PDB-2qm4: Crystal structure of human XLF/Cernunnos, a non-homologous end-jo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qm4

タイトル

Crystal structure of human XLF/Cernunnos, a non-homologous end-joining factor

要素

Non-homologous end-joining factor 1

キーワード

RECOMBINATION / XRCC4 like factor / homodimer / beta-sandwich / coiled-coil

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of ligase activity / DNA ligase IV complex / DNA end binding / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / nonhomologous end joining complex / immunoglobulin V(D)J recombination / response to ionizing radiation / T cell differentiation / DNA polymerase binding / telomere maintenance ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Li, Y. / Chirgadze, D.Y. / Sibanda, B.L. / Bolanos-Garcia, V.M. / Davies, O.R. / Blundell, T.L.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of human XLF/Cernunnos reveals unexpected differences from XRCC4 with implications for NHEJ.
著者: Li, Y. / Chirgadze, D.Y. / Bolanos-Garcia, V.M. / Sibanda, B.L. / Davies, O.R. / Ahnesorg, P. / Jackson, S.P. / Blundell, T.L.

履歴

登録	2007年7月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qm4.cif.gz	196.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qm4.ent.gz	160.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qm4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/2qm4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/2qm4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fu1 1ik9
類似構造データ	3w03-1 2r9a-d 2vq0-d 3i5c-d 2ydr-d 3sr2-5 3sr2-3 3w03-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (2) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Non-homologous end-joining factor 1

B: Non-homologous end-joining factor 1

C: Non-homologous end-joining factor 1

D: Non-homologous end-joining factor 1

108 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Non-homologous end-joining factor 1

B: Non-homologous end-joining factor 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Non-homologous end-joining factor 1

D: Non-homologous end-joining factor 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.736, 92.913, 103.693
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.22, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The biological assembly is a dimer. Two dimers are present in the asymmetric unit of the crystal (chans A and B; chains C and D)

#1: タンパク質	Non-homologous end-joining factor 1 / Protein cernunnos / XRCC4-like factor 分子量: 27059.791 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NHEJ1, XLF / プラスミド: pETG-41A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q9H9Q4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.82 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 23% PEG 6000, 0.1M Bis-Tris-Propane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9807 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月6日詳細: toroidal mirror is curved by a pneumatically operated bending mechanism and focusses the beam in both the horizontal and vertica
放射	モノクロメーター: Si(311) monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9807 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 51827 / Num. obs: 51723 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 43 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / R_sym value: 0.079 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.302 / Num. unique all: 3438 / R_sym value: 0.0302 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ProDC		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→37.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 13.952 / SU ML: 0.167 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.225
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23891	2000	4.2 %	RANDOM
R_work	0.18238	-	-	-
all	0.18478	45931	-	-
obs	0.18478	45931	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.743 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	0 Å²	-0.02 Å²
2-	-	0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7113	0	0	232	7345

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	7447
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.431	1.975	10136
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.134	5	961
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.123	25.075	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.955	15	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.373	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5585
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	3009
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.29	0.2	4990
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.194	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.216	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.543	5	4802
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.512	6	7472
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.174	5	3018
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.245	7.5	2638
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.276	123	-
R_work	0.198	2832	-
obs	-	2955	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4269	-0.0722	1.2085	0.8293	0.4893	6.1414	0.0447	0.0495	0.0689	0.0865	-0.0366	0.0348	0.0832	0.0819	-0.008	-0.3297	-0.0008	0.0242	-0.2487	-0.0194	-0.2972	16.3	41.773	8.645
2	6.1325	2.3652	-5.601	1.3153	-2.4637	6.4366	0.1728	-0.1399	-0.0055	0.0661	0.0163	0.0534	-0.297	-0.1371	-0.1891	-0.2268	0.0291	-0.0221	-0.3397	0.0513	-0.2666	4.751	46.969	42.689
3	2.2838	1.2433	-2.9125	0.7323	-1.7901	4.4696	-0.2296	-0.1532	-0.3625	-0.0238	-0.1102	-0.2043	0.1195	0.0676	0.3398	-0.1332	0.0342	-0.0288	-0.3487	0.0364	-0.1581	6.474	39.193	42.668
4	5.1418	0.7311	0.257	2.6851	0.6026	1.2827	0.0125	-0.7278	0.2129	0.2622	-0.0625	0.1529	0.0949	0.0602	0.0501	-0.2842	0.0217	0.0087	-0.2162	-0.0086	-0.3794	36.885	59.439	42.109
5	7.6509	1.8467	-4.7417	0.6055	-1.1461	4.5467	-0.3231	-0.244	-0.6965	-0.0972	0.023	-0.1974	0.4105	-0.0982	0.3001	-0.2003	0.0134	0.0136	-0.3737	0.0749	-0.18	6.987	39.173	41.745
6	5.2866	-0.2702	-1.504	1.0251	-1.125	2.594	0.1896	-0.426	0.2142	-0.0788	-0.006	-0.0096	-0.0458	-0.0944	-0.1837	-0.254	0.016	-0.0105	-0.3519	0.0252	-0.3231	5.152	47.329	41.983
7	4.2266	-1.0485	-0.7109	2.1832	-0.2845	2.55	0.0774	0.3699	-0.1689	-0.3519	-0.0988	0.2069	0.2016	-0.0313	0.0214	-0.2421	-0.0059	-0.0102	-0.2632	-0.0388	-0.3796	68.718	35.544	-19.002
8	13.0953	-0.3906	7.8789	0.9832	-0.3447	6.0243	-0.472	0.495	1.4169	0.015	-0.0537	-0.152	-0.4323	-0.0143	0.5257	-0.1017	-0.0422	0.0447	-0.2564	0.1083	-0.0697	38.81	56.512	-18.035
9	5.2942	0.4685	2.9089	0.3656	-0.1586	3.1165	-0.0207	0.1568	0.0156	-0.1075	0.0336	0.0257	-0.0299	0.0327	-0.0129	-0.283	-0.0189	0.0223	-0.3904	0.0805	-0.256	35.152	48.475	-20.009
10	1.0802	0.4028	-1.1866	1.054	1.1952	6.8846	-0.0567	0.2254	0.0209	-0.1784	0.0531	0.0588	-0.1909	-0.0609	0.0036	-0.2576	0.0018	-0.0303	-0.2824	0.0194	-0.2132	48.973	52	14.82
11	5.0198	-1.7582	2.2085	2.128	-1.021	1.1953	0.4178	0.5122	0.0326	-0.2775	-0.0514	0.2146	0.472	0.2281	-0.3664	-0.2715	-0.0059	0.0505	-0.2627	0.0685	-0.1969	36.538	48.758	-19.25
12	4.6072	-0.1886	3.5808	0.4317	-1.4173	6.5914	-0.423	0.3675	0.6278	-0.2384	0.0414	0.0216	-0.2292	0.1689	0.3816	-0.1336	-0.023	0.0357	-0.3965	0.0288	-0.0693	38.746	56.216	-17.686

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	-1 - 126	1 - 128
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	127 - 169	129 - 171
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	170 - 230	172 - 232
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	-1 - 126	1 - 128
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	127 - 169	129 - 171
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	174 - 227	176 - 229
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	-1 - 126	1 - 128
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	C	127 - 169	129 - 171
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	170 - 227	172 - 229
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	D	-1 - 126	1 - 128
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	D	127 - 169	129 - 171
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	D	170 - 229	172 - 231

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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