess-Brown, N. / Bunkoczi, G. / Knapp, S. / Doyle, D.
履歴
登録2007年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
I: CRIB domain of the Serine/threonine-protein kinase PAK 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7286
ポリマ－23,9982
非ポリマー7304
水4,288238
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
手法PISA
2
A: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
I: CRIB domain of the Serine/threonine-protein kinase PAK 1
ヘテロ分子

A: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
I: CRIB domain of the Serine/threonine-protein kinase PAK 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,45612
ポリマ－47,9974
非ポリマー1,4598
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area8640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.226, 53.480, 47.682
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-305-

HOH

21A-511-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AI

#1: タンパク質 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3 / p21-Rac3


分子量: 19934.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAC3 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: P60763
#2: タンパク質・ペプチド CRIB domain of the Serine/threonine-protein kinase PAK 1 / p21-activated kinase 1 / PAK-1 / p65-PAK / Alpha-PAK


分子量: 4063.479 Da / 分子数: 1 / Fragment: CRIB domain / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic peptide with the sequence of the CRIB domain of human PAK1 protein
参照: UniProt: Q13153, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 4種, 242分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸


分子量: 521.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 2 M (NH4)2S04, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→47.62 Å / Num. all: 21448 / Num. obs: 21448 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 27.1
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.343 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0037精密化
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2G0N

2g0n


解像度: 1.75→47.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.899 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19177 1100 5.1 %RANDOM
Rwork0.14893 ---
all0.15114 20345 --
obs0.15114 20345 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å20 Å20.02 Å2
2--0.59 Å20 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→47.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1560 0 45 238 1843
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221663
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021095
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.471.9962273
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88432681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9175202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.21524.05869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.61215258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.228158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021808
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02329
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.2336
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2020.21182
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.2816
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.2806
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2168
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0210.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2580.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1350.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.51751051
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2865405
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.29571644
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.1759728
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.43511628
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 86 -
Rwork0.194 1481 -
obs--99.18 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.6483 Å / Origin y: 12.2223 Å / Origin z: 13.6153 Å
111213212223313233
T-0.0315 Å2-0.0033 Å20.0029 Å2--0.0232 Å2-0.0003 Å2---0.0216 Å2
L0.4667 °20.0262 °20.1486 °2-0.5499 °20.3052 °2--0.9467 °2
S-0.0004 Å °0.0249 Å °-0.0318 Å °0.0024 Å °0.0498 Å °-0.0251 Å °-0.0216 Å °0.0492 Å °-0.0494 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1782 - 179
2X-RAY DIFFRACTION1IB10 - 331 - 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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