PDB-2qlw: Crystal structure of rhamnose mutarotase RhaU of Rhizobium legumi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qlw

タイトル

Crystal structure of rhamnose mutarotase RhaU of Rhizobium leguminosarum

要素

RhaU

キーワード

ISOMERASE / RhaU / mutarotase / Rhizobium leguminosarum

機能・相同性

機能・相同性情報

L-rhamnose mutarotase / L-rhamnose mutarotase activity / rhamnose catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhizobium leguminosarum bv. trifolii (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Carpena, X. / Loewen, P.C.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2008
タイトル: RhaU of Rhizobium leguminosarum is a rhamnose mutarotase.
著者: Richardson, J.S. / Carpena, X. / Switala, J. / Perez-Luque, R. / Donald, L.J. / Loewen, P.C. / Oresnik, I.J.

履歴

登録	2007年7月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qlw.cif.gz	65.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qlw.ent.gz	52.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qlw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qlw_validation.pdf.gz	453.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qlw_full_validation.pdf.gz	457.5 KB	表示
XML形式データ	2qlw_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	2qlw_validation.cif.gz	19.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/2qlw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/2qlw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qlxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2qlx-d 2pzf-1 5ot9-2 4pow-2 5ot8-2 7cy1-1 5a67-d 7ct3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RhaU

B: RhaU

ヘテロ分子

34.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: RhaU

B: RhaU

ヘテロ分子

A: RhaU

B: RhaU

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
69.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.241, 69.241, 101.106
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	153
Space group name H-M	P3₂12

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: MSE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 103 / Label seq-ID: 3 - 105

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	RhaU 分子量: 16996.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhizobium leguminosarum bv. trifolii (根粒菌) 遺伝子: rhaU / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7BSH1
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.76 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 2M Sodium Formate, 0.1M Sodium Acetate pH 4.6, 20% Glycerol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM16 / 波長: 0.9079 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月23日 / 詳細: Mirrors

放射

モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9079 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 5.7 % / Av σ(I) over netI: 11.2 / 数: 203502 / R_merge(I) obs: 0.097 / Χ²: 0.95 / D res high: 1.6 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 35978 / % possible obs: 97.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.45	30	88.8	1	0.062	1.08	5.1
2.74	3.45	98.7	1	0.064	0.953	5.7
2.39	2.74	98.8	1	0.079	0.964	5.7
2.17	2.39	98.6	1	0.09	0.967	5.7
2.02	2.17	98.4	1	0.11	0.934	5.7
1.9	2.02	98	1	0.149	0.91	5.7
1.8	1.9	97.8	1	0.238	0.905	5.7
1.72	1.8	97.6	1	0.33	0.909	5.8
1.66	1.72	97.3	1	0.449	0.957	5.7
1.6	1.66	97	1	0.589	0.98	5.6

反射

解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 35978 / Num. obs: 35978 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.097 / Χ²: 0.954 / Net I/σ(I): 11.2

反射シェル

解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.589 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 3574 / Χ²: 0.98 / % possible all: 97

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
DNA		データ収集
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→19.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 2.496 / SU ML: 0.044 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18	1786	5 %	RANDOM
R_work	0.152	-	-	-
all	0.153	35783	-	-
obs	0.153	35783	97.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.823 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	0.04 Å²	0 Å²
2-	-	0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1748	0	50	220	2018

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.021	1946
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.69	1.954	2620
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.711	3	3261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.396	5	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.346	24.301	93
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.074	15	361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.659	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.136	0.2	280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2056
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	359
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	385
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.214	0.2	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	910
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	902
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.197	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.2	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.129	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.519	1.5	1419
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.311	1.5	444
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.782	2	1849
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.27	3	891
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.535	4.5	765

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1381 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
LOOSE POSITIONAL	0.46	5
LOOSE THERMAL	1.26	10

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.272	118	-
R_work	0.213	2483	-
obs	-	2601	96.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.614	-0.0467	-0.3086	0.7512	0.3607	0.6761	-0.0125	0.0065	-0.0796	0.0735	-0.0904	0.1076	0.071	-0.0925	0.1029	-0.0185	-0.0145	0.0102	-0.0268	-0.0235	-0.0163	3.4178	16.8544	10.8443
2	0.606	-0.1951	-0.0127	1.0469	-0.3694	0.688	-0.0026	0.1024	0.0363	-0.0275	-0.06	-0.0715	-0.039	0.0163	0.0626	-0.0269	0.0058	-0.0111	-0.0196	0.0084	-0.0311	14.5886	27.0149	-5.2807

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 106	2 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	0 - 106	2 - 108

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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