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- PDB-2qm3: Crystal structure of a predicted methyltransferase from Pyrococcu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qm3
タイトルCrystal structure of a predicted methyltransferase from Pyrococcus furiosus
要素Predicted methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / putative methyltransferase / structural genomics / Pyrococcus furiosus / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


N4-bis(aminopropyl)spermidine synthase / polyamine biosynthetic process / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase, C-terminal / N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase / Branched-chain polyamine synthase A C-terminal domain / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle ...N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase, C-terminal / N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase / Branched-chain polyamine synthase A C-terminal domain / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Duggan, E. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The structure of a predicted methyltransferase from Pyrococcus furiosus.
著者: Cuff, M.E. / Duggan, E. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2007年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6126
ポリマ－43,3521
非ポリマー2605
水4,017223
1
A: Predicted methyltransferase
ヘテロ分子

A: Predicted methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,22512
ポリマ－86,7042
非ポリマー52110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area4610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.382, 85.262, 53.963
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細Authors state that the biological unit of this protein is experimentally unknown, and that the dimeric assembly shown in remark 350 is a prediction based on crystal packing.

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要素

#1: タンパク質 Predicted methyltransferase / Uncharacterized protein PF1111


分子量: 43352.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
生物種: Pyrococcus furiosus / 株: DSM 3638, JCM 8422, Vc1 / 遺伝子: PF1111 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8U1U4
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.71 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2M Calcium acetate, 10% PEG 8000, 4% Butyrolactone, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918, 0.97932
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月15日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979181
20.979321
反射解像度: 2.05→39.9 Å / Num. all: 22125 / Num. obs: 22125 / % possible obs: 95.09 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 36.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.415 / % possible all: 73.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.05→39.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 9.626 / SU ML: 0.133 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.178
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. The link (residues 88 through 99) between the N- and C-terminal structural domains is missing. For the two molecules related by the crystallographic 2-fold axis, the pairing of domains is ...詳細: 1. The link (residues 88 through 99) between the N- and C-terminal structural domains is missing. For the two molecules related by the crystallographic 2-fold axis, the pairing of domains is ambiguous. The authors have modeled the more compact combination, but the other remains possible given the data at hand. 2. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22657 1189 5.1 %RANDOM
Rwork0.18296 ---
obs0.18518 22125 95.09 %-
all-22125 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.14 Å20 Å20 Å2
2---1.84 Å20 Å2
3---3.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→39.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2770 0 14 223 3007
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222882
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3871.9783910
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5535348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.84524.138145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.83515521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9521522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2434
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.21324
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21997
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2216
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0570.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1370.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9361.51758
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.40522790
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.28231268
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5174.51115
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 65 -
Rwork0.233 1258 -
obs--74.16 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 47.9988 Å / Origin y: 12.366 Å / Origin z: 42.8343 Å
111213212223313233
T-0.0734 Å2-0.0193 Å20.0102 Å2--0.0967 Å2-0.098 Å2---0.1143 Å2
L3.3019 °2-0.4801 °20.0095 °2-1.3798 °2-0.0348 °2--0.2605 °2
S0.0489 Å °-0.4184 Å °0.5407 Å °0.0955 Å °-0.0205 Å °-0.1954 Å °-0.0725 Å °0.0086 Å °-0.0283 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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