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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qm4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human XLF/Cernunnos, a non-homologous end-joining factor | ||||||
![]() | Non-homologous end-joining factor 1 | ||||||
![]() | RECOMBINATION / XRCC4 like factor / homodimer / beta-sandwich / coiled-coil | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of ligase activity / DNA ligase IV complex / DNA ligation involved in DNA repair / DNA end binding / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / immunoglobulin V(D)J recombination / nonhomologous end joining complex / response to ionizing radiation / T cell differentiation / DNA polymerase binding ...positive regulation of ligase activity / DNA ligase IV complex / DNA ligation involved in DNA repair / DNA end binding / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / immunoglobulin V(D)J recombination / nonhomologous end joining complex / response to ionizing radiation / T cell differentiation / DNA polymerase binding / B cell differentiation / central nervous system development / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / fibrillar center / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, Y. / Chirgadze, D.Y. / Sibanda, B.L. / Bolanos-Garcia, V.M. / Davies, O.R. / Blundell, T.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of human XLF/Cernunnos reveals unexpected differences from XRCC4 with implications for NHEJ. 著者: Li, Y. / Chirgadze, D.Y. / Bolanos-Garcia, V.M. / Sibanda, B.L. / Davies, O.R. / Ahnesorg, P. / Jackson, S.P. / Blundell, T.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 191.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 163.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 474.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer. Two dimers are present in the asymmetric unit of the crystal (chans A and B; chains C and D) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27059.791 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.82 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 23% PEG 6000, 0.1M Bis-Tris-Propane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月6日 詳細: toroidal mirror is curved by a pneumatically operated bending mechanism and focusses the beam in both the horizontal and vertica |
放射 | モノクロメーター: Si(311) monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9807 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 51827 / Num. obs: 51723 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.302 / Num. unique all: 3438 / Rsym value: 0.0302 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.743 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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